BH11.11/LinkDB RDF

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  • Agenda
    • Turtleでは、データベースエントリーIDに数字ではじまるものが使えない（QNAMEの仕様）ので、現状のRDFに修正が必要
    • LinkDB RDFのOWLを作成（より一般的に、データベースエントリーのリンク情報について記述できるOWLが望ましい）
    • LinkDB RDFで扱うデータベースに関して、BioDBCore、MEDALS、DBアーカイブなども考慮しつつ、どのようなメタ情報をつけるか考えて、メタ情報RDFを構築
    • 現状のエントリー間の関係情報から踏み込んで、コンテンツレベルでの関係にまで情報を詳細化できるか考える
      • やると実際に便利なのかどうか、具体例
      • やるとするとどこまでできるか（優先的に作業するデータベースの選択など）
      • 将来、これまでのようなデータベースエントリーという概念が希薄化したときに、既存のLinkDBはどう位置づけられるだろうか
    • LinkDB が現在対象としていないデータベースについて、どのようにリンクを繋げていくことができるか考える
      • DBアーカイブのコンテンツで、LinkDBにどの程度つながるか。またはどの程度の追加作業で、LinkDBにつながるか
    • LinkDB の具体的な応用を考える
      • 例えば、Gene Set Enrichment Analysis で、遺伝子セットが与えられた時、データベースエントリーのネットワークは役に立つのか

勝手にリクエスト 

<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#original_site> <http://pdbj.org/rdf/7TIM> .
<http://pdbj.org/rdf/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_enzyme> <http://www.genome.jp/enzyme/5.3.1.1> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_genes> <http://www.genome.jp/genes/sce:YDR050C> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_uniprot> <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00942> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pdbstr> <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMA> ,
                                                                                                                 <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMB> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_interpro> <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR000652> , 
                                                         <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR013785> ,
                                                         <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR020861> ,
                                                         <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR022896> ;
                                       <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pfam> <http://pfam.sanger.ac.uk/family?entry=PF00121> ;
                                       <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pubmed> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2043623> .

こうすると、述語でデータベースの種類がフィルターできる。できれば、さらにLinkDB内でのリンクも付け加えたらもっと良い： 

<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#in_linkdb> <http://www.genome.jp/linkdb/enzyme/5.3.1.1> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/genes/sce:YDR050C> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/uniprot/P00942> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMA> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMB> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/interpro/IPR00652> , 
  .....
  • 結局のところ、現在の LinkDB のウェブページで表示されるデータがそのままRDFになったようなイメージかな？
  • BH11.11トップページ
「/mw/BH11.11/LinkDB_RDF」より作成