BH14.14/genomeRDF/RDFizedBloodTest
提供:TogoWiki
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#snomedct:259001000 means International unit/liter (IU/L) | #snomedct:259001000 means International unit/liter (IU/L) | ||
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+ | * in vitroの場合 | ||
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+ | sio:SIO_000216 [ | ||
+ | a obo:CMO_0000667 ; | ||
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+ | skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ; | ||
+ | rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level"; | ||
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+ | sio:SIO_000221 snomedct:118582008; | ||
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2015年2月24日 (火) 09:20時点における最新版
血液学的・生化学的検査のRDF化
参考にしたオントロジー
- The Semanticscience Integrated Ontology (SIO)
- Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms
- Clinical measurement ontology
RDF化する検査項目
- Hematology
- RBC (x10^4/uL)
- Hb (g/dL)
- Ht (%)
- MCV (fL)
- MCH (pg)
- MCHC (%)
- Ret (%)
- Plat (x104/uL)
- WBC (x102/uL)
- Neutrophil (%)
- Eosinophil (%)
- Basophil (%)
- Monocyte (%)
- Lymphocyte (%)
- PT (s)
- APTT (s)
- Fbg (mg/dL)
- Biochemistry
- ALP (IU/L)
- TC (mg/dL)
- TG (mg/dL)
- PL (mg/dL)
- TBIL (mg/dL)
- DBIL (mg/dL)
- GLC (mg/dL)
- BUN (mg/dL)
- CRE (mg/dL)
- Na (meq/L)
- K (meq/L)
- Cl (meq/L)
- Ca (mg/dL)
- IP (mg/dL)
- TP (g/dL)
- RALB (g/dL)
- A / G
- AST (GOT) (IU/L)
- ALT (GPT) (IU/L)
- LDH (IU/L)
- gamma-GTP (IU/L)
もともとのRDF (抜粋)
@prefix toxico: <http://127.0.0.1:3333/> . toxico:0450104LR toxico:ALP "763" ; toxico:ALT "34" ; toxico:APTT "20.8" ; toxico:AST "64" ; toxico:BUN "7" ; toxico:Bas "0" ; toxico:CRE "0.4" ; toxico:Ca "10.3" ; toxico:Cl "101" ; toxico:DBIL "0.06" ; toxico:DNA "NA" ; toxico:Eos "1" ;
(再)RDF化
- 血液学的・生化学的検査値以外のRDFの書き方 (prefixは共通)
- AGratio以下のデータはpredicateとobjectのみ記述(subjectはこの例の場合,tgi:0450104 )
@prefix tgi: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/individual/> . @prefix tgo: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/ontology/> . @prefix tgexpc: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/experimentalcondition/> . @prefix tgsample: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/sample/> . @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> . @prefix snomedct: <http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/> . @prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> . @prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . #血液学的データ,生化学的データ。 tgi:0450104 a tgo:Individual; #個体である tgo:condition tgexpc:0450_1; #どんな実験条件で実験が行われたか,が記述されたトリプルへのリンク tgo:hasSample tgsample:0450104LR; #どんなサンプル(肝臓,腎臓等)のデータが紐付けられているか。
A / G
sio:SIO_000216 [ #SIO_000216 indicates has measurement value a snomedct:687005; #Albumin/Globulin ratio skos:prefLabel "Albumin/Globulin ratio" ; rdfs:label "Albumin/Globulin ratio" ; tgo:abbr "AGratio"; sio:SIO_000300 1.9 ; sio:SIO_000221 obo:UO_0000190 #obo:UO_0000190 means ratio. ];
ALP (IU/L)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000045 ; sio:SIO_000300 763 ; skos:prefLabel "plasma alkaline phosphatase activity level" ; rdfs:label "plasma alkaline phosphatase activity level" ; tgo:abbr "ALP"; sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ; #sio:SIO_000221 means has unit #snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L) ];
ALT (IU/L)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000044 ; sio:SIO_000300 34 ; skos:prefLabel "plasma alanine aminotransferase activity level" ; rdfs:label "plasma alanine aminotransferase activity level" ; tgo:abbr "ALT"; sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ; #sio:SIO_000221 means has unit #snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L) ];
APTT (s)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000210 ; sio:SIO_000300 20.8 ; skos:prefLabel "activated partial thromboplastin time" ; rdfs:label "activated partial thromboplastin time" ; tgo:abbr "APTT"; sio:SIO_000221 snomedct:257997001 ; #snomedct:257997001 indicates second ];
AST (IU/L)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000043 ; sio:SIO_000300 64 ; skos:prefLabel "plasma aspartate aminotransferase activity level" ; rdfs:label "plasma aspartate aminotransferase activity level" ; tgo:abbr "AST"; sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ; ];
BUN (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000586 ; sio:SIO_000300 7 ; skos:prefLabel "plasma urea nitrogen level" ; rdfs:label "plasma urea nitrogen level" ; tgo:abbr "BUN"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
Bas (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000368 ; sio:SIO_000300 0 ; skos:prefLabel "basophil granulocyte percentage" ; rdfs:label "basophil granulocyte percentage" ; tgo:abbr "Bas"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
CRE (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000537 ; sio:SIO_000300 0.4 ; skos:prefLabel "plasma creatinine level" ; rdfs:label "plasma creatinine level" ; tgo:abbr "CRE"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
Ca (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000065 ; sio:SIO_000300 10.3; skos:prefLabel "plasma calcium level" ; rdfs:label "plasma calcium level" ; tgo:abbr "Ca"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
Cl (mEq/dL)
sio:SIO_000216 [ a snomedct:121750003 ; sio:SIO_000300 101; skos:prefLabel "Chlorine measurement" ; rdfs:label "Chlorine measurement" ; tgo:abbr "Cl"; sio:SIO_000221 snomedct:258865000; #snomedct:258865000 indicates mEq/dL. ];
DNA (%)
- in vitroのみ
sio:SIO_000216 [ a obo:ERO_0001187 ; sio:SIO_000300 0; skos:prefLabel "DNA level" ; rdfs:label "DNA level" ; tgo:abbr "DNA"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008 ; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
DBIL (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000048 ; sio:SIO_000300 0.06; skos:prefLabel "direct plasma bilirubin level" ; rdfs:label "direct plasma bilirubin level" ; tgo:abbr "DBIL"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; ];
Eos (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000369 ; sio:SIO_000300 1 ; skos:prefLabel "eosinophil granulocyte percentage" ; rdfs:label "eosinophil granulocyte percentage" ; tgo:abbr "Eos" ; sio:SIO_000221 snomedct:118582008 ; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
Fbg (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000209 ; sio:SIO_000300 219; skos:prefLabel "blood fibrinogen level" ; rdfs:label "blood fibrinogen level" ; tgo:abbr "Fbg"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
GLC (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000042 ; sio:SIO_000300 207 ; skos:prefLabel "plasma glucose level" ; rdfs:label "plasma glucose level" ; tgo:abbr "GLC"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
GTP (IU/L)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0002240 ; #bioportalのClinical Measurement Ontologyにしか無い。 sio:SIO_000300 2; skos:prefLabel "plasma gamma-glutamyltransferase activity level" ; rdfs:label "plasma gamma-glutamyltransferase activity level" ; tgo:abbr "GTP"; sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ; #sio:SIO_000221 means has unit #snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L) ];
Hb (g/DL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000588 ; sio:SIO_000300 12.8; skos:prefLabel "plasma hemoglobin level" ; rdfs:label "plasma hemoglobin level" ; tgo:abbr "Hb"; sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ; #snomedct:258795003 indicates g/dL ];
Ht (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000037 ; sio:SIO_000300 37.1; skos:prefLabel "hematocrit" ; tgo:abbr "Ht"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; ];
IP (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000058 ; sio:SIO_000300 8.8; skos:prefLabel "plasma phosphate level" ; rdfs:label "plasma phosphate level" ; tgo:abbr "IP"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
K (mEq/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000061 ; sio:SIO_000300 3.9; skos:prefLabel "plasma potassium level" ; rdfs:label "plasma potassium level" ; tgo:abbr "K"; sio:SIO_000221 snomedct:258865000; #snomedct:258865000 indicates mEq/dL. ];
LDH (IU/L) or (%)
- in vivoの場合
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000667 ; sio:SIO_000300 104; skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ; rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level"; tgo:abbr "LDH"; sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ; #snomedct:259001000 means International unit/liter (IU/L) ];
- in vitroの場合
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000667 ; sio:SIO_000300 104; skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ; rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level"; tgo:abbr "LDH"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
Lym (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000371 ; sio:SIO_000300 77; skos:prefLabel "lymphocyte percentage" ; rdfs:label "lymphocyte percentage" ; tgo:abbr "Lym"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
MCH (pg)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000290 ; sio:SIO_000300 ; skos:prefLabel "mean corpuscular hemoglobin level" ; rdfs:label "mean corpuscular hemoglobin level" ; tgo:abbr "MCH"; sio:SIO_000221 snomedct:258687006 ; #snomedct:258687006 indicates pg. ];
MCHC (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000291 ; sio:SIO_000300 34.6 ; skos:prefLabel "mean corpuscular hemoglobin concentration" ; rdfs:label "mean corpuscular hemoglobin concentration" ; tgo:abbr "MCHC"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
MCV (fL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000038 ; sio:SIO_000300 62.8; skos:prefLabel "mean corpuscular volume" ; rdfs:label "mean corpuscular volume" ; tgo:abbr "MCV"; sio:SIO_000221 snomedct:258775009; #snomedct:258775009 indicates fL ];
Mono (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000374 ; sio:SIO_000300 ; skos:prefLabel "monocyte percentage" ; rdfs:label "monocyte percentage" ; tgo:abbr "Mono"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
Na (mEq/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000060 ; sio:SIO_000300 139; skos:prefLabel "plasma sodium level" ; rdfs:label "plasma sodium level" ; tgo:abbr "Na"; sio:SIO_000221 snomedct:258865000; #snomedct:258865000 indicates mEq/dL. ];
Neu (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000030 ; sio:SIO_000300 16; skos:prefLabel "blood neutrophil count" ; rdfs:label "blood neutrophil count" ; tgo:abbr "Neu"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
PL (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0001170 ; sio:SIO_000300 125 ; skos:prefLabel "plasma phospholipid level" ; rdfs:label "plasma phospholipid level" ; tgo:abbr "PL"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
PT (second)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000211 ; sio:SIO_000300 12.9; skos:prefLabel "prothrombin time" ; rdfs:label "prothrombin time" ; tgo:abbr "PT"; sio:SIO_000221 snomedct:257997001 ; #snomedct:257997001 indicates second ];
Plat (x10^4/uL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000029 ; sio:SIO_000300 1116000; skos:prefLabel "platelet count" ; rdfs:label "platelet count" ; tgo:abbr "Plat"; sio:SIO_000221 snomedct:420167005; #cannot find x10^4/uL ###x10^4/uL なので元の値に10^4を掛ける。 #snomedct:420167005 indicates per micro litre ];
RALB (g/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000056 ; sio:SIO_000300 3.2; skos:prefLabel "RALB" ; rdfs:label "RALB" ; tgo:abbr "plasma albumin level"; sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ; #snomedct:258795003 indicates g/dL ];
RBC (x10^4/uL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000025 ; skos:prefLabel "Red blood Cell CountLevel" ; rdfs:label "Red blood Cell CountLevel" ; tgo:abbr "RBC"; sio:SIO_000300 5910000; sio:SIO_000221 snomedct:420167005; #snomedct:420167005 indicates per micro litre #snomedct:xxxx wanted to indicate (x10_4/µl) but I couldn't find the proper data. #so I multiply original balue by 10000 ];
Ret (%)
sio:SIO_000216 [ a obo:45995003 ; sio:SIO_000300 7; skos:prefLabel "Reticulocyte count" ; rdfs:label "Reticulocyte count" ; tgo:abbr "Ret"; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage. ];
TBIL (mg/dL)
ssio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000048 ; sio:SIO_000300 0.12; skos:prefLabel "direct plasma bilirubin level" ; rdfs:label "direct plasma bilirubin level" ; tgo:abbr "TBIL"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
TC (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000585 ; sio:SIO_000300 66; skos:prefLabel "plasma total cholesterol level" ; rdfs:label "plasma total cholesterol level" ; tgo:abbr "TC"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
TG (mg/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000548 ; sio:SIO_000300 34; skos:prefLabel "plasma triglyceride level" ; rdfs:label "plasma triglyceride level" ; tgo:abbr "TG"; sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ; #snomedct:258797006 indicates mg/dL ];
TP (g/dL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000054 ; sio:SIO_000300 5.3; skos:prefLabel "plasma total protein level" ; rdfs:label "plasma total protein level" ; tgo:abbr "TP"; sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ; #snomedct:258795003 indicates g/dL ];
WBC (x10^2/uL)
sio:SIO_000216 [ a obo:CMO_0000027 ; sio:SIO_000300 6700; skos:prefLabel "white blood cell count" ; tgo:abbr "WBC"; sio:SIO_000221 snomedct:420167005; #snomedct:420167005 indicates per micro litre ###x102/uL なので元の値に10^2を掛ける。 ]
再RDF化上で,迷ったこと,メモなど
- 検査項目の省略形はどう表記すべきか?
- -> 数が少ないなら,skos:alternativeLabel で書くか,tgo:abbreviation(独自オントロジー)で書けば良いのでは。
- プログラムで変更すべきか,SPARQL のUpdateクエリで変更すべきか。
- -> もともとのRDFがあるなら,SPARQLのUpdateクエリが妥当?
- in vitroの場合の検査値の書き方をどうするか?
- -> BioAssay ontology & tgo:marker(独自オントロジー)で表現
- 例
tgi:0450104 sio:SIO_000216 [ a bao:BAO_0003009; tgo:marker snomedct:24851008; sio:SIO_000300 0 ; skos:prefLabel "DNA - Deoxyribonucleic acid" ; tgo:abbr "DNA; sio:SIO_000221 snomedct:118582008; #snomedct:118582008 indicates percentage.];
- x10^4/μL の書き方はどうすれば良いのか?
- 数値を10^4倍して,/uLだけ汎用的なオントロジーを示す。
- skos:prefLabel はrdfs:labelが複数あるうちの1つ代表的なものを表記するものなので,rdfs:labelも追記する。