BH12.12/LOD Metalloprotein
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目次 |
目標
参加者
- 川島武士 (かわしま たけし)
- 川島秀一 (かわしま しゅういち)
- 込山悠介(こみやま ゆうすけ)
- 番野雅城 (ばんの まさき)
現状
Day 1
周期表
1 | "第18族元素"18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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1 "水素" H |
"第2族元素"2 | "第13族元素"13 | "第14族元素"14 | "第15族元素"15 | "第16族元素"16 | "第17族元素"17 | 2 "ヘリウム"He |
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3 "リチウム"Li |
4 "ベリリウム"Be |
5 "ホウ素"B |
6 "炭素"C |
7 "窒素"N |
8 "酸素"O |
9 "フッ素"F |
10 "ネオン"Ne |
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11 "ナトリウム"Na PDB_full: (450) PDB_bind: (xxx) |
12 "マグネシウム"Mg PDB_full: (3730) PDB_bind: (2529) |
"第3族元素"3 | "第4族元素"4 | "第5族元素"5 | "第6族元素"6 | "第7族元素"7 | "第8族元素"8 | "第9族元素"9 | "第10族元素"10 | "第11族元素"11 | "第12族元素"12 | 13 "アルミニウム">Al PDB_full: (4) PDB_bind: (xxx) |
14 "ケイ素"Si PDB_full: (4) PDB_bind: (xxx) |
15 "リン"P |
16 "硫黄"S |
17 "塩素"Cl |
18 "アルゴン"Ar |
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19 "カリウム"K PDB_full: (1312) PDB_bind: (xxx) |
20 "カルシウム"Ca PDB_full: (6380) PDB_bind: (1661) |
21 "スカンジウム"Sc |
22 "チタン"Ti |
23 "バナジウム"V PDB_full: (1) PDB_bind: (57) |
24 "クロム"Cr PDB_full: (7) PDB_bind: (5) |
25 "マンガン"Mn PDB_full: (1790) PDB_bind: (567) |
26 "鉄"Fe PDB_full: (987) PDB_bind: (1041) |
27 "コバルト"Co PDB_full: (450) PDB_bind: (249) |
28 "ニッケル"Ni PDB_full: (638) PDB_bind: (350) |
29 "銅"Cu PDB_full: (825) PDB_bind: (197) |
30 "亜鉛"Zn PDB_full: (7693) PDB_bind: (1947) |
31 "ガリウム"Ga |
32 "ゲルマニウム"Ge |
33 "ヒ素"As PDB_full: (4) PDB_bind: (xxx) |
34 "セレン"Se |
35 "臭素"Br PDB_full: (228) PDB_bind: (N/A) |
36 "クリプトン"Kr |
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37 "ルビジウム"Rb |
38 "ストロンチウム"Sr |
39 "イットリウム"Y |
40 "ジルコニウム"Zr |
41 "ニオブ"Nb |
42 "モリブデン"Mo PDB_full: (27) PDB_bind: (47) |
43 "テクネチウム"Tc |
44 "ルテニウム"Ru |
45 "ロジウム"Rh |
46 "パラジウム"Pd |
47 "銀"Ag |
48 "カドミウム"Cd |
49 "インジウム"In |
50 "スズ"Sn |
51 "アンチモン"Sb |
52 "テルル"Te |
53 "ヨウ素"I PDB_full: (13) PDB_bind: (xxx) uniprot/P01266 |
54 "キセノン"Xe |
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55 "セシウム"Cs |
56 "バリウム"Ba |
*1 | 72 "ハフニウム"Hf |
73 "タンタル"Ta |
74 "タングステン"W PDB_full: (7) PDB_bind: (70) |
75 "レニウム"Re |
76 "オスミウム"Os |
77 "イリジウム"Ir |
78 "白金"Pt |
79 "金"Au |
80 "水銀"Hg |
81 "タリウム">Tl |
82 "鉛"Pb |
83 "ビスマス"Bi |
84 "ポロニウム"Po PDB_full: (0) PDB_bind: (xxx) in discussion |
85 "アスタチン"At |
86 "ラドン"Rn |
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87 "フランシウム">Fr</a> |
88 "ラジウム">Ra |
*2 | 104 "ラザホージウム">Rf |
105 "ドブニウム">Db |
106 "シーボーギウム">Sg |
107 "ボーリウム">Bh |
108 "ハッシウム">Hs |
109 "マイトネリウム">Mt |
110 "ダームスタチウム">Ds |
111 "レントゲニウム">Rg |
112 "コペルニシウム">Cn |
113 "ウンウントリウム">Uut |
114 "フレロビウム">Fl |
115 "ウンウンペンチウム">Uup |
116 "リバモリウム">Lv |
117 "ウンウンセプチウム">Uus |
118 "ウンウンオクチウム">Uuo |
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*1"ランタノイド">ランタノイド</a>: | 57 "ランタン">La |
58 "セリウム">Ce< |
59 "プラセオジム">Pr |
60 "ネオジム">Nd |
61 "プロメチウム">Pm |
62 "サマリウム">Sm |
63 "ユウロピウム">Eu |
64 "ガドリニウム">Gd |
65 "テルビウム">Tb |
66 "ジスプロシウム">Dy |
67 "ホルミウム">Ho |
68 "エルビウム">Er |
69 "ツリウム">Tm |
70 "イッテルビウム">Yb |
71 "ルテチウム">Lu |
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*2"アクチノイド">アクチノイド</a>: | 89 "アクチニウム">Ac</a> |
90 "トリウム">Th</a> |
91 "プロトアクチニウム">Pa</a> |
92 "ウラン">U</a> in discussion |
93 "ネプツニウム">Np</a> |
94 "プルトニウム">Pu</a> |
95 "アメリシウム">Am</a> |
96 "キュリウム">Cm</a> |
97 "バークリウム">Bk</a> |
98 "カリホルニウム">Cf</a> |
99 "アインスタイニウム">Es</a> |
100 "フェルミウム">Fm</a> |
101 "メンデレビウム">Md</a> |
102 "ノーベリウム">No</a> |
103 "ローレンシウム">Lr</a> |
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文献調査
Day 2PDB_full: の集計方法PDB中に含まれている化合物情報を見て、対象の金属単体を含んでいる PDBID の一覧を取得
PDB_bind: の集計方法金属原子を含むリガンドとPDBファイル中で5Å以内に接近しているタンパク質を金属結合タンパク質とした。 データを見るうえでの注意点※1.以前行った金属結合部位の解析結果を流用しており、そのとき解析されなかった元素についてはN/Aと表記しています。 PDB_fullのリストのtsv置き場
http://54.248.221.4/data/Metalloprotein/
PDB_bindingのリストのtsv置き場http://54.248.221.4/data/Metalloprotein/binding/ 2列目のカラムはリガンド5周辺5Å以内に出現した残基数です。 各元素とPDB中で使われる化合物の3桁IDの対応表http://54.248.221.4/data/Metalloprotein/hetatm_element 2列目のカラムはその化合物の元素の組成式 ※化合物のIDが存在するだけでそれを含む結晶構造が存在しない場合もあります。 Day 3二日目までの調査では、生体内元素の知見については、なぜかヒトのことばかりがよくまとめられ議論に利用されるが、他の生物についてはあまり良いデータがみつからないことが分かってきた。(さらに調査必要) 地質データのRDF化について、東大、遠藤一佳先生、小宮剛先生と、議論(13:00 ~ )。 地質データについて、典型的なサンプリングデータの論文を教えてもらった。 データ内容は、 サンプル番号、採取地域名、採取地層名、採取岩石名、炭素同位体計測値、Mg, Ca, Mn, Srなどの計測値。 また、それぞれのサンプル番号には、GPSデータが付属する。 採取地層名や、採取岩石名などは、コントロールド-オントロジーにする必要がある。 サンプル番号に付随するGPSデータなどは、既存の地図データの利用を考える。 地質の分析データと化石の分析データは、別個におこなうということが分かった。化石データについても、具体例を利用できるように相談する。 地質中や化石中の含有元素については、決まった元素についてしか調べない。たとえば、MgとCaの含有比など。希に、他の元素も調べることもある。でもサンプルさえ残っていれば、どんな元素についても再度調べ直すことが可能。これらについては、今後の課題だ。
S100401-01 Dengying Shibantan 1.64 PI-5 Black limestone 4.12 0.07 − 6.01 0.22 97.93 32.53 0.07 LinkBack to home [4]
ATHENA [9] RRUFF [10] Mineralogy Database [11] Textbook生物無機化学 [12] "The biological chemistry of the elements - The inforganic chemistry of life" Frausto et al, Oxford, [13] |