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2012年12月19日 (水) 06:37時点における最新版

SPARQL endpoints

• W3CのSPARQL endpoint リスト
• Allie Toppage
• Allie
• SPARQL endpoints provided by Bio2RDF
• DBPedia
• UniProt official beta

SPARQL command line interfaces

• sparql.rb (Ruby SPARQL query command)
  • https://gist.github.com/3385134 (バグ報告は片山までよろしくおねがいします)
    • 使い方：export SPARQL_ENDPOINT="http://fat:8890/sparql" 環境変数を設定して ruby sparql.rb help を見てください

% ssh gw.ddbj.nig.ac.jp
% qlogin
% wget https://gist.github.com/raw/3385134/ed7cc9037052b8dd5e10367a6ce82c76cf9390b0/sparql.rb
% chmod 755 sparql.rb
% export SPARQL_ENDPOINT="http://fat:8890/sparql"
% ./sparql.rb help
% ./sparql.rb query '
SELECT *
FROM <http://genome.db/>
WHERE {
  ?s ?p ?o
} LIMIT 10
'

• Jena ARQ (Java/Jena)
  • http://jena.apache.org/documentation/query/ ← http://jena.sourceforge.net/ARQ/
    • インストール：http://www.apache.org/dist/jena/binaries/ から apache-jena の新しいのをゲット

% mkdir -p /usr/local/src/jena
% cd /usr/local/src/jena
% wget http://www.apache.org/dist/jena/binaries/apache-jena-2.7.4.tar.gz
% tar xvf apache-jena-2.7.4.tar.gz
% mkdir -p /opt
% cd /opt
% ln -s /usr/local/src/apache-jena-2.7.5 jena
% export JENA_HOMEROOT=/opt/jena
% export PATH="$PATH:/opt/jena/bin"
% arq --data NC_000913.2.ttl --query NC_000913.2.rq

Jena arq でリモートのエンドポイントを検索する方法は？ → Jena 同梱の rsparql で可能

% rsparql --service 'http://data.allie.dbcls.jp/sparql' 'select * {?s ?p ?o.} limit 10'

SPARQLthon endpoints

• DDBJ
  • SPARQL endpoint (Virtuoso)
    • http://fat:8890/sparql (Uniprot ロード中)
      • http://genome.db/
      • http://purl.uniprot.org/uniprot/
      • http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/
      • http://identifiers.org/dataset/
    • http://fat:8891/sparql
      • http://genome.db/
      • http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/
      • http://identifiers.org/dataset/
    • http://fat:8892/sparql
      • http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/
      • http://identifiers.org/dataset/
      • http://genome.db/
      • http://v4.genome.db/
      • http://v5.genome.db/
    • http://fat:8893/sparql (UniProt ロード済)
      • http://genome.db/
      • http://purl.uniprot.org/uniprot/
      • http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/
      • http://identifiers.org/dataset/
  • グラフ
    • RDF genome (RefSeq2RDF): <http://genome.db/>
    • UniProt <http://purl.uniprot.org/uniprot/> (10/18からロード中、UniProt/UniRef以外はロード済み)
    • CyanoBase ID (NCBI Gene IDへのリンク) <http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/>
    • GTPS ID (NCBI Gene IDへのリンク) <http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/>
    • EdgeStore (様々なDB ID間のリンク) <http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/>
  • SPARQL endpoint (OWLIM-Lite)
    • http://fat:8080/openrdf-sesame/repositories/lsdb
  • グラフ
    • EdgeStore (default)
    • RefSeq2RDF (大腸菌ロード中) http://fat:8080/openrdf-sesame/repositories/genome.db

% owlim query genome.db '
SELECT *
WHERE {
 ?s ?p ?o
} limit 10
'

• MBGD
  • SPARQL endpoint (OWLIM)
    • http://mbgd.genome.ad.jp:8045/openrdf-sesame/repositories/mbgd (user:microbedb, password=microbedb)
  • SPARQL endpoint (Virtuoso)
    • http://mbgd.genome.ad.jp:8047/sparql

使えるポート番号がFireWallで制限されている場合のSPARQL endpointの公開法

• Apacheでリバースプロキシを設定する

この辺りを参考にした　http://blog.livedoor.jp/techblog/archives/65151527.html http://sistlb.sist.ac.jp/manual/ja/urlmapping.html

httpd.confに以下の行を追加

<IfModule mod_proxy.c>
ProxyRequests Off
<Proxy *>
Order deny,allow
#Deny from all
Allow from All
</Proxy>

<VirtualHost *:80>
ServerName hoge.huga.ac.jp
RewriteEngine On
RewriteRule /virtuoso/(.*) http://hoge.huga.ac.jp:8890/$1 [L,P,QSA]
RewriteRule ^(.*) http://hoge.huga.ac.jp:8890/$1 [L,P,QSA]
ProxyPassReverse /virtuoso/ http://hoge.huga.ac.jp:8890/
ProxyPassReverse / http://hoge.huga.ac.jp:8890/
</VirtualHost>

これでFireWall外からSPARQL endpointにアクセス可能になる。