BH14.14/genomeRDF/RDFizedBloodTest

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目次

血液学的・生化学的検査のRDF化

参考にしたオントロジー

RDF化する検査項目

  • Hematology
    • RBC (x10^4/uL)
    • Hb (g/dL)
    • Ht (%)
    • MCV (fL)
    • MCH (pg)
    • MCHC (%)
    • Ret (%)
    • Plat (x104/uL)
    • WBC (x102/uL)
    • Neutrophil (%)
    • Eosinophil (%)
    • Basophil (%)
    • Monocyte (%)
    • Lymphocyte (%)
    • PT (s)
    • APTT (s)
    • Fbg (mg/dL)
  • Biochemistry
    • ALP (IU/L)
    • TC (mg/dL)
    • TG (mg/dL)
    • PL (mg/dL)
    • TBIL (mg/dL)
    • DBIL (mg/dL)
    • GLC (mg/dL)
    • BUN (mg/dL)
    • CRE (mg/dL)
    • Na (meq/L)
    • K (meq/L)
    • Cl (meq/L)
    • Ca (mg/dL)
    • IP (mg/dL)
    • TP (g/dL)
    • RALB (g/dL)
    • A / G
    • AST (GOT) (IU/L)
    • ALT (GPT) (IU/L)
    • LDH (IU/L)
    • gamma-GTP (IU/L)

もともとのRDF (抜粋)

@prefix toxico: <http://127.0.0.1:3333/> .
toxico:0450104LR 
        toxico:ALP                      "763" ;
        toxico:ALT                      "34" ;
        toxico:APTT                     "20.8" ;
        toxico:AST                      "64" ;
        toxico:BUN                      "7" ;
        toxico:Bas                      "0" ;
        toxico:CRE                      "0.4" ;
        toxico:Ca                       "10.3" ;
        toxico:Cl                       "101" ;
        toxico:DBIL                     "0.06" ;
        toxico:DNA                      "NA" ;
        toxico:Eos                      "1" ;

(再)RDF化

  • 血液学的・生化学的検査値以外のRDFの書き方 (prefixは共通)
  • AGratio以下のデータはpredicateとobjectのみ記述(subjectはこの例の場合,tgi:0450104 )
@prefix tgi: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/individual/> .
@prefix tgo: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/ontology/> .
@prefix tgexpc: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/experimentalcondition/> .
@prefix tgsample: <http://purl.jp/bio/xx/opentggates/sample/> .
@prefix rdf:   <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix snomedct: <http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/> .
@prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . 

#血液学的データ,生化学的データ。
tgi:0450104  a  tgo:Individual;
#個体である
tgo:condition   tgexpc:0450_1;
#どんな実験条件で実験が行われたか,が記述されたトリプルへのリンク
tgo:hasSample tgsample:0450104LR;
#どんなサンプル(肝臓,腎臓等)のデータが紐付けられているか。

A / G

sio:SIO_000216 [
#SIO_000216 indicates has measurement value
  a snomedct:687005;
#Albumin/Globulin ratio
  skos:prefLabel "Albumin/Globulin ratio" ;
  rdfs:label "Albumin/Globulin ratio" ;
  tgo:abbr "AGratio";
  sio:SIO_000300 1.9 ;
  sio:SIO_000221 obo:UO_0000190 
#obo:UO_0000190 means ratio.
];

ALP (IU/L)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000045 ;
  sio:SIO_000300 763 ;
  skos:prefLabel "plasma alkaline phosphatase activity level" ;
  rdfs:label "plasma alkaline phosphatase activity level" ;
  tgo:abbr "ALP";
  sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
  #sio:SIO_000221 means has unit
  #snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L)
];

ALT (IU/L)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000044 ;
  sio:SIO_000300 34 ;
  skos:prefLabel "plasma alanine aminotransferase activity level" ;
  rdfs:label "plasma alanine aminotransferase activity level" ;
  tgo:abbr "ALT";
  sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
  #sio:SIO_000221 means has unit
  #snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L)
];

APTT (s)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000210 ;
  sio:SIO_000300 20.8 ; 
  skos:prefLabel "activated partial thromboplastin time" ;
  rdfs:label "activated partial thromboplastin time" ;
  tgo:abbr "APTT";
  sio:SIO_000221 snomedct:257997001 ;
  #snomedct:257997001 indicates second
];

AST (IU/L)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000043 ;
  sio:SIO_000300 64 ;
  skos:prefLabel "plasma aspartate aminotransferase activity level" ;
  rdfs:label "plasma aspartate aminotransferase activity level" ;
  tgo:abbr "AST";
  sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
];

BUN (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000586 ;
  sio:SIO_000300 7 ;
  skos:prefLabel "plasma urea nitrogen level" ;
  rdfs:label "plasma urea nitrogen level" ;
  tgo:abbr "BUN";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
    #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

Bas (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000368 ;
  sio:SIO_000300 0 ;
  skos:prefLabel "basophil granulocyte percentage" ;
  rdfs:label "basophil granulocyte percentage" ;  
  tgo:abbr "Bas";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

CRE (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000537 ;
  sio:SIO_000300 0.4 ;
  skos:prefLabel "plasma creatinine level" ;
  rdfs:label "plasma creatinine level" ;
  tgo:abbr "CRE";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
    #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

Ca (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000065 ;
  sio:SIO_000300 10.3;
  skos:prefLabel "plasma calcium level" ;
  rdfs:label "plasma calcium level" ;
  tgo:abbr "Ca";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
  #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

Cl (mEq/dL)

sio:SIO_000216 [
  a snomedct:121750003 ;
  sio:SIO_000300 101;
  skos:prefLabel "Chlorine measurement" ;
  rdfs:label "Chlorine measurement" ;
  tgo:abbr "Cl";
  sio:SIO_000221 snomedct:258865000;
  #snomedct:258865000 indicates mEq/dL.
];

DNA (%)

  • in vitroのみ
sio:SIO_000216 [
  a obo:ERO_0001187 ;
  sio:SIO_000300 0;  
  skos:prefLabel "DNA level" ;
  rdfs:label "DNA level" ;
  tgo:abbr "DNA";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008 ;
  #snomedct:118582008 indicates percentage. 
];

DBIL (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000048 ;
  sio:SIO_000300 0.06;
  skos:prefLabel "direct plasma bilirubin level" ;
  rdfs:label "direct plasma bilirubin level" ;
  tgo:abbr "DBIL";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
];

Eos (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000369 ;
  sio:SIO_000300 1 ;
  skos:prefLabel "eosinophil granulocyte percentage" ;
  rdfs:label "eosinophil granulocyte percentage" ; 
  tgo:abbr "Eos" ;
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008 ;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

Fbg (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000209 ;
  sio:SIO_000300 219;
  skos:prefLabel "blood fibrinogen level" ;
  rdfs:label "blood fibrinogen level" ;
  tgo:abbr "Fbg";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
  #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

GLC (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000042 ;
  sio:SIO_000300 207 ;
  skos:prefLabel "plasma glucose level" ;
  rdfs:label "plasma glucose level" ;
  tgo:abbr "GLC";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
  #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

GTP (IU/L)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0002240 ;
#bioportalのClinical Measurement Ontologyにしか無い。
  sio:SIO_000300 2;
  skos:prefLabel "plasma gamma-glutamyltransferase activity level" ;
  rdfs:label "plasma gamma-glutamyltransferase activity level" ;
  tgo:abbr "GTP";
  sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
  #sio:SIO_000221 means has unit
  #snomedct means Systematized Nomenclature of Medicine, 259001000 means International unit/liter (IU/L)
];

Hb (g/DL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000588 ;
  sio:SIO_000300 12.8;
  skos:prefLabel "plasma hemoglobin level" ;
  rdfs:label "plasma hemoglobin level" ;
  tgo:abbr "Hb";
  sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ;
  #snomedct:258795003 indicates g/dL
];

Ht (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000037 ;
  sio:SIO_000300 37.1;
  skos:prefLabel "hematocrit" ;
  tgo:abbr "Ht";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
];

IP (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000058 ;
  sio:SIO_000300 8.8;
  skos:prefLabel "plasma phosphate level" ;
  rdfs:label "plasma phosphate level" ;
  tgo:abbr "IP";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
  #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

K (mEq/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000061 ;
  sio:SIO_000300 3.9;
  skos:prefLabel "plasma potassium level" ;
  rdfs:label "plasma potassium level" ;
  tgo:abbr "K";
  sio:SIO_000221 snomedct:258865000;
  #snomedct:258865000 indicates mEq/dL.
];

LDH (IU/L) or (%)

  • in vivoの場合
sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000667 ;
  sio:SIO_000300 104;
  skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ;
  rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level";
  tgo:abbr "LDH";
  sio:SIO_000221 snomedct:259001000 ;
  #snomedct:259001000 means International unit/liter (IU/L)
];
  • in vitroの場合
sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000667 ;
  sio:SIO_000300 104;
  skos:prefLabel "plasma lactate dehydrogenase activity level" ;
  rdfs:label "plasma lactate dehydrogenase activity level";
  tgo:abbr "LDH";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

Lym (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000371 ;
  sio:SIO_000300 77;
  skos:prefLabel "lymphocyte percentage" ;
  rdfs:label "lymphocyte percentage" ;
  tgo:abbr "Lym";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

MCH (pg)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000290 ;
  sio:SIO_000300 ;
  skos:prefLabel "mean corpuscular hemoglobin level" ;
  rdfs:label "mean corpuscular hemoglobin level" ;
  tgo:abbr "MCH";
  sio:SIO_000221 snomedct:258687006 ;
  #snomedct:258687006 indicates pg.
];

MCHC (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000291 ;
  sio:SIO_000300 34.6 ;
  skos:prefLabel "mean corpuscular hemoglobin concentration" ;
  rdfs:label "mean corpuscular hemoglobin concentration" ;
  tgo:abbr "MCHC";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

MCV (fL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000038 ;
  sio:SIO_000300 62.8;
  skos:prefLabel "mean corpuscular volume" ;
  rdfs:label "mean corpuscular volume" ;
  tgo:abbr "MCV";
  sio:SIO_000221 snomedct:258775009;
  #snomedct:258775009 indicates fL
];

Mono (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000374 ;
  sio:SIO_000300 ;
  skos:prefLabel "monocyte percentage" ;
  rdfs:label "monocyte percentage" ;
  tgo:abbr "Mono";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

Na (mEq/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000060 ;
  sio:SIO_000300 139;
  skos:prefLabel "plasma sodium level" ;
  rdfs:label "plasma sodium level" ;
  tgo:abbr "Na";
  sio:SIO_000221 snomedct:258865000;
  #snomedct:258865000 indicates mEq/dL.
];

Neu (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000030 ;
  sio:SIO_000300 16;
  skos:prefLabel "blood neutrophil count" ;
  rdfs:label "blood neutrophil count" ;
  tgo:abbr "Neu";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

PL (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0001170 ;
  sio:SIO_000300 125 ;
  skos:prefLabel "plasma phospholipid level" ;
  rdfs:label "plasma phospholipid level" ;
  tgo:abbr "PL";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
    #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

PT (second)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000211 ;
  sio:SIO_000300 12.9;
  skos:prefLabel "prothrombin time" ;
  rdfs:label "prothrombin time" ;
  tgo:abbr "PT";
  sio:SIO_000221 snomedct:257997001 ;
  #snomedct:257997001 indicates second
];

Plat (x10^4/uL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000029 ;
  sio:SIO_000300 1116000;
  skos:prefLabel "platelet count" ;
  rdfs:label "platelet count" ;
  tgo:abbr "Plat";
  sio:SIO_000221 snomedct:420167005;
    #cannot find x10^4/uL
   ###x10^4/uL なので元の値に10^4を掛ける。
#snomedct:420167005 indicates per micro litre
];

RALB (g/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000056 ;
  sio:SIO_000300 3.2;
  skos:prefLabel "RALB" ;
  rdfs:label "RALB" ;
  tgo:abbr "plasma albumin level";
  sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ;
  #snomedct:258795003 indicates g/dL
];

RBC (x10^4/uL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000025 ;
  skos:prefLabel "Red blood Cell CountLevel" ;
  rdfs:label "Red blood Cell CountLevel" ;
  tgo:abbr "RBC";
  sio:SIO_000300 5910000;
  sio:SIO_000221 snomedct:420167005;
#snomedct:420167005 indicates per micro litre
#snomedct:xxxx wanted to indicate (x10_4/µl) but I couldn't find the proper data.
#so I multiply  original balue by 10000
];

Ret (%)

sio:SIO_000216 [
  a obo:45995003 ;
  sio:SIO_000300 7;
  skos:prefLabel "Reticulocyte count" ;
  rdfs:label "Reticulocyte count" ;
  tgo:abbr "Ret";
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.
];

TBIL (mg/dL)

ssio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000048 ;
  sio:SIO_000300 0.12;
  skos:prefLabel "direct plasma bilirubin level" ;
  rdfs:label "direct plasma bilirubin level" ;
  tgo:abbr "TBIL";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
    #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

TC (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000585 ;
  sio:SIO_000300 66;
  skos:prefLabel "plasma total cholesterol level" ;
  rdfs:label "plasma total cholesterol level" ;
  tgo:abbr "TC";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
    #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

TG (mg/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000548 ;
  sio:SIO_000300 34;
  skos:prefLabel "plasma triglyceride level" ;
  rdfs:label "plasma triglyceride level" ;
  tgo:abbr "TG";
  sio:SIO_000221 snomedct:258797006 ;
    #snomedct:258797006 indicates mg/dL
];

TP (g/dL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000054 ;
  sio:SIO_000300 5.3;
  skos:prefLabel "plasma total protein level" ;
  rdfs:label "plasma total protein level" ;
  tgo:abbr "TP";
  sio:SIO_000221 snomedct:258795003 ;
  #snomedct:258795003 indicates g/dL
];

WBC (x10^2/uL)

sio:SIO_000216 [
  a obo:CMO_0000027 ;
  sio:SIO_000300 6700;
  skos:prefLabel "white blood cell count" ;
  tgo:abbr "WBC";
  sio:SIO_000221 snomedct:420167005;
#snomedct:420167005 indicates per micro litre
###x102/uL なので元の値に10^2を掛ける。
]

再RDF化上で,迷ったこと,メモなど

  • 検査項目の省略形はどう表記すべきか?
    • -> 数が少ないなら,skos:alternativeLabel で書くか,tgo:abbreviation(独自オントロジー)で書けば良いのでは。
  • プログラムで変更すべきか,SPARQL のUpdateクエリで変更すべきか。
    • -> もともとのRDFがあるなら,SPARQLのUpdateクエリが妥当?
  • in vitroの場合の検査値の書き方をどうするか?
    • -> BioAssay ontology & tgo:marker(独自オントロジー)で表現
tgi:0450104 
sio:SIO_000216 [
  a  bao:BAO_0003009;
  tgo:marker snomedct:24851008;
  sio:SIO_000300 0 ;
  skos:prefLabel "DNA - Deoxyribonucleic acid" ;
  tgo:abbr "DNA;
  sio:SIO_000221 snomedct:118582008;
  #snomedct:118582008 indicates percentage.];
  • x10^4/μL の書き方はどうすれば良いのか?
    • 数値を10^4倍して,/uLだけ汎用的なオントロジーを示す。
  • skos:prefLabel はrdfs:labelが複数あるうちの1つ代表的なものを表記するものなので,rdfs:labelも追記する。
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