BH15.15/multiomics

提供：TogoWiki

• ごっちゃになってきたので整理する
  • TSS/BS/ChIP/RNA-seq/SNV/iHEC
    • BS-seqしかできなかった…
      • https://github.com/orenogithub/kero/tree/kero
  • kero ontology整備

• Ensembl の RDF になるべく合わせる
• 問題点
  • コロンがあるので qName 使えない（エスケープすればOK？）
  • GRCh38 (Ensembl) と hg38 (kero) は微妙に違う？（ので Ensembl のURI使えない）
  • IDの記述が dc:identifier （ガイドラインでは dcterm:identifier）
    • もちろんガイドラインに従う（UniProtもdcterm:identifier）
  • FALDO で使う URI にバージョン番号があったりなかったり
    • 最初にサブクラス定義しているけど何のため？
  • エントリー番号にバージョン番号不要？
  • メタデータをどこに入れるか

dataset:LC2ad a kero:MethylSeqDataset;
  rdfs:label "kero BS-seq dataset of LC2ad" .
dataset:LC2ad kero:hasMethylationSite kerobs:LC2ad_1 .
kerobs:LC2ad_1 a obo:SO0000306;
  rdfs:label "Methylation site on chromosome 1:11210";
  faldo:location resource:1_11210-11210;
  kero:bin 1;
  kero:caNum 2;
  kero:cgNum 3;
  dcterms:identifier "LC2ad_1" .
resource:1_11210-11210 a faldo:Region;
  rdfs:label "chromosome 1:11210-11210";
  faldo:begin resource:1_11210;
  faldo:end resource:1_11210;
  faldo:reference resource:1 .
resource:1_11210 a faldo:ExactPosition,
    faldo:StrandedPosition;
  rdfs:label "chromosome 1:11210";
  faldo:position 11210;
  faldo:reference resource:1 .

• データセットをまたいだ横断検索クエリ作成
• 生物種をまたいだ横断検索クエリ作成
• （外部データをまたいだ横断検索クエリ作成）