SPARQLthon48

提供：TogoWiki

第48回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2016年 9月 20-21日
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化（大浪）
• プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱）

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

• GenomeBentoProject

• Linked-ICGC: ICGC 本家のデータの更新に合わせて Version22 に更新（現在スクリプト実行中）
  • なるべく自動的にデータを生成できるようにスクリプトをメンテ GitHub
  • スクリプトは完成してきたので、次回からは FALDO 対応などを予定、ExAC の Exome データも統合できる？
• D2RQ Mapper: 参照先データベースが Oracle の場合の追加コード完成
  • master に取り込んで戴くか、GitHub レポジトリに追加手順を公開するか、検討中
• JETSPARQL: クエリ結果の可視化 一例 GitHub
  • 表のカラム名や棒グラフの縦横軸をクエリ結果に合わせて動的に変更する方法を今後検討する予定

今後の予定

• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 岡別府陽子 (MSS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS) 🎉
• 山中遼太 (Oracle)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 大石直哉 (DOGRUN)
• 永野朗夫 (PENQE) 20日のみ
• 山口敦子 (DBCLS)
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 高月照江 (理研BRC)
• 山田一作（野口研究所）２０日午後のみ
• 戀津魁（理研）20日のみ
• 田中聡 (Trans-IT) 20日は午前中のみ
• 櫻井望 (かずさ) 21日のみ
• 畠中秀樹 (NBDC) 21日→風邪で欠席
• 小林紀郎 (理研) 20日午後のみ