SPARQLthon39

提供：TogoWiki

第39回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2015年 12月17日(木) 10:00 〜 18日(金) 18:00
• 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
  • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
  • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
    • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
    • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
• お昼について
  • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
    • 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
• 夕食について
  • 初日の夕食は参加者のみなさまで三島駅前に出かける予定です。
• ホテルについて
  • 駅の周りのホテル
    • ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
    • ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
    • 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
    • ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。温泉があるらしい。
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

• NBDC/EBI RDF のスタンザ開発 (川島・岡別府)
  • データ調査中
• "http://..."^^xsd:anyURI は <http://...> の方がよい (桝屋・川島)
• MicrobeDB の開発 (岡別府)
• ICGC RDF の更新 (release 20) とポータル用クエリ例 (ここに埋め込み) (山中)
• 種間比較の D3.js による可視化開発 (守屋)
  • テストページ
• BioHDT のC++ツール群の調査 (山口)
  • HDT調査
• FastQC メタデータの RDF 化 (大田)
• メタゲノムの系統組成 RDF 化 (森)
  • 系統名の名寄せが完了
• 真核ゲノムデータの RDF コンバータ (藤澤)
• DDBJ データのバリデータ (藤澤)
• GraphDB (旧OWLIM) の制限なしフリー版検証 (山本)
• First authors' の 100 万トリプルを Fuseki にいれて SPARQL builder のメタデータ生成 (山本・山口)
• 比較ゲノムのスタンザ (千葉)[1]
• 微生物・マウス・細胞 RDF の更新体制 (高月)
• 遺伝研マウスデータの RDF 化 (高月)
• NBDC RDF ポータルの調整 (永野)
  • IE9 対応完了
• DBタグ改定、DBカタログとTogoTVの連携 (信定)
• マススペックのキュレーション (リー・有田)
  • SQLに入れるデータタイプを石濱グループと共通化
• 日化辞とKNApSAcKのID対応 (時松)
  • 立体異性表記の問題で InChI によるマッチングだけでは解決しない
  • InChiで合わない同一化合物IDについて検証中
• PIERO 追加データ、語彙の整備、ライセンス (小寺)
• エピゲノムの RDF 化 (河野)
  • https://github.com/orenogithub/iHEC
• RDB の多層オミクスデータを D2RQ で SPARQL 対応 (田中)
• プロキシサーバ (たたき台をCC0で公開), ファセットスタンザ (今後検討) (山中・片山)
• BH15.15 登録サイト準備 (片山)
  • http://tinyurl.com/bh15-15-form
• RDF サミット計画 (片山)
• d3sparql BioSample の SPARQL クエリ更新 (片山)
• AOEの更新 (坊農)

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 時松敏明 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 岡別府陽子 (MSS)
• 山中遼太 (Oracle) 17日のみ
• 永野朗夫 (PENQE) 17日終日、18日午前
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 森宙史（東工大）17日のみ
• 仲里猛留（DBCLS）
• 大石直哉（DOGRUN）
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 小寺正明（東工大）17日のみ
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 金城玲（阪大蛋白研）１８日のみ
• 桝屋啓志 (RIKEN BRC)18日のみ
• 高月照江 (RIKEN BRC)
• 小澤健太郎 (SGI)
• 千葉啓和（基生研）
• 有田正規 (遺伝研)
• Li Donghan (NAIST)
• 田中聡 (Trans-IT)
• 信定知江 (NBDC) 両日17時まで
• 畠中秀樹 (NBDC) 18日のみ