SPARQLthon58

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第58回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間：2017年 7月 27（木）- 28日（金）
  • 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中（〜H30）

〜H29

SPARQLthon グループ

  • トリプルストアのカウント比較結果
    • 予め重複を取り除いてからロードするとVirtuoso(7.2)とStardog(5.0.1)ともに、.ntファイルに対するwc -lの結果とSPARQLのCOUNT関数による結果がほぼ一致したので、Virtuosoに対しては、ロードに先立ち重複を取り除くことが必要なことが分かった。（山本）
  • umakaコマンドを作ってみた（千葉）
  • ICGC RDF データ生成フローを半自動化したい。今回は D2R から R2RML に書き換え完了。GitHub Video（山中）
  • LODワークショップの打ち合わせ（小林，久米，古崎，山本）
  • 画像データのSPARQL問い合わせHPの設計（久米、小林、永野）
  • JIST2017: 画像データの論文検討（久米、小林、桝屋）
  • オントロジー洗練システムの評価実験（増田，古崎）
  • BioSampleのRDF化（藤沢、小林、片山、児玉(DDBJ)、山田）
    • EBIが作成するということなので、情報を得たい。->大田さんから聞いてもらえないか、、、
      • （犬 談）bio-ontologiesにきているんですが、EBIは結構がんばってbiosampleのRDFとそれに必要な EFO の開発を進めているぽいので、なるべくそれを再利用することにして、EBIではまだ手をつける予定のないSRAのメタデータのRDF化に集中するのがよさそうです。その方向でいくと、最初のステップとしてはSRAのRDFモデルは理研の小林さんが作っているので、それが EBI biosample と相性がいいかチェックする必要がありそうです。
    • 各自のデータをEBIのRDFで記述できるか検討し、何かあれば情報提供したい。
  • JSTシソーラスを元にしたライフサイエンスオントロジー（櫛田，古崎）
    • SPARQL endpoint（暫定版）があるので，宜しければ使ってみて下さい(CC BY-NC)．

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 山本泰智（DBCLS）
  • 小林紀郎 (RIKEN)
  • 永野朗夫（Penqe）
  • 山田一作（野口研究所）
  • 千葉啓和（DBCLS）
  • 森宙史（遺伝研）27日のみ
  • 久米慧嗣 (理研CLST)
  • 中村保一（遺伝研）
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 櫛田達矢（NBDC）28日のみ
  • 東光一（遺伝研）27日のみ
  • 古崎晃司（大阪大学）28日のみ
  • 増田壮志（大阪大学）28日のみ
  • 桝屋啓志（理研BRC）28日のみ
  • 内藤雄樹（DBCLS）
  • 仲里猛留（DBCLS）
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 中津井雅彦（京都大）
  • 鎌田真由美（京都大）
  • 大和田周甫（東工大）27日のみ
  • 山中遼太（Oracle）
  • 佐藤大輔（レベルファイブ）27日のみ
  • 野村祐介（レベルファイブ）27日のみ
  • 平川英樹（かずさ）27日のみ
  • Andrea Ghelfi（かずさ）
  • 鈴木真也（東工大）27日のみ
  • 山口敦子 (DBCLS) 28日のみ
  • 信定知江（NBDC）28日のみ
  • 建石由佳（NBDC）28日のみ
  • 望月孝子（遺伝研）
「/mw/SPARQLthon58」より作成