SPARQLthon23

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2014年10月17日 (金) 06:32時点における最新版

第23回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 文献の URI 2.3 化合物 2.4 SPARQLthon グループ 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2014年8月18日(月) 10:00 〜 19日(火) 18:00
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
  • MassBankサーバ@三島を稼働させる (有田)
    • 既存の複雑なMassBankシステムをスマートなものに作り替えたいということで調査を行った
  • D2RQ でメタデータの RDF 生成 (櫻井)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • オーソログと感染症の関係のスタンザ (森、千葉、山本)
    • 両方のデータを同じトリプルストアに入れて検索ができるようにした
    • 病原菌ゲノムと近縁種の非病原性の比較ゲノム解析で病原遺伝子の特定につなげたい
    • 各病原菌と病気のマッピングデータとオーソログ組成の RDF をあわせてスタンザ化する
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
  • 植物病害 Disease curation の RDF 化 (市原・平川)
    • 病害キュレーション (+ 山本さん) 宿主生物や部位によって病名が違う状況をどう RDF 化すればよいか
    • 抵抗性を持つ品種と持たない品種 → ER図 参照
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
  • データベースリスト をもとに共通 RDF を探る（今後このページに成果をまとめていく。オントロジー図のページは、各プロジェクトのスキーマ図をアップしていくのに使う。）
  • 生物種、ゲノム、分子、文献についてはだいたい合意できたので、後半を進める。上位概念についても出口の検討とともに進める。
    • 後半部分については複雑かつ TPP グループごとに作業中なので、最初は共通スキーマをトップダウンで作るのではなく、ボトムアップに RDF を作りレビューし合うという方向性で合意（最終的にはできるだけ共通化する）→ スタンザ化
    • 議論の経過については TPP-DB のページに記録を残すことにした

文献の URI

• 櫛田さんから、文献についての調査報告がありました（8/19) → SPARQLthon23/LiteratureID

化合物

• 天然物の調査（時松、山田）

SPARQLthon グループ

• がんゲノムの RDF 調査、Linked TCGA データのユースケース作成、Linked ICGC をつくる (山中)
• SPARQL BuilderのRonbunthon (山口、呉、戀津、小林)
  • http://www.sparqlbuilder.org/sb.html で Web 版の GUI を準備中
• TogoGenome / SPARQLthon23/DDBJ: INSDC/Taxonomy OWL とコンバータの更新・公開・Ronbunthon (藤沢、片山)
• オントロジー図 とドキュメント生成を山本さんのツール、山口さんたちの SPARQL builder などと共用化していきたい (大田、片山)
  • 山本さんのjavaで書かれたTripleStore探索コードを実行するコンテナ作りました🐶
    • docker run -i -t inutano/tripledataprofiler
  • 山本さん山口さん小林さんとの議論まとめ
• Reaction ontology を利用したスタンザの開発 (守屋、小寺)
  • 類似した RCLASS がどの Reaction Ontology に対応しているかを表示するなど
• Genie (ライフサイエンス版Siri) の Semantic Web 化を構想 (板谷)

参考リンク

• これまでの SPARQLthon
• /mw/ファイル:DDBJTaxonomyオントロジー_グラフ概略図.png

参加者

• 片山俊明（DBCLS）
• 川島秀一（DBCLS）
• 小林紀郎（理研）
• 岡別府陽子（MSS）
• 小寺正明（東工大）１日目のみ参加
• 戀津魁（理研）
• 永野朗夫（PENQE）18日のみ
• 守屋勇樹（DBCLS）19日のみ
• 時松敏明（DBCLS）19日は15時ごろまで
• 大田達郎（DBCLS）
• 千葉啓和（基生研）
• 森宙史（東工大）2日目は午後から
• 山中遼太（先端研）
• 平川英樹（かずさ）18日のみ
• 市原寿子（かずさ）
• 高月照江（理研BRC）
• 桝屋啓志（理研BRC）18日のみ
• 山田一作（野口研）
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 有田正規（遺伝研）18日のみ
• 山本希（東工大）
• 鈴木真也（東工大）
• 櫻井望（かずさ）18日のみ
• 山本泰智（DBCLS）