SPARQLthon36/epi-genome

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(ページの作成:「* data ** ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/dbtss/dbtss_ver9/hg38/ * BS-seq 1 1 chr1 11210 3 2 5 2 1 chr1 11226 3 2 ...」)
 
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     hoge:cg_count 3
     hoge:cg_count 3
   ] .
   ] .
 +
 +
* ChIP-seq (H3K4me3)
 +
chr7    10161  10196  1
 +
chr7    10163  10198  1
 +
chr7    10168  10203  1
 +
chr7    23931  23966  1
 +
chr7    30133  30168  1
 +
 +
[
 +
    a so:SO_0001697,      # ChIP_seq_region
 +
      faldo:Region;
 +
    faldo:begin [
 +
      a faldo:ExactPosition,
 +
        faldo:ForwardStrandPosition;
 +
      faldo:position 10161;
 +
      faldo:reference "chr7"
 +
    ];
 +
    faldo:end [
 +
      a faldo:ExactPosition,
 +
        faldo:ForwardStrandPosition;
 +
      faldo:position 10196;
 +
      faldo:reference "chr7"
 +
    ];
 +
    hoge:binding so:SO_0001706;    # H3K4_trimethylation
 +
    hoge:tagcount 1
 +
] .

2015年9月1日 (火) 08:10時点における最新版

  • BS-seq
1       1       chr1    11210   3       2       5
2       1       chr1    11226   3       2       5
3       1       chr1    11239   1       6       7
4       1       chr1    11284   2       7       9
5       2       chr1    11297   4       8       12
 [
    a so:hoge,
      faldo:ExactPosition,
      faldo:ForwordStrandPosition;
    faldo:position 11210;
    faldo:reference "chr1";
    hoge:ca_count 2;
    hoge:cg_count 3
 ] .
  • ChIP-seq (H3K4me3)
chr7    10161   10196   1
chr7    10163   10198   1
chr7    10168   10203   1
chr7    23931   23966   1
chr7    30133   30168   1
[
   a so:SO_0001697,       # ChIP_seq_region
     faldo:Region;
   faldo:begin [
     a faldo:ExactPosition,
       faldo:ForwardStrandPosition;
     faldo:position 10161;
     faldo:reference "chr7"
   ];
   faldo:end [
     a faldo:ExactPosition,
       faldo:ForwardStrandPosition;
     faldo:position 10196;
     faldo:reference "chr7"
   ];
   hoge:binding so:SO_0001706;     # H3K4_trimethylation
   hoge:tagcount 1
] .
/mw/SPARQLthon36/epi-genome」より作成