SPARQLthon49

提供：TogoWiki

第49回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2016年10月24日(月) 10:00 〜 25日(火) 18:00
• 開催場所：科学技術振興機構 東京本部別館(K's五番町) 2階会議室A-2 (市ヶ谷) SPARQLthon20と同じ会場になります
• アクセス：http://www.jst.go.jp/koutsu_map2.html 広域地図
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • JCMの菌株RDFに各株のNCBI Taxonomy IDを付与した（森）
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化（大浪）
• プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱）
  • PX RDF, PX ontology を取り入れて jPOST RDF, ontology を整理（守屋）

SPARQLthon グループ

• RDFポータル更新リリース準備 (畠中・永野・川島・片山)
• JS 版スタンザを Ruby 版にするスタンザのデプロイ (片山)
  • JS_stanza_wrapper
• RDF ポータルの Quanto (how much?) SPARQLクエリ例と可視化 (大田)
  • /mw/Json-ld
• MBGDのスタンザ (千葉・西出)
  • MicrobeDB への組み込みテスト
• MicrobeDB のスタンザ修正 (岡別府)
• TogoGenome 更新 (岡別府)
  • 80 億トリプル UniProt 2016/9, RefSeq 78.0

• jPOST のビューアのスタンザ (田中)
• sparql-support 更新 (守屋)
  • spang ライクな典型クエリ発行機能
• TogoTV の英語版、RefExのRDFによる次期版 検討(大石・小野)
  • 英語版完成(暫定版URL[1])。明日DNS切り替え予定。
• TogoTable とアーカイブの RDF エンドポイント連携 (畠中)
• DBCLS SRA の新版 (仲里・大石)
• ゲノムと遺伝子の座標変換を SPARQL で？ (内藤) → メモ
• PIERO の reaction ontology 最新版を OWL にする (小寺)
  • PIEROのデータ構造を整理しています。→ https://sites.google.com/site/masaakikotera/piero
• 科研費申請 (山口・小林)
• JIST の SPARQL builder デモ準備 (山口・小林)
• Sevens の開発 (諏訪・上野・山口・川島・片山）

今後の予定

• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 岡別府陽子(MSS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 千葉啓和（基生研）
• 畠中秀樹 (NBDC)
• 森　宙史（遺伝研）
• 大石直哉 (DOGRUN)
• 内藤雄樹 (DBCLS) 10/25は午前中だけかもしれない。
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 西出浩世（基生研）
• 永野朗夫（PENQE）
• 木村豊（PENQE）
• 山口敦子 (DBCLS) 10/24のみ
• 高月照江 (理研BRC) 10/25のみ
• 山田一作 (野口研究所) 10/25のみで、15時くらいまで
• 野原祥夫 (MSS) 10/24午後のみ
• 眞後 俊幸（NBDC）各日の一部、傍聴させて頂くかも知れません。
• 佐藤大輔（レベルファイブ）
• 山中遼太（Oracle）10/24午後のみ
• 小寺正明（東工大）10/24のみ
• 諏訪牧子（青山学院大学）
• 田中聡 (Trans-IT)
• 小林 紀郎 (RIKEN) 24日のみ
• 小澤健太郎 (SGI)
• 戀津 魁（理研）24日のみ
• 櫛田達矢（NBDC）25日15時から