BH12.12/op.ENcode
提供:TogoWiki
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目標
- Encodeデータ(+その他の公開データ)を使いやすい形で縮約・統合する。
- これを何人かで集まってお祭り的にやったら、個人でやるより良いものができそうだし、楽しそう。
- おまけとして、Encodeプロジェクトの研究者何人かを海外から BH2013 の枠組みで呼んでもらって、その場で色々と聞きながら作業できるかもしれない。
参加者(自由に付け加えてください)
- 八谷
- 大田
- 岩崎
- 鈴木(東工大)
- 山中(東大先端研)
記録
- それっぽいサンプルデータ(Gene Expression Atlasより)
事前TODO(自由に付け加えてください)
- メーリングリスト
- 論文一覧
- ENCODE輪読会まとめ
- 事前議論用google site wiki
- リソース・情報集め
- 全体像一枚絵 http://genome.ucsc.edu/ENCODE/aboutScaleup.html
- トピックごと分類 http://www.nature.com/encode/threads
- ゲノムブラウザ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=Kate&hgS_otherUserSessionName=encodePortalSession
- データ一覧 http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataSummary.html
- データ一覧 (細胞株x実験手法のマトリックス、ヒト) http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixHuman.html
- データ一覧(細胞株×実験手法のマトリックス、マウス) http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixMouse.html
- OpenHelixのチュートリアル http://www.openhelix.com/ENCODE2
- 参考
- Ensembl API http://asia.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_API_diagram.html
- Make a Searchable Online Database -or- I Love Google Spreadsheets http://katiepiatt.blogspot.jp/2011/05/make-searchable-online-database-or-i.html
- Creating HTML Links to IGV http://www.broadinstitute.org/software/igv/ControlIGV
- アイデア出し
- RegulomeDB http://regulome.stanford.edu/ は便利そうなので、もっと便利にするために、purifying selection 情報( http://1.usa.gov/TuGRQ9 )も同時に取得できるようにしたい。もし余力があれば、DRA等にある whole-genome sequencing や bisulfite sequencingデータから多型/メチル化をコールしておいて、多型情報、エピゲノム情報も同時に取得できるようにしたい。参考図: https://docs.google.com/open?id=0ByZXe0ow-VnhYXlyeklYcHRkbUE (八谷)
- RegulomeDB で,連鎖不平衡のブロック内にある別のSNPの情報もquery expansionのように,引っぱって来れるか?(尾崎)
- ライブラリプレップ・ツール・ツール実行時のパラメータ等のプロトコルの標準化をENCODEプロジェクトをネタにやってみる(おおた・すずき)
当日スケジュール(予定)
- 19日(世話人:大田)
- 有志で準備をすすめる・前夜祭
- 20日午前(世話人:八谷)
- キックオフミーティング・ブレスト
- 20日午後〜21日午前(世話人:大田・岩崎)
- 現状、具体的にどの生データ・縮約データがどういう形で利用可能・利用不可能かについてきちんと情報収集
- 著者にお願いすればもらえるのか、ライセンスはどうか、もうどこかでやっていないか etc
- 縮約データを配布するUIについて議論
- ゲノムブラウザ?Biomart的?GEO的?Galaxy的?
- どのような縮約データがどのような形で利用可能だと良いか、ニーズ出し
- 現状、具体的にどの生データ・縮約データがどういう形で利用可能・利用不可能かについてきちんと情報収集
- 21日午後(世話人:八谷)
- ツールとデータのプロトタイプ作りを始める
- 大きなNGSデータの計算なんかは始めても終わらないので後日
- ツールとデータのプロトタイプ作りを始める