SPARQLthon59

2017年9月1日 (金) 06:55時点におけるMasuya (トーク | 投稿記録)による版

第57回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

開催概要

開催期間：2017年 8月 30（水）- 31日（木）
開催場所：理化学研究所和光地区統合支援施設 2F 大会議室
アクセス：http://www.riken.jp/access/wako-map/ (建物番号 C61)
構内徒歩参考写真 : /mw/SPARQLthon30/access
- 構内入り口の守衛所にて、カードキーをお受け取りください。守衛さんのところで名刺を渡すと事務処理が簡単に終わります。
- 所内の食堂は交通系ICカード(Suica等)でのみ支払可能です。
開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
ネットワーク: 理研ゲスト用無線LANサービス、Eduroam
開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

8月30日の午後、理研のデータ駆動型研究の一つとしてエンジニアリングネットワーク「データ駆動型ものづくりシステムの開発」プロジェクトの紹介をさせていただきます。理研和光内にあるものづくり工場見学も予定しております（限定２０名程度）。加工機械やIoTスマート工場等にご興味をお持ちの方におすすめです。工場を見学しながらオープンデータについて議論をさせていただきます。
- 15:40～　データ駆動型ものづくりの概要説明　　理研光量子研究領域　加瀬究
- 16:00～　技術基盤支援チーム　工場見学　　　　理研光量子研究領域　山形豊 (http://www.riken.jp/research/labs/rap/adv_photon/adv_manuf_support/)

生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田) 」の動物種への拡張 (川島)
TogoGenome (佐藤・野村・岡別府・永野・川島・片山)
- ID converter/resolver に TogoGenome へのリンクを追加（UniProt経由のみ）
- GGGenome の配列検索結果から前後の遺伝子等のアノテーションにリンク
- 比較ゲノム機能の修正と埋め込み
  - UniProt RDF のデータ構造変更にともなう SPARQL の修正
  - 理研のネットワーク経由だと GROUP_CONCAT を含む SPARQL クエリが遮断される
高速アミノ酸配列検索 (内藤・吉沢)
d3spraql (片山・岡別府)
- サンプルの SPARQL がデータ量の増大で重くなっている、もしくはデータの更新で使えなくなっているものを修正
- MetaStanza の開発
LOD Surfer (山口・小林・古崎・山本・桝屋)
- API 設計＆実装進行中(山口)
- クラスグラフ解析(山口)
  - クラス間関係から作られるグラフの連結成分を計算
  - 前回の解析(対象: EBI, Bio2RDF, eagle-i等，現在のSPARQL Builderの対象全体)と, 今回の解析(対象: RDF Portal - Nikkaji/PDBj/BMRB)の ClassGraph 比較
SRA/BioSample/BioProject の RDF 化について INSDC
TogoVar Stanza開発準備（藤原・建石）
RDFストアの定点調査（山本）BH12.12/SPARQL11test

画像DB（久米・桝屋・小林）
- メタデータ作成画像DBデータスキーマ
- 電顕ビューア画像、ROI、Phenotype問題検討通常バージョン ROIバージョン
  - 画像の表現型データ → 細胞種（Cell Ontology）、Phenotype Data（CMPO）、ROI
  - ROI → Deep Zoom Image
９月２１−２２日 LODシンポジウム話し合い（久米・小林・古崎・山本）
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９月２９日電顕シンポジウム話し合い（久米・小林・村川・横田）
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