SPARQLthon63

提供：TogoWiki

第63回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 継続中（〜H30） 2.1.3 〜H29 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2017年 12月 14（木）- 15日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • MEOのオートアノテーションツールの検証（ユーザが自然言語で入力したメタデータをPythonのNLTKなどを使ってMEO IDを付与）（森）
  • MicrobeDB.jpポータル開発#SPARQLthon63（藤澤、岡別府、森）
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • JPOSTのProtein Browserで糖鎖修飾部位の表示を追加してもらう（守屋・新町・Thukaa・三浦）
    • Protein Browserで修飾部位をクリックするとダミーのアクセッション番号を表示するファイル開発（守屋）
    • CROSドメインの問題にぶつかる（Thukaa）

• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
  • 植物共生（ミヤコグサゲノムとRhizobaseのゲノム）の RDF を作るために GenBank 形式でデータを用意（平川・藤澤）
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/

• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

SPARQLthon グループ

• ゲノム・グラフ SPARQLthon63/vg
• inMeXesに対して、同じ文脈で使われる語を列挙する機能を追加。（左のURLはテスト用です。近いうちに従来サービスに統合します。）
• Virtuoso7.2の不具合調査　 SPARQLthon63/virtuoso_v7.2
• グラフDBクエリ言語の調査：Neo4jのCypher, OracleのPGQL、SPARQLとの対応関係（千葉）

• GEOメタデータのDBCLS SRA APIからの取得スクリプトの作成→githubへ （坊農）
• integbioDB catalog RDF の更新（DB類似性情報）（信定・畠中・櫛田・川島）
• Text2LOD データのRDF化（継続）（川島）

• ユーザクエリを秘匿するセキュアビーコンのNBDCサーバへのポーティング（三橋、神保）
• TogoVarの変異ビュー検索の仕様とそれに必要なデータを確認（三橋、豊岡、佐藤）
• 新着論文レビュー用の形態素解析辞書拡張（山本、小野、建石、飯田、大石）

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 岡別府陽子 (MSS)
• 岡本忍 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 永野朗夫（penqe）14日16:30〜
• 千葉啓和（DBCLS）
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 三橋信孝（NBDC）14日PM〜
• 森宙史（遺伝研）15日のみ
• 佐藤大輔（レベルファイブ）
• 平川英樹（かずさ）14日のみ
• 横山稔之（東大）
• 原薗陛正（東大）14日・15日の17時〜
• 豊岡理人（NBDC）14日PM〜
• 西出浩世（基生研）
• 田中聡 (Trans-IT) 15日は15:00 まで
• 三浦信明（創価大）ひとまず14日
• Kuoka Thukaa（創価大）ひとまず14日
• 新町大輔（創価大）ひとまず14日
• 山田一作（野口研）14日の 14時〜17時
• 大石直哉（DOGRUN）
• 山中遼太（Oracle）ひとまず14日
• 守屋勇樹（DBCLS)
• 内藤雄樹（DBCLS)
• 藤原豊史（DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 神保 元脩（早稲田大学) 15日
• 建石由佳（NBDC）14日15時ごろ〜