SPARQLthon58

提供：TogoWiki

第58回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 継続中（〜H30） 2.1.3 〜H29 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2017年 7月 27（木）- 28日（金）
• 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
  • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
  • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
    • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
    • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
• お昼について
  • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
    • 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
• ホテルについて
  • 駅の周りのホテル
    • ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
    • ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー＆富士山ビュー。温泉があります
    • ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
    • ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
    • 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方

• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • ポータルサイト開発と環境構築（森、東、鈴木、岡別府、藤澤）
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

SPARQLthon グループ

• トリプルストアのカウント比較結果
  • 予め重複を取り除いてからロードするとVirtuoso(7.2)とStardog(5.0.1)ともに、.ntファイルに対するwc -lの結果とSPARQLのCOUNT関数による結果がほぼ一致したので、Virtuosoに対しては、ロードに先立ち重複を取り除くことが必要なことが分かった。（山本）

• umakaコマンドを作ってみた（千葉）
• ICGC RDF データ生成フローを半自動化したい。今回は D2R から R2RML に書き換え完了。GitHub Video（山中）
• LODワークショップの打ち合わせ（小林，久米，古崎，山本）
  • 8/3@東京：30人定員で既に満席．イベントサイト
  • 9/21-22@神戸：９月２１日 LODシンポジウムの打ち合わせの打ち合わせ（まだタイトルだけ）
• 画像データのSPARQL問い合わせHPの設計（久米、小林、永野）
• JIST2017: 画像データの論文検討（久米、小林、桝屋）
• オントロジー洗練システムの評価実験（増田，古崎）
• BioSampleのRDF化（藤沢、小林、片山、児玉(DDBJ)、山田）
  • EBIが作成するということなので、情報を得たい。->大田さんから聞いてもらえないか、、、
    • （犬 談）bio-ontologiesにきているんですが、EBIは結構がんばってbiosampleのRDFとそれに必要な EFO の開発を進めているぽいので、なるべくそれを再利用することにして、EBIではまだ手をつける予定のないSRAのメタデータのRDF化に集中するのがよさそうです。その方向でいくと、最初のステップとしてはSRAのRDFモデルは理研の小林さんが作っているので、それが EBI biosample と相性がいいかチェックする必要がありそうです。
  • 各自のデータをEBIのRDFで記述できるか検討し、何かあれば情報提供したい。
• JSTシソーラスを元にしたライフサイエンスオントロジー（櫛田，古崎）
  • SPARQL endpoint（暫定版）があるので，宜しければ使ってみて下さい(CC BY-NC)．

今後の予定

• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 岡別府陽子 (MSS)
• 山本泰智（DBCLS）
• 小林紀郎 (RIKEN)
• 永野朗夫（Penqe）
• 山田一作（野口研究所）
• 千葉啓和（DBCLS）
• 森宙史（遺伝研）27日のみ
• 久米慧嗣 (理研CLST)
• 中村保一（遺伝研）
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 櫛田達矢（NBDC）28日のみ
• 東光一（遺伝研）27日のみ
• 古崎晃司（大阪大学）28日のみ
• 増田壮志（大阪大学）28日のみ
• 桝屋啓志（理研BRC）28日のみ
• 内藤雄樹（DBCLS）
• 仲里猛留（DBCLS）
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 中津井雅彦（京都大）
• 鎌田真由美（京都大）
• 大和田周甫（東工大）27日のみ
• 山中遼太（Oracle）
• 佐藤大輔（レベルファイブ）27日のみ
• 野村祐介（レベルファイブ）27日のみ
• 平川英樹（かずさ）27日のみ
• Andrea Ghelfi（かずさ）
• 鈴木真也（東工大）27日のみ
• 山口敦子 (DBCLS) 28日のみ
• 信定知江（NBDC）28日のみ
• 建石由佳（NBDC）28日のみ