SPARQLthon32/LinksetOntology
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前回の SPARQLthon31 でのホワイトボード
から、ドラフトバージョンでは、まず forward/reverse/canonical なリンクを指す predicate を定義したオントロジーを作ることにした。 Identifiers.org のオントロジーと揃えていく必要がある。また、DB 間の関係（リンクの意味や由来や統計データ）は後日定義する。 PURL への登録も TODO。
@prefix : <http://purl.jp/bio/01/linkset#> .
@prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix spin: <http://spinrdf.org/spin#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix dct: <http://purl.org/dc/terms/> .
<http://purl.jp/bio/01/linkset#>
rdf:type owl:Ontology ;
dct:license <http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/> ;
owl:versionInfo "2015-05-14"^^xsd:date .
# Classes
:DatabaseEntry
rdf:type owl:Class ;
rdfs:comment "A class for database entry." ;
rdfs:label "Database entry" .
# Properties
:forwardLink
rdf:type owl:ObjectProperty ;
rdf:comment "A link recorded in the subject entry to the object entry." ;
rdfs:domain :DatabaseEntry ;
rdfs:range :DatabaseEntry .
:reverseLink
rdf:type owl:ObjectProperty ;
rdf:comment "A link inferred from a forward link." ;
rdfs:domain :DatabaseEntry ;
rdfs:range :DatabaseEntry .
:canonicalLink
rdf:type owl:ObjectProperty ;
rdf:comment "A link to the original database record (polite URL)." ;
rdfs:domain :DatabaseEntry ;
rdfs:range :DatabaseEntry .
これを用いた最小限のトリプルは、
<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> :forwardLink <http://identifiers.org/pfam/PF08461> . <http://identifiers.org/pfam/PF08461> :reverseLink <http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> . <http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> dct:identifier "I2F1D2" . <http://identifiers.org/pfam/PF08461> dct:identifier "PF08461" . <http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> :canonicalLink <http://purl.uniprot.org/uniprot/I2F1D2> . <http://identifiers.org/pfam/PF08461> :canonicalLink <http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF08461> . <http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> rdf:type <http://identifiers.org/uniprot> . <http://identifiers.org/pfam/PF08461> rdf:type <http://identifiers.org/pfam> .
のようになる。
<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> rdf:type :DatabaseEntry . <http://identifiers.org/pfam/PF08461> rdf:type :DatabaseEntry .
も定義可能だが、現状あまり用途がないので必須とはしない（推論可能）。
