SPARQLthon32

提供：TogoWiki

第32回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2015年 5月14日(木) 10:00 〜 15日(金) 18:00
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • 環境関連の（塩分濃度などの）数値メタデータのためのオントロジー（述語）の整備 MSV (metagenome sample vocabulary) (森・鈴木)
    • SPARQLthon32/MSVのオーバーラップ問題
  • PDO の語句からゲノムを検索する - 新しいゲノムに対応、メタゲノムにもPDOを対応させる (山本)
    • 前回約500→1500くらいに増やせた。今後は歯周病などメタゲノムデータへ対応を進める。
  • 生物種名と病名 (PDO) のタームを使って論文を検索、症状 (CSSO) とのマッピングや関連する毒素遺伝子を拾うなど (川島・山本・片山)
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
  • 果樹の農業形質・生育環境オントロジーの構築 - 法律で生産が推奨されている果樹 13 種をメインに (市原・櫛田)
  • PGDBj で配列からゲノムの物理地図へのマッピングで FALDO を使うための準備 - イネ、アラビはあるのでトマトと果樹の1つ(リンゴorミカン?)をターゲットに (市原・藤澤)
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
  • 理研マウスと微生物 (JCM) のサンプルのデータベースの RDF 化を URI のドメインを決めて (J-phenome?) 公開に向けて進めている (高月)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
  • メタボロの実測データのピーク抽出の精度を上げる (櫻井)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
  • GlyTouCan の部分構造の SPARQL 検索が実現できた (木下)
    • 効率の良い SPARQL クエリを生成するプログラムを作成して http://www.wurcs-wg.org/tool/wurcs2sparqlseq3.php に実装した

各データベースの該当分野とモデル図

• データベースリスト
• オントロジー図

SPARQLthon グループ

• RDF ポータル
  • ガイドラインのリリース (川島・山本・片山) → RDFizingDatabaseGuideline
  • ポータルサイトの仕様 (川島・片山・永野) → https://dl.dropboxusercontent.com/u/429992/20150515-rdfportal.jpg
• TogoGenome
  • データ更新対応、テキスト検索APIの仕上げ (岡別府・片山)
  • トーゴーの日までの開発計画 (片山・川島・守屋)
• TogoStannza
  • 可視化ライブラリ（永野）
  • リファレンスゲノムを推薦するサービス用スタンザ (藤澤・望月)
• BioSample - BioProject - SRA metadata
  • メタデータ
  • Assembly report からのゲノムリストの更新系
• LinkSet-RDF (上原)
  • オントロジー整備 SPARQLthon32/LinksetOntology
• 天然物 （山田、時松）
  • 今後の方針の検討（アルカロイド整理）
    • 手始めに解析するアルカロイドの候補
      • Isoquinoline Alkaloids（候補１）
        • (1) DNP の Isoquinoline Alkaloids 骨格分類の精査
        • (2) KEGG と MetaCyc/PlantCyc の Isoquinoline Alkaloids 関連代謝経路の調査
        • (1) と (2) の対応付け
        • L-Tyrosine --> {4-Hydroxyphenylacetaldehyde} --> (S)-Norcoclaurine --> 3'-Hydroxy-N-methyl-(S)-coclaurine --> (S)-Reticuline --> (R)-Reticuline --> Thebaine --> {Morphine} においては、4-Hydroxyphenylacetaldehyde （Benzylisoquinoline Alkaloid (DNP)）と　Morphine（Morphine Alkaloid (DNP)）　が母核候補構造
      • Terpenoid Alkaloids（候補２）
        • 今回は候補に挙げただけ

• がんゲノム (山中)
  • SPARQL Endpoint 中継サーバー に SPARQL Replay（＝キャッシュ生成）機能を追加
  • ICGC Linked Data Portal で戻るボタンが使えるように検索条件を URL の GET 文字列として付加
  • ICGC Linked Data Portal で発行したクエリがわかるように d3sparql の各グラフに SPARQL 確認ボタンを追加
• Docker
  • NGSデータ解析ツールのDocker化とその環境づくり (坊農)
• SPARQL support（守屋）
  • 一括インデント処理の追加、同一ホストの別 virtuoso 間での動作不具合を修正
• オーソログ (千葉)
  • OMA にオーソログオントロジーを適用した

今後の予定

• SPARQLthon33 からの日程調整
• BioHackathon 2015 参加登録開始 → http://2015.biohackathon.org/
• ご自由におとりください
  • データ中心科学 リサーチコモンズ研究紹介「データに語らせる科学」
  • 今日から使える！データベース・ウェブツール 別刷り
• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 小澤健太郎 (SGI)
• 上原英也 (SGI) 14日のみ
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 永野朗夫 (PENQE)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 山中遼太 (先端研)
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 望月孝子（遺伝研）
• 山田一作（野口研）１４日PM〜１５日
• 山本泰智 (DBCLS)
• 高月照江（理研BRC）
• 時松敏明 (DBCLS)
• 森宙史（東工大）14日のみ
• 山本希（東工大）14日のみ
• 櫻井望（かずさ）14日のみ
• 岡別府陽子（MSS）
• 木下聖子（創価大）１４日PMのみ
• 青木信幸（創価大）１４日PMのみ
• 新町大輔（創価大）１４日PMのみ
• 藤田晶大（創価大）１４日PMのみ
• 土屋伸一郎（創価大）１４日PMのみ
• 戀津魁（理研）15日のみ
• 市原寿子（かずさ）
• 鈴木真也（東工大）14日のみ
• 櫛田達矢（NBDC）14日PM
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 仲里猛留（DBCLS）
• 千葉啓和（基生研）
• 大田達郎 (DBCLS)