BH11.11/オープンバイオ

提供：TogoWiki

目次 1 BioRuby 1.1 機能拡張・バグフィックス 1.2 RDF入出力: オブジェクトのRDF化 / RDFデータの読み込み 1.3 メンバー

BioRuby

機能拡張・バグフィックス

• 最近のBioRubyメーリングリストの話題 -- 異なる環境(Linux, Windows, Mac)、Rubyバージョン(Ruby 1.8.7, Ruby 1.9.3)でBioRubyのテストを動かしてError/Failureの有無をチェック
  • (完了) Windows 7 Enterprise + Ruby 1.9.3-p0 (mingw32) でのError/Failureを直す
    • 11/21 ??:??: 8 failures, 4 errors
    • 11/22 14:50: 8 failures, 3 errors
      • PhyloXMLのテストで一時ファイルをオープンしたまま削除しようとしていたのを修正
    • 11/22 17:10: 5 failures, 3 errors
      • コマンドライン文字列のテストに使用するテスト文字列を変更
    • 11/22 17:35: 3 failures, 3 errors
      • Windowsの識別をミスっていた部分を修正
    • 11/23 15:09: 0 failures, 0 errors
      • ファイル読み込み時にバイナリモードを使用

• ネットワークを使ったテストを分離し、デフォルトで実行しないようにする
  • 11/24 午前: 完了
  • 今後の課題: ネットワーク通信のモックによるエミュレートを行う

• TODO
  • 「独自パッチ」「ローカルパッチ」募集中
  • Fasta形式・Fastq形式出力時のID二重出力問題について

RDF入出力: オブジェクトのRDF化 / RDFデータの読み込み

• これまでのBioHackathonなどで開発されたコードの活用
  • TogoWSで動いているRDF出力コード
    • MEDLINE -> RDF 変換 (Turtle形式出力) -- medline.ttl.erb
      • （かたやまさん、西澤さんから貰う -- done）
      • TODO: プラグイン化、または本体に取り込む
    • bioruby-rdf は下記参照
  • bioruby-rdf -- written by Raoul during BioHackathon 2011
    • Feature付き配列データのDDBJ RDF 出力に対応
    • 後日の課題: DDBJのRDFが更新されるのでそれに追従
      • 今のところはDDBJ形式には変更無し。GTPS向けの変更(BH11.11/セマンティックゲノムアノテーションデータベースの試作に記載)が後日取り込まれるはず。
  • HMMER3 output to RDF/XML -- written by Chris Z during BioHackathon 2011 (bh11/wiki/OpenBio)
    • HMMER3 結果の RDF/XML出力
    • TODO: プラグイン化、または本体に取り込む
  • https://github.com/yeban/bioruby/tree/rdf -- written by Anurag Priyam during Google Summer of Code 2010 (Phyloinformatics with NESCent)
    • 汎用RDFライブラリ的な作り
    • 開発途上でGSoC期間が終了、そのまま放置？
    • 開発意図不明のため後回し

• TODO: ドキュメントやサンプルの整備
• TODO: Bio::FlatFile (データ入力)および Bio::Sequence::Output (配列データ出力)の改良
  • 配列以外のデータ出力の汎用化

• 参考
  • rdf.rb -- Ruby用のRDFライブラリのデファクトスタンダード
    • BH11.11/生物学辞書のRDF化 と BH11.11/コケ でも利用

メンバー

• 後藤
• 片山
• 西澤