SPARQLthon42
提供:TogoWiki
第42回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
日時と会場
- 開催期間:2016年 3月24日(木) 10:00 〜 25日(金) 10:00 ~ 18:00
- 開催場所:創価大学 @ 中央教育棟 2階 グループ学習室(AE256)
- アクセス
- 八王子駅から会場までのアクセス
- 食堂とコンビニ
- 大学の食堂、ローソン(10:00~16:00)が利用できます
- 喫煙所について
- 学内は完全禁煙となっております。
- また、大学周辺にも喫煙する場所がございません。あらかじめご了承ください。
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- ネットワークについて
- 学内で無線LANを利用するためのゲストアカウントを用意しています。
- ネットで閲覧・検索ができればOKという方向けになります。
- ネットワークの利用には以下の2点が事前に必要となります。
- セキュリティソフトのアップデートが最新であること
- Windowsアップデートが最新であること
- ネットワーク名:SOKA30WL
- ゲストアカウント
- 利用するIDとPassを選んで、利用者の列に名前を入力ください。
- また、学内では、SSHなどのプロトコルが利用できるゲスト用無線LANサービスがございません。
- ssh, scp等を利用する際は、事前にeduroamのアカウントを作っていただくか、個別でモバイルルーターの準備をお願い致します。
プロジェクト
TPP グループ全体
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
- ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進 (黒川)
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
- 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
- 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
- PDBJとGlyTouCanとの連携
- PDBjにsugarが含まれている場合、GlyTouCanのアクセッション番号を利用してもらう。
- ドキュメント
- GlyTouCanでTaxonomyの利用を検討
- 糖鎖構造の登録時にTaxonomy IDを一緒に登録出来ないか?
- => DDBJのTaxonomy ontologyを紹介してもらう。
- VirtuosoでMassの値が勝手に四捨五入される問題
- どうやらxsd:doubleをデータタイプとして使うと自動で四捨五入される。
- 四捨五入されたくない場合は、xsd:decimalを使うという手がある。
- PDBJとGlyTouCanとの連携
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化(大浪)
SPARQLthon グループ
- 日化辞 と KNApSAcK の化合物IDの対応情報の取得 (櫛田、山田、時松)
- textarea での SPARQL 記述補助ツール "SPARQL support" (守屋)
- loadstar など textarea じゃなく CodeMirror を使ってる endpoint への対応
- CodeMirror での addon 化で対応中 (テスト版)
- loadstar など textarea じゃなく CodeMirror を使ってる endpoint への対応
- Sequence Statistics RDF/Ontology (🐶)
- URI (暫定)
- ontology: purl.jp/bio/01/quanto/ontology
- resource: purl.jp/bio/01/quanto/resource
- SOS: Sequence Statistics Ontology https://github.com/inutano/sos
- sample turtle https://gist.github.com/inutano/c15f1274e8d553d49a65
- URI (暫定)
- JSTシソーラスオントロジー化試験作業(建石・櫛田)
- JSTシソーラス「関連語(RT)」リンクの整理作業結果(3人の作業者による)の集計・一致率計算(Fleiss' KappaとKrippendorff's Alpha)のプログラム作成
- 手元の試験データでは動作した、という段階
- JSTシソーラス「関連語(RT)」リンクの整理作業結果(3人の作業者による)の集計・一致率計算(Fleiss' KappaとKrippendorff's Alpha)のプログラム作成
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 新町大輔 (創価大)
- 山田一作(野口研)
- 松原正陽(野口研究所)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 岡別府陽子(MSS)
- 永野朗夫 (株式会社PENQE)
- 金城玲(PDBj) (25日午前中いっぱいで失礼します。)
- 時松敏明 (DBCLS)
- 建石由佳 (NBDC)
- 藤澤貴智(遺伝研)25日のみ参加
- 奥田修二郎(新潟大学)
- 櫛田達矢(NBDC)24日のみ参加
- 木下聖子 (創価大)
- 青木信幸 (創価大)
- 金進東(DBCLS)
- 河野信(DBCLS)