BH12.12/SPARQLthon4

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BH12.12 をうけて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、これまでに生成・ストアしたデータを SPARQL しまくりスタンザ生成に必要なデータを検索するためのノウハウと不足データの洗い出しを行う、第４回 SPARQLthon を開催したいと思います。


目次

開催概要

  • 開催期間：2013年1月18(金) 10:00- DBCLS 4F 教室 （日程調整）
  • 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 4階 415 (教室)

開催目的

  • ウェブアプリケーションでの意味単位でのデータ取得を想定した問い合わせの実践
  • RDFデータモデルの問題点の洗い出し
  • SPARQL言語スキルの向上と経験の共有
  • TogoGenome/TogoStanza でスタンザの仕様案が固まってきたこともあり、本格的な作業の前に情報共有したい。IFRAME で埋め込む仕様の是非、共通の CSS として Bootstrap ベースのものを用意する、可視化のライブラリとして D3 で行くかどうか、SPARQL エンドポイントの整備などなど。
  • あわせて INSDC オントロジー、その他のオントロジー整備、TogoGenome にリンクできる RDF データの整備、op.ENCODE、Ruby UCSC API と TogoWS の連携などなどを議論していきたい。

参考リンク

プロジェクト

  • GFF3O と GVF1O
  • MPO (Microbial Phenotype Ontology) の開発と、GOLD の Organism metadata 関連情報のLOD化
  • MBGD
  • Virtuoso Tips

参加者

  • 片山
  • 岡本
  • 川島
  • 藤澤
  • 西口
  • 千葉
  • 西出
  • 森
  • 野原
  • 岡別府
「/mw/BH12.12/SPARQLthon4」より作成