提供:TogoWiki
血液学的・生化学的検査のRDF化
参考にしたオントロジー
RDF化する検査項目
- Hematology
- RBC (x10^4/uL)
- Hb (g/dL)
- Ht (%)
- MCV (fL)
- MCH (pg)
- MCHC (%)
- Ret (%)
- Plat (x104/uL)
- WBC (x102/uL)
- Neutrophil (%)
- Eosinophil (%)
- Basophil (%)
- Monocyte (%)
- Lymphocyte (%)
- PT (s)
- APTT (s)
- Fbg (mg/dL)
- Biochemistry
- ALP (IU/L)
- TC (mg/dL)
- TG (mg/dL)
- PL (mg/dL)
- TBIL (mg/dL)
- DBIL (mg/dL)
- GLC (mg/dL)
- BUN (mg/dL)
- CRE (mg/dL)
- Na (meq/L)
- K (meq/L)
- Cl (meq/L)
- Ca (mg/dL)
- IP (mg/dL)
- TP (g/dL)
- RALB (g/dL)
- A / G
- AST (GOT) (IU/L)
- ALT (GPT) (IU/L)
- LDH (IU/L)
- gamma-GTP (IU/L)
もともとのRDF (抜粋)
@prefix toxico: <http://127.0.0.1:3333/> .
toxico:0450104LR
toxico:ALP "763" ;
toxico:ALT "34" ;
toxico:APTT "20.8" ;
toxico:AST "64" ;
toxico:BUN "7" ;
toxico:Bas "0" ;
toxico:CRE "0.4" ;
toxico:Ca "10.3" ;
toxico:Cl "101" ;
toxico:DBIL "0.06" ;
toxico:DNA "NA" ;
toxico:Eos "1" ;
(再)RDF化
- 血液学的・生化学的検査値以外のRDFの書き方 (prefixは共通)
- AGratio以下のデータはpredicateとobjectのみ記述(subjectはこの例の場合,tgi:0450104 )
@prefix tgi: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/individual/> .
@prefix tgo: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/ontology/> .
@prefix tgexpc: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/experimentalcondition/> .
@prefix tgsample: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/sample/> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix snomedct: <http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/> .
@prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
#血液学的データ,生化学的データ。
tgi:0450104 a tgo:Individual;
#個体である
tgo:condition tgexpc:0450_1;
#どんな実験条件で実験が行われたか,が記述されたトリプルへのリンク
tgo:hasSample tgsample:0450104LR;
#どんなサンプル(肝臓,腎臓等)のデータが紐付けられているか。
A / G
sio:SIO_000216 [
#SIO_000216 indicates has measurement value
a snomedct:687005;
#Albumin/Globulin ratio
skos:prefLabel "Albumin/Globulin ratio" ;
rdfs:label "Albumin/Globulin ratio" ;
tgo:abbr "AGratio";
sio:SIO_000300 1.9 ;
sio:SIO_000221 obo:UO_0000190
#obo:UO_0000190 means ratio.
];
ALP (IU/L)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000045 ;
sio:SIO_000300 763 ;
skos:prefLabel "plasma alkaline phosphatase activity level" ;
rdfs:label "plasma alkaline phosphatase activity level" ;
tgo:abbr "ALP";
sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
#sio:SIO_000221 means has unit
#snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L)
];
ALT (IU/L)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000044 ;
sio:SIO_000300 34 ;
skos:prefLabel "plasma alanine aminotransferase activity level" ;
rdfs:label "plasma alanine aminotransferase activity level" ;
tgo:abbr "ALT";
sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
#sio:SIO_000221 means has unit
#snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L)
];
APTT (s)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000210 ;
sio:SIO_000300 20.8 ;
skos:prefLabel "activated partial thromboplastin time" ;
rdfs:label "activated partial thromboplastin time" ;
tgo:abbr "APTT";
sio:SIO_000221 snomedct:257997001 ;
#snomedct:257997001 indicates second
];
AST (IU/L)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000043 ;
sio:SIO_000300 64 ;
skos:prefLabel "plasma aspartate aminotransferase activity level" ;
rdfs:label "plasma aspartate aminotransferase activity level" ;
tgo:abbr "AST";
sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
];
BUN (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000586 ;
sio:SIO_000300 7 ;
skos:prefLabel "plasma urea nitrogen level" ;
rdfs:label "plasma urea nitrogen level" ;
tgo:abbr "BUN";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
Bas (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000368 ;
sio:SIO_000300 0 ;
skos:prefLabel "basophil granulocyte percentage" ;
rdfs:label "basophil granulocyte percentage" ;
tgo:abbr "Bas";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
CRE (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000537 ;
sio:SIO_000300 0.4 ;
skos:prefLabel "plasma creatinine level" ;
rdfs:label "plasma creatinine level" ;
tgo:abbr "CRE";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
Ca (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000065 ;
sio:SIO_000300 10.3;
skos:prefLabel "plasma calcium level" ;
rdfs:label "plasma calcium level" ;
tgo:abbr "Ca";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
Cl (mEq/dL)
sio:SIO_000216 [
a snomedct:121750003 ;
sio:SIO_000300 101;
skos:prefLabel "Chlorine measurement" ;
rdfs:label "Chlorine measurement" ;
tgo:abbr "Cl";
sio:SIO_000221 snomedct:258865000;
#snomedct:258865000 indicates mEq/dL.
];
DNA (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:ERO_0001187 ;
sio:SIO_000300 0;
skos:prefLabel "DNA level" ;
rdfs:label "DNA level" ;
tgo:abbr "DNA";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008 ;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
DBIL (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000048 ;
sio:SIO_000300 0.06;
skos:prefLabel "direct plasma bilirubin level" ;
rdfs:label "direct plasma bilirubin level" ;
tgo:abbr "DBIL";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
];
Eos (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000369 ;
sio:SIO_000300 1 ;
skos:prefLabel "eosinophil granulocyte percentage" ;
rdfs:label "eosinophil granulocyte percentage" ;
tgo:abbr "Eos" ;
sio:SIO_000221 snomedct:118582008 ;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
Fbg (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000209 ;
sio:SIO_000300 219;
skos:prefLabel "blood fibrinogen level" ;
rdfs:label "blood fibrinogen level" ;
tgo:abbr "Fbg";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
GLC (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000042 ;
sio:SIO_000300 207 ;
skos:prefLabel "plasma glucose level" ;
rdfs:label "plasma glucose level" ;
tgo:abbr "GLC";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
GTP (IU/L)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0002240 ;
#bioportalのClinical Measurement Ontologyにしか無い。
sio:SIO_000300 2;
skos:prefLabel "plasma gamma-glutamyltransferase activity level" ;
rdfs:label "plasma gamma-glutamyltransferase activity level" ;
tgo:abbr "GTP";
sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
#sio:SIO_000221 means has unit
#snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L)
];
Hb (g/DL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000588 ;
sio:SIO_000300 12.8;
skos:prefLabel "plasma hemoglobin level" ;
rdfs:label "plasma hemoglobin level" ;
tgo:abbr "Hb";
sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ;
#snomedct:258795003 indicates g/dL
];
Ht (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000037 ;
sio:SIO_000300 37.1;
skos:prefLabel "hematocrit" ;
tgo:abbr "Ht";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
];
IP (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000058 ;
sio:SIO_000300 8.8;
skos:prefLabel "plasma phosphate level" ;
rdfs:label "plasma phosphate level" ;
tgo:abbr "IP";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
K (mEq/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000061 ;
sio:SIO_000300 3.9;
skos:prefLabel "plasma potassium level" ;
rdfs:label "plasma potassium level" ;
tgo:abbr "K";
sio:SIO_000221 snomedct:258865000;
#snomedct:258865000 indicates mEq/dL.
];
LDH (IU/L) or (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000667 ;
sio:SIO_000300 104;
skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ;
rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level";
tgo:abbr "LDH";
sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
#snomedct:259001000 means International unit/liter (IU/L)
];
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000667 ;
sio:SIO_000300 104;
skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ;
rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level";
tgo:abbr "LDH";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
Lym (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000371 ;
sio:SIO_000300 77;
skos:prefLabel "lymphocyte percentage" ;
rdfs:label "lymphocyte percentage" ;
tgo:abbr "Lym";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
MCH (pg)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000290 ;
sio:SIO_000300 ;
skos:prefLabel "mean corpuscular hemoglobin level" ;
rdfs:label "mean corpuscular hemoglobin level" ;
tgo:abbr "MCH";
sio:SIO_000221 snomedct:258687006 ;
#snomedct:258687006 indicates pg.
];
MCHC (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000291 ;
sio:SIO_000300 34.6 ;
skos:prefLabel "mean corpuscular hemoglobin concentration" ;
rdfs:label "mean corpuscular hemoglobin concentration" ;
tgo:abbr "MCHC";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
MCV (fL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000038 ;
sio:SIO_000300 62.8;
skos:prefLabel "mean corpuscular volume" ;
rdfs:label "mean corpuscular volume" ;
tgo:abbr "MCV";
sio:SIO_000221 snomedct:258775009;
#snomedct:258775009 indicates fL
];
Mono (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000374 ;
sio:SIO_000300 ;
skos:prefLabel "monocyte percentage" ;
rdfs:label "monocyte percentage" ;
tgo:abbr "Mono";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
Na (mEq/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000060 ;
sio:SIO_000300 139;
skos:prefLabel "plasma sodium level" ;
rdfs:label "plasma sodium level" ;
tgo:abbr "Na";
sio:SIO_000221 snomedct:258865000;
#snomedct:258865000 indicates mEq/dL.
];
Neu (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000030 ;
sio:SIO_000300 16;
skos:prefLabel "blood neutrophil count" ;
rdfs:label "blood neutrophil count" ;
tgo:abbr "Neu";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
PL (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0001170 ;
sio:SIO_000300 125 ;
skos:prefLabel "plasma phospholipid level" ;
rdfs:label "plasma phospholipid level" ;
tgo:abbr "PL";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
PT (second)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000211 ;
sio:SIO_000300 12.9;
skos:prefLabel "prothrombin time" ;
rdfs:label "prothrombin time" ;
tgo:abbr "PT";
sio:SIO_000221 snomedct:257997001 ;
#snomedct:257997001 indicates second
];
Plat (x10^4/uL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000029 ;
sio:SIO_000300 1116000;
skos:prefLabel "platelet count" ;
rdfs:label "platelet count" ;
tgo:abbr "Plat";
sio:SIO_000221 snomedct:420167005;
#cannot find x10^4/uL
###x10^4/uL なので元の値に10^4を掛ける。
#snomedct:420167005 indicates per micro litre
];
RALB (g/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000056 ;
sio:SIO_000300 3.2;
skos:prefLabel "RALB" ;
rdfs:label "RALB" ;
tgo:abbr "plasma albumin level";
sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ;
#snomedct:258795003 indicates g/dL
];
RBC (x10^4/uL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000025 ;
skos:prefLabel "Red blood Cell CountLevel" ;
rdfs:label "Red blood Cell CountLevel" ;
tgo:abbr "RBC";
sio:SIO_000300 5910000;
sio:SIO_000221 snomedct:420167005;
#snomedct:420167005 indicates per micro litre
#snomedct:xxxx wanted to indicate (x10_4/µl) but I couldn't find the proper data.
#so I multiply original balue by 10000
];
Ret (%)
sio:SIO_000216 [
a obo:45995003 ;
sio:SIO_000300 7;
skos:prefLabel "Reticulocyte count" ;
rdfs:label "Reticulocyte count" ;
tgo:abbr "Ret";
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.
];
TBIL (mg/dL)
ssio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000048 ;
sio:SIO_000300 0.12;
skos:prefLabel "direct plasma bilirubin level" ;
rdfs:label "direct plasma bilirubin level" ;
tgo:abbr "TBIL";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
TC (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000585 ;
sio:SIO_000300 66;
skos:prefLabel "plasma total cholesterol level" ;
rdfs:label "plasma total cholesterol level" ;
tgo:abbr "TC";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
TG (mg/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000548 ;
sio:SIO_000300 34;
skos:prefLabel "plasma triglyceride level" ;
rdfs:label "plasma triglyceride level" ;
tgo:abbr "TG";
sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
#snomedct:258797006 indicates mg/dL
];
TP (g/dL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000054 ;
sio:SIO_000300 5.3;
skos:prefLabel "plasma total protein level" ;
rdfs:label "plasma total protein level" ;
tgo:abbr "TP";
sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ;
#snomedct:258795003 indicates g/dL
];
WBC (x10^2/uL)
sio:SIO_000216 [
a obo:CMO_0000027 ;
sio:SIO_000300 6700;
skos:prefLabel "white blood cell count" ;
tgo:abbr "WBC";
sio:SIO_000221 snomedct:420167005;
#snomedct:420167005 indicates per micro litre
###x102/uL なので元の値に10^2を掛ける。
]
再RDF化上で,迷ったこと,メモなど
- 検査項目の省略形はどう表記すべきか?
- -> 数が少ないなら,skos:alternativeLabel で書くか,tgo:abbreviation(独自オントロジー)で書けば良いのでは。
- プログラムで変更すべきか,SPARQL のUpdateクエリで変更すべきか。
- -> もともとのRDFがあるなら,SPARQLのUpdateクエリが妥当?
- in vitroの場合の検査値の書き方をどうするか?
- -> BioAssay ontology & tgo:marker(独自オントロジー)で表現
- 例
tgi:0450104
sio:SIO_000216 [
a bao:BAO_0003009;
tgo:marker snomedct:24851008;
sio:SIO_000300 0 ;
skos:prefLabel "DNA - Deoxyribonucleic acid" ;
tgo:abbr "DNA;
sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
#snomedct:118582008 indicates percentage.];
- x10^4/μL の書き方はどうすれば良いのか?
- 数値を10^4倍して,/uLだけ汎用的なオントロジーを示す。
- skos:prefLabel はrdfs:labelが複数あるうちの1つ代表的なものを表記するものなので,rdfs:labelも追記する。