SPARQLthon107

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2021年8月6日 (金) 08:13時点における最新版

第107回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。参加予定の方は、このページ下部の「参加者」欄にご記名ください。

開催概要

今回は参加予定者数が限られていたこと、千葉県にも緊急事態宣言が発令されたこと、感染者数の増加などの状況に鑑み、オンライン開催とします。

開催期間： 2021年8月5（木）- 6日（金）
開催場所： ~~DBCLS柏の葉~~ オンライン開催
開催連絡： biohackathon-jpメーリングリスト、および SPARQLthon Slack の #announcements チャンネルを参照ください

オンラインツール

DBCLS OpenID サイト上でアカウント作成可能（ですが、よく壊れているみたいなので遠慮なくご指摘ください）
biohackathon-jpメーリングリスト誰でも参加可能なはずです
Slackの招待リンク 8/3更新、1週間有効
Pragliの招待リンク 8/3更新、1ヶ月有効
SPARQLthon Zoom 常設

ログインできない、招待リンクの有効期限が切れている等なにか不具合がありましたらお手数ですが Slack や sparqlthon@biohackathon.org にご連絡ください。

参加手順

この Wiki ページの下の方にある「参加者」の欄に名前を追記する
- TogoWikiへのログイン・書き込みには DBCLS OpenID のアカウントが必要です

2日目 17:00 までにスライドに進捗を記載してラップアップを行います (Zoomでも中継予定)
- SPARQLthon107スライドにテンプレートを用意しましたので適宜追加ください

（参考： 106 105 104, 103, 102, 101, 100, 99, 98, 97, 96, 95, 94, 93, 92, 91）

オンライン参加の場合

ラップアップなど全員参加のものは Zoom で、各グループごとの打ち合わせなどは Pragli で行う予定です。

Pragli について

Pragli は Slack に似たインターフェイスで、

Slack のワークスペースが Pragli のチーム
Slack のチャンネルが Pragli のルーム

に対応しており、同じチームの同じルームにいる人とテレビ会議（カメラ、もしくはアバターと音声のみを選択）できます。

Pragli の SPARQLthon チームで、自分の取り組みたい課題のルームに参加するか、ルームを作成する
- ルームは下記のように（手作業で）色分けしています
  - 赤色：オーガナイザー作成ルーム（初めての方用の #001-entrance やラップアップ用の #wrap-up など）
  - 紫色：各課題ごとの開発ルーム（打ち合わせや開発には主にこれらのルームを使用）
  - 水色：非公開プロジェクト関係者だけの鍵付きルーム（入室にはノックと承認が必要）
  - 黄色：ご自由にお使いくださいルーム（会議の前後には #workout や #coffee を）
  - 緑色：Pragliがデフォルトで作成するルーム（無言で過ごせる #silent-room など）
- 新たにルームを作成した場合は、「Pragli 左上のメニュー＞Team settings＞Roomsタブ」でルーム名左の「#」をクリックして色を↑に揃えてください
メモ
- 1ルーム17人までの制限あり
- P2P など特殊なポート番号へのアクセスをファイアウォールで制限している組織からは繋がらない場合があるようです
- 全員に一斉連絡するための機能 (Discussion) がついた模様 (2020/10)

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
糖鎖科学ポータルの構築 (木下) - https://glycosmos.org/
蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/

終了

SPARQLthon グループ

必要に応じて追記ください（→ 進捗報告は Google slides に移行）

今後の予定