SPARQLthon50
提供:TogoWiki
第50回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2016年 11月 21-22日
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
50回記念特別企画
せっかくなので、これまでに培ってきた RDF データ構築と SPARQL の技術を今後より利活用していくため、「RDFデータベースの未来を考える会」(仮) を 11/21 (月) の午後 15:00〜 開催したいと思います。統合化推進プログラムは今年度で区切りとなるグループも多いところですが、これからの数年でデータセット間の連携を進め、今後のデータサイエンスをどう考えていけばよいか等、ざっくばらんに議論できればと思っています。
プロジェクト
TPP グループ全体
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
- ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進 (黒川)
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
- 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
- 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化(大浪)
- プロテオーム統合データベース:jPOST(石濱)
- 開発版Stanza検索のインターフェースがブラウザ依存だったのを修正(田中)
- Stanza開発のため、ペプチド数などの統計値を予めRDFに追加するよう変更(守屋)
- 石濱さんのTシャツデザインヘルプに対応
SPARQLthon グループ
- JST科学技術情報の利活用促進の取り組み(櫛田、川村、建石、江上、古崎)
- LODチャレンジ2016にデータ提供パートナーとして参加
- BH16.12 で関連の取り組み行う予定
- 2016年12月19日(月)午後~ 関連イベント開催
- 場所:JST東京本部(サイエンスプラザ)会議室
- 詳細は追ってお知らせします。
- JSTシソーラスのオントロジー化PJ
- 現在、進行中。
- 来年、CC BYで公開
- LODチャレンジ2016にデータ提供パートナーとして参加
- ICGC がんゲノム データ(山中)
- Version 22 の RDF データを生成完了、owl ファイル作成完了、川島さんに提出する
- 広告: Oracle の新しいグラフ DB 機能(Neo4j みたいなもの)のセミナー 12/20 受付中
- エラーとその対策(Virtuoso 7.2.0.1 : 千葉、西出、thanks to 岡別府さん[1])
- Virtuoso 37000 Error SQ156: Internal Optimized compiler error : Bad dfe in sqlo_place_exp in sqldf.c:2304.
- DEFINE sql:select-option "order"
- KEGG OC RDF のデータ更新(守屋)
- BH12.12/SPARQL11test (SPARQL 1.1対応状況調査)
今後の予定
- RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 岡別府陽子 (MSS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 吉沢明康(京都大学)
- 千葉啓和(基生研)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 森 宙史(遺伝研)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 永野朗夫 (PENQE)
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 西出浩世(基生研)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 桝屋啓志 (理研BRC)
- 高月照江 (理研BRC)
- 川島武士 (遺伝研)
- 山中遼太 (Oracle) 11/21 のみ
- 建石由佳(NBDC)22日だけになるかもしれません
- 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
- 川村隆浩(JST)22日のみ
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 新町大輔(創価大)11/21 のみ
- 青木信行(創価大)11/21 のみ
- 中村保一(遺伝研)11/21(16:00から神谷町で会議のためいったん抜けます)〜11/22午前(午後、京橋)
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 眞後俊幸(JST-NBDC)21日のみ
- 市原寿子(かずさDNA研)21日のみ
- 中尾光輝(エーザイ株式会社)
- 大石直哉 (DOGRUN)
- 金城玲 (PDBj)
- 畠中秀樹 (NBDC)22日のみになりました
- 古崎晃司 (大阪大)21日16:00頃~22日
- 小林紀郎 (RIKEN) 21日のみ
- 有田正規 (22日のみ)
- 若栗 浩幸(東大/ダイナコム)
- 田中 聡 (Trans-IT) 22日は午前中のみ
- 仲里猛留 (DBCLS) 21日のみ
- 戀津 魁 (理研)21日のみ
- 信定知江(NBDC)21日午後、22日
- 小澤健太郎 (SGI)
- 宮崎聡史 (involute) 22日のみ