SPARQLthon56
提供：TogoWiki
第56回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2017年 5月 15（月）- 16日（火）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- RDFポータルはメンテのため5/12(金)16:30から5/15(月)12:30まで停止しますのでご注意ください。→既にメンテ終了、9:50頃再開しました。
プロジェクト
TPP グループ全体
H29〜
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- ポータルサイト構築
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 糖鎖情報のRDF連携について（新町）
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- TPP-oki (おおた)
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- KEGG DISEASE の RDF 化進行中 (五斗)
継続中（〜H30）
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- BH17.11 の準備を始めた (吉沢)
- GGRNAを利用する相談を内藤さんとした（飲みながら）（吉沢）
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
〜H29
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
SPARQLthon グループ
- KEGG OC RDF を Orthology Ontology に対応（守屋、千葉）
- SPARQL Builderの開発計画を立てる (小林・山口)
- データベースRDF化ガイドラインをGitHub へ移行（川島）
- TogoStanzaのEPをStardogに変更してみた結果 (岡別府)
- TogoGenome + human のプランニング (片山・川島・佐藤・野村・岡別府)
- NGS現場の会チュートリアル用 MedGen, ClinVar, ExAC RDFのエンドポイント http://togogenome.org/sparql-ngs
- vg によるメタゲノムのグラフ構築 - GFA を vg view で vg ファイルに変換など (大和田・片山)
- vg による日本人ゲノムのグラフ化 - 進行中 (片山)
- vg の可視化についての検討 (片山・永野)
- D2RQ Mapper 改訂版の UI 検討 (山本・永野・片山)
- TogoWS の dbSNP の JSON が壊れているっぽい (西澤)
- DDBJ RDF の FTP サイト (藤澤)
- DDBJ Validation APIのユーザ認証の検討（藤澤・大石・岡別府）
今後の予定
- RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山中遼太 (Oracle) 5/15 のみ
- 山口敦子 (DBCLS)
- 吉沢明康（京大・薬）
- 千葉啓和（DBCLS）
- 永野朗夫（Penqe）
- 仲里猛留（DBCLS）5/15のみ
- 小野浩雅（DBCLS）
- 山本泰智（DBCLS）
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 新町大輔 (創価大)
- 大和田周甫（東工大）5/15のみ
- 小林紀郎（理研）
- 岡別府陽子 (MSS)
- 信定知江 (NBDC) 16時まで
- 久保大（東工大）15日のみ
- 平川英樹（かずさ）15日のみ
- 内藤雄樹 (DBCLS) 5/16は午後から参加
- 山田一作（野口研究所）15日（10:50まで）、16日（11:30まで）
- 五斗進（DBCLS）
- Andrea Ghelfi（かずさ）
- 田中聡 (Trans-IT) 5/16 のみ 17:00 まで
- 藤原豊史（DBCLS）5/15のみ
- 藤澤貴智（遺伝研）
- 佐藤大輔（レベルファイブ）5/16のみ
