SPARQLthon38

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第38回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

SPARQLthon グループ

  • 菌株 RDF モデルの標準化 (森, 高月)
  • 真核ゲノムRDF (藤澤, 河野, 田中, 片山)
    • PomBase, SGD, Phytozome などを RDF 化したい
    • BioInterchange + GFVO で GFF, VCF などをカバーしているので INSDC RDF と比較→ SPARQLthon38/GenomeRDF
      • 2.0 のインストール、出力が1行1JSONだった（拡張子 .ldj: line delimited json)
    • Bio::Sequence / Bio::Features に to_rdf をつける？← VCF などはどうする, GA4GH グラフとの整合性
  • RDF ポータルとスタンザ (川島, 岡別府)
    • BMRB RDF のキュレーション
    • EBI スタンザをベースに改訂
    • ICGC RDF とのコラボレーション
  • FastQC の RDF 化 (大田)
  • InChI 階層 (櫛田, 山田、時松)　InChI-RDF
  • 化石 + 系統樹 (川島) [1]
  • GGGenome/GGRNA INSDC バージョンとAWS化 (内藤)
    • GGGenome: DDBJ 101.0 → 102.0 (Sep. 2015) 更新
      • インデクシング完了、検索ノードにデプロイ中。
    • GGGenome on Amazon EC2
      • CentOS 6のマシンイメージを利用することでコンパイルが通り動作した。
      • インデクシングはI/Oが律速なのでEBS (通常のボリューム) 上だと遅い。
      • i2.xlarge等のInstance Store (=localのSSD) を使うようにすると速い。
      • 検索速度については確認中。
    • TogoGenome に真核データを連携 http://togogenome.org/rdf/togogenome/refseq/current/refseq.fasta
  • SPARQL Builder UI インプリ (レンツ)
  • トリプルストア検証 (山本)
  • がんゲノム 〜 RDF ポータル準備、紹介用スライド作成 (山中)
  • TogoStanza JS 版をどうするか (BioJS の event API 調査) (片山)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 山口敦子(DBCLS)
  • 千葉啓和（基生研）
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 櫛田達矢（NBDC）
  • 永野朗夫（PENQE）
  • 坂井美津帆（PENQE）5日のみ
  • 戀津魁（理研）5日のみ（早退？）
  • 山中遼太（Oracle）
  • 高月照江(理研BRC)5日のみ
  • 森宙史（東工大）5日14時過ぎ?から夜までのみ
  • 山本泰智（DBCLS）
  • 川島武士（筑波大）
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 信定知江（NBDC）16時半まで（2日ともに）
  • 河野信（DBCLS）
  • 田中聡
  • 仲里猛留（DBCLS）
「/mw/SPARQLthon38」より作成