SPARQLthon46

提供：TogoWiki

第46回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 1.1 日時と会場 1.2 第0回 RDF 講習会 1.3 食事関係 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 新潟大グループ 2.4 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

日時と会場

• 開催期間：2016年 7月25日(月) 10:00 〜 26日(火) 18:00
• 開催場所：新潟大学 医学部 新潟医療人育成センター 2Fセミナー室1/2
• アクセス：
  • 新潟大学医学部 アクセスマップ
  • バス 10分 新潟駅前（B1, C3, S2, W1, W2, W7系統） 乗車 ー 東中通 下車（ICカード可）。停留所から徒歩 5分
    • バスはSuica等、IC乗車カードが利用可能です。ただし、バス内チャージや新潟交通専用ICカードのチャージ機でのチャージはできません。JRでチャージしてください
  • 会場は新潟大学医学部内にある新潟医療人育成センター 2Fセミナー室1/2です。アクセスマップ
• ネットワーク：学内wifiのゲストアカウントが利用できます。eduroamは利用できません。

第0回 RDF 講習会

SPARQLthon 初の新潟での開催になることもあり、RDFやSPARQLの入門的な講習会を行います。

• 開催日時：2016年 7月25日（月）時間 １１時から１５時くらいまで
• 講師：川島秀一（他 TBA）
• タイトル：RDF, オントロジー、SPARQL入門
• 内容：
  • 午前（11:00〜12:00）は、RDFやOWLオントロジーの入門。
  • 午後（13:30〜15:00位）は、SPARQLの入門的な解説。実際のエンドポイント（または、Fusekiを利用したローカル環境のエンドポイント）を利用したハンズオンセミナーも行いますのでその部分に参加する場合は、ご自分のPCを持参して下さい（SPARQLthon 参加者を想定しているので、PC持参は前提になります）。参加者のレベルに応じて、適宜、質疑応答中心の内容に変わるかもしれません。
    • SPARQLthon46-hands-on-workshop
• 参考図書：オープンデータ時代の標準Web API SPARQL インプレス刊
• 参考文献：NBDC RDFポータル 情報管理 Vol.59 no.4 p. 232-240 (2016)
• SPARQL入門スライド
• 参考リンク集

食事関係

• お昼について（代表的な近所のお店を挙げてみました）
  • ランチマップ 以下のお店のマップです。
  • 新潟大学病院前アメニティモール内にコンビニやレストランがあります。
    • ローソン 土日祝定休
    • タリーズコーヒー 土日祝定休
    • ダイニングアサヒ 土日祝定休
  • 大学病院内にもレストランがあります。
    • 新潟大学医歯学総合病院食堂
  • ホテルオークラ直営のレストランが有壬記念館内にあります。
    • グリル有壬 日祝定休
  • 近所でランチをやっているお店
    • 大黒亭 月曜定休
    • 海風亭 日祝定休
    • たはら 月曜定休
    • 勘吉 日祝定休
    • 姫鶴 日定休

• 夕食について
  • 有識者会議はうり坊で開催します。
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
  • GlyTouCanでは、糖鎖構造情報以外の関連データ(species, literature, external id)は、外部から呼び出してエントリーページに表示させたい。そのために外部にトリプルストアとstanzaを準備してGlyTouCanが利用するようにする検討を行った。
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化（大浪）
• プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱）
  • SPARQLthon46

SPARQLthon グループ

• SPARQLthon46/idorg-ontology Identifiers.org オントロジーの作成 (片山)
• SPARQLthon46/sparql-rest-api SPARQL API blueprint の仕様検討 (片山)
• SPARQLthon46/togogenome-proxy TogoGenome 開発環境の sparql-proxy 化 (片山)
• SPARQL tips GO IDをDISTINCTする必要性について (岡別府)
• SPARQLthon46/blazegraph(岡別府)

• DBCLS SRA (Sequence Read Archive) (仲里、大石、坊農)
  • （雑）川島さんのレクチャーを聴きました
  • Amazonへの移植 … またディスクあふれました。原因であった、ログとかバックアップのファイルを消すようにしました。
  • Amazonの環境が遅い！… いろいろ書き換えたりしましたが、結局、メモリが足りないのでは疑惑。大田さんに訊く
  • （雑）（共同研究データの）DRAへの登録…どこに何を書いていいのやら
• SPARQLthon46/AOE 発現統合 (坊農、大石)
• SPARQLthon46/DDBJ (藤澤）

新潟大グループ

• http://taxtream.web.fc2.com

UniProt SPARQL endpoint から

PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>

SELECT ?image
WHERE {
  ?tax_id foaf:depiction ?image .
  ?image a foaf:Image .
}

な画像を取得し、Wikipedia にリンクするアプリケーション (山本聖大さん、遠藤大輔さん)

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 奥田修二郎 (新潟大学)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 永野朗夫 (PENQE)
• 渡辺由 (新潟大学)
• 吉沢明康（京都大学）
• 岡別府陽子(MSS)
• 平川英樹 (かずさDNA研) 参加予定でしたが都合がつかなくなりましたため、欠席致します。
• 市原寿子(かずさDNA研)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 凌一葦（新潟大学）
• 瀧原速仁（新潟大学）
• 山田一作（野口研）
• 春日紀恵(新潟薬科大)
• 高月照江(理研BRC)
• 阿部貴志(新潟大学)
• 新潟大工学部学生・大学院生 9名
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 大石直哉（DOGRUN）
• 田中聡（Trans-IT）26日のみ参加