BH12.12/op.ENcode

提供：TogoWiki

2012年12月21日 (金) 08:09時点における最新版

目標

• Encodeデータ（＋その他の公開データ）を使いやすい形で縮約・統合する。
  • これを何人かで集まってお祭り的にやったら、個人でやるより良いものができそうだし、楽しそう。
  • おまけとして、Encodeプロジェクトの研究者何人かを海外から BH2013 の枠組みで呼んでもらって、その場で色々と聞きながら作業できるかもしれない。

参加者（自由に付け加えてください）

• 八谷
• 大田
• 岩崎
• 鈴木(東工大)
• 山中(東大先端研)

記録

• それっぽいサンプルデータ（Gene Expression Atlasより）
  • http://genedynamics.aori.u-tokyo.ac.jp/files/sample.txt.zip

事前TODO（自由に付け加えてください）

• メーリングリスト
  • 参加はこちらから https://groups.google.com/group/bh2013-encode/subscribe
• 論文一覧
  • ENCODE論文一覧
• ENCODE輪読会まとめ
  • https://sites.google.com/site/encode120929/
• 事前議論用google site wiki
  • https://sites.google.com/site/opencodebh2013/
• リソース・情報集め
  • 全体像一枚絵 http://genome.ucsc.edu/ENCODE/aboutScaleup.html
  • トピックごと分類 http://www.nature.com/encode/threads
  • ゲノムブラウザ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=Kate&hgS_otherUserSessionName=encodePortalSession
  • データ一覧 http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataSummary.html
  • データ一覧 (細胞株x実験手法のマトリックス、ヒト) http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixHuman.html
  • データ一覧（細胞株×実験手法のマトリックス、マウス） http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixMouse.html
  • OpenHelixのチュートリアル http://www.openhelix.com/ENCODE2
  • 参考
    • Ensembl API http://asia.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_API_diagram.html
    • Make a Searchable Online Database -or- I Love Google Spreadsheets http://katiepiatt.blogspot.jp/2011/05/make-searchable-online-database-or-i.html
    • Creating HTML Links to IGV http://www.broadinstitute.org/software/igv/ControlIGV
• アイデア出し
  • RegulomeDB http://regulome.stanford.edu/ は便利そうなので、もっと便利にするために、purifying selection 情報（ http://1.usa.gov/TuGRQ9 ）も同時に取得できるようにしたい。もし余力があれば、DRA等にある whole-genome sequencing や bisulfite sequencingデータから多型/メチル化をコールしておいて、多型情報、エピゲノム情報も同時に取得できるようにしたい。参考図： https://docs.google.com/open?id=0ByZXe0ow-VnhYXlyeklYcHRkbUE （八谷）
  • RegulomeDB で，連鎖不平衡のブロック内にある別のSNPの情報もquery expansionのように，引っぱって来れるか？（尾崎）
  • ライブラリプレップ・ツール・ツール実行時のパラメータ等のプロトコルの標準化をENCODEプロジェクトをネタにやってみる(おおた・すずき)
    • GitHub https://github.com/inutano/opencode/
    • 個人的まとめwiki https://github.com/inutano/opencode/wiki
    • 山中環境 http://23.21.247.75/encode/filebrowser_0.3/main.html http://23.21.247.75/phpmyadmin/ http://50.112.241.100:8080/

当日スケジュール（予定）

• 19日（世話人：大田）
  • 有志で準備をすすめる・前夜祭
• 20日午前（世話人：八谷）
  • キックオフミーティング・ブレスト
• 20日午後〜21日午前（世話人：大田・岩崎）
  • 現状、具体的にどの生データ・縮約データがどういう形で利用可能・利用不可能かについてきちんと情報収集
    • 著者にお願いすればもらえるのか、ライセンスはどうか、もうどこかでやっていないか etc
  • 縮約データを配布するUIについて議論
    • ゲノムブラウザ？Biomart的？GEO的？Galaxy的？
  • どのような縮約データがどのような形で利用可能だと良いか、ニーズ出し
• 21日午後（世話人：八谷）
  • ツールとデータのプロトタイプ作りを始める
    • 大きなNGSデータの計算なんかは始めても終わらないので後日