References wo PMID

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目次 1 検討課題 2 使えそうな識別子 3 現状と課題 4 リソース一覧

検討課題

PubMed や、DOI などのリソースが使えない文献情報をRDF化するのに、誰かURIを提供するデータベースを運用してくれないか。

TogoDB で作ればいいのではないか。

使えそうな識別子

• PMID
• DOI
• J-GLOBAL（国内）
• CiNii論文ID（NAID）
• JAIRO ID（機関レポジトリに収録されている国内の学術論文、学位論文、研究紀要、研究報告書）

• 国内紀要などだと、NAIDなどしかつかないものもあり
  • 例：KNApSAcKで1201 化合物-生物種ペアに引用されている紀要: Umezawa,Wood Res.,No.90,(2003),27 （Phylogenetic Distribution of Lignan Producing Plants）→NII Article ID (NAID) : 110004665751 (http://ci.nii.ac.jp/naid/110004665751)

現状と課題

• PMID,DOIなどつかないものの取扱い →海外のマイナー雑誌などが対象
  • １：内輪のIDを付与？　TPP関係はNBDCがふる？
  • ２：リテラルで書き下す？　書式の標準化？　既存の書式？
• 効率的にリンクをつける方法は？
  • PMIDを効率的につける方法は？
    • NLM Catalog: Journals referenced in the NCBI Databases
  • DOIを効率的に付与する方法
    • CrossRef Simple Text Query Form（全部ではない？）
      • 表記揺れ、スペルミスはある程度吸収
      • 表記法によって、帰ってくる結果が変わる場合があるっぽい
  • DOIとPMID、PMCID間の変換はNCBIで可能　
    • PMC ID Converter API
  • ID検索の前段階で表記ゆれなどをどうするか？ →金さんに相談？
    • 山本さんの Colil 用の実装が使えるかも
    • Amazon Mechanical Turk が使えるかも（現状では日本からは利用できない）
    • 日本国内では ランサーズやクラウドワークス などのサービスが使えるとのこと
• IDとリンクする際に、表記揺れなどで当たらない
  • 表記の揺れ方
    • 略記法の揺れ
    • 雑誌の別名　例、非英語圏で非英語名と英語名で同じ雑誌をさす場合がある
• PMID: DOI: 両方を持つものの取扱い
  • NBDCのヒトDBは両方ある場合には DOI: を優先的に表示　→（理由）本文への到達可能性が高い
    • 両方出すべきでは？
• 文献の標準的な記載法は？
• 化合物に限らない文献記載の問題点
  • 培地論文
  • 遺伝研　中村先生、山崎先生など（植物系の古い論文・書籍）
• KNApSAcKの文献RDF化の問題点
  • 記載の正確性の問題（キュレーションが必要）→櫻井さんと要相談

リソース一覧

• KNApSAcK → KNApSAcKのエントリ例
• NIES culture collection references
• NBRC sample
• JCM sample
• CrossRef title list
• DDBJ/ENA/GenBank/RefSeq → Genome RDFのリファレンス記述例