References wo PMID

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目次

検討課題

PubMed や、DOI などのリソースが使えない文献情報をRDF化するのに、誰かURIを提供するデータベースを運用してくれないか。

TogoDB で作ればいいのではないか。


使えそうな識別子

  • PMID
  • DOI
  • J-GLOBAL(国内)
  • CiNii論文ID(NAID)
  • JAIRO ID(機関レポジトリに収録されている国内の学術論文、学位論文、研究紀要、研究報告書)
  • 国内紀要などだと、NAIDなどしかつかないものもあり
    • 例:KNApSAcKで1201 化合物-生物種ペアに引用されている紀要: Umezawa,Wood Res.,No.90,(2003),27 (Phylogenetic Distribution of Lignan Producing Plants)→NII Article ID (NAID) : 110004665751 (http://ci.nii.ac.jp/naid/110004665751)

現状と課題

  • PMID,DOIなどつかないものの取扱い →海外のマイナー雑誌などが対象
    • 内輪のIDを付与? TPP関係はNBDCがふる?
    • リテラルで書き下す? 書式の標準化? 既存の書式?
      • PMIDなどのIDがつく前にReferenceが必要になることがある(DDBJなど)
        • あとからIDがついてくる
        • GenomeRDFのリファレンス記述例(藤澤さん)
  • 効率的にリンクをつける方法は?
  • IDとリンクする際に、表記揺れなどで当たらない
    • 表記の揺れ方
      • 略記法の揺れ
      • 雑誌の別名 例、非英語圏で非英語名と英語名で同じ雑誌をさす場合がある
  • PMID: DOI: 両方を持つものの取扱い
    • NBDCのヒトDBは両方ある場合には DOI: を優先的に表示 →(理由)本文への到達可能性が高い
      • 両方出すべきでは?
  • 文献の標準的な記載法は?
  • 化合物に限らない文献記載の問題点
    • 培地論文
    • 遺伝研 中村先生、山崎先生など(植物系の古い論文・書籍)
  • KNApSAcKの文献RDF化の問題点
    • 記載の正確性の問題(キュレーションが必要)→櫻井さんと要相談

リソース一覧

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