BH15.15/multiomics
提供:TogoWiki
- ごっちゃになってきたので整理する
- TSS/BS/ChIP/RNA-seq/SNV/iHEC
- BS-seqしかできなかった…
- kero ontology整備
- TSS/BS/ChIP/RNA-seq/SNV/iHEC
- Ensembl の RDF になるべく合わせる
- 問題点
- コロンがあるので qName 使えない(エスケープすればOK?)
- GRCh38 (Ensembl) と hg38 (kero) は微妙に違う?(ので Ensembl のURI使えない)
- IDの記述が dc:identifier (ガイドラインでは dcterm:identifier)
- もちろんガイドラインに従う(UniProtもdcterm:identifier)
- FALDO で使う URI にバージョン番号があったりなかったり
- 最初にサブクラス定義しているけど何のため?
- エントリー番号にバージョン番号不要?
- メタデータをどこに入れるか
dataset:LC2ad a kero:MethylSeqDataset; rdfs:label "kero BS-seq dataset of LC2ad" . dataset:LC2ad kero:hasMethylationSite kerobs:LC2ad_1 . kerobs:LC2ad_1 a obo:SO0000306; rdfs:label "Methylation site on chromosome 1:11210"; faldo:location resource:1_11210-11210; kero:bin 1; kero:caNum 2; kero:cgNum 3; dcterms:identifier "LC2ad_1" . resource:1_11210-11210 a faldo:Region; rdfs:label "chromosome 1:11210-11210"; faldo:begin resource:1_11210; faldo:end resource:1_11210; faldo:reference resource:1 . resource:1_11210 a faldo:ExactPosition, faldo:StrandedPosition; rdfs:label "chromosome 1:11210"; faldo:position 11210; faldo:reference resource:1 .
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