SPARQLthon88
提供:TogoWiki
第88回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2020年 1月 23(木)- 24日(金)
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
新春特別企画: SPARQLthon meets Cytoscape
- 日時: 1/24 (金) 14:00 - 16:00
- 開催場所: DBCLS柏ラボ 7階セミナールーム (701)
- 概要
- Bioinformatics の分野では言わずと知れたネットワーク可視化・解析ソフトウェア Cytoscape のコアデベロッパーである大野圭一郎さん (University of California San Diego) をお招きします。Cytoscape Consortium が目指すもの、ロードマップをご紹介頂いたのちに、今回は特別にDB開発者向けの内容もお話していただき、その後ディスカッションの時間を設けます。ぜひご参加ください。詳しくはDBCLSおおたまで。
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- DBKEROに公開されているデータの「ダウンロードポータルページ(仮)」の作成 (若栗)
- RDFデータの軽量化・ChIP-SeqデータについてRDFスキーマの設計&相談 (若栗)
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- 転写因子結合モチーフのデータベース、TRANSFAC の開発者 (Edgar Wingender) と打ち合わせし、ChIP-Atlas との連携について議論した。
- TFBS (FALDOでregion, q-value) をRDF化しました
- 菅野Gとモデルの合意をしました
- BioSample RDF と一緒にトリプルストアにこれから入れます
- 何も考えずに全生物種、全threshold分を変換したら500億トリプルくらい?
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース:jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- 酒米オントロジーとRDF化検討 (川島、鐘ヶ江、畠中、岡別府)
- Cytoscapeで植物家系図をレンダリング(岡別府)
- GraphQL to SPARQL (grasp) 開発中(片山・川島・守屋・えにしテック)
- RDF config 仕様アップデート中(片山・西澤)
- 酵母株の特性データのRDFスキーマ検討(川島、岡本、高月、櫛田)
- Japan Collection of Microorganisms(JCM)に登録されている酵母株の発酵の基質、生育条件、有機化合物分解能データのRDF化を準備中
- JCMが標準的な手法で実験を行いデータ生成、データベース化を進めている。
- 有用物質生産などで活用されることを期待。
- Graph databases (千葉)
- BioHackrXivにサマリをレポート?
- Endpoint browser の細かいブラッシュアップ(守屋)
- TogoSW = SPARQL-proxy + SPARQList + LOD surfer + Endpoint browser + MetaStanza? + ... オールインワン化したい計画 (守屋・山口・片山)
今後の予定
- 今週のブラタモリ@浜松 に岡本さんの学園のオケ部の画像が流れるそうです
- Graph Database in Practice 2020 (2/16-18)
- 次回の SPARQLthon 懇親会に Evan Bolton さんが理研ハッカソンのあとで立ち寄られるそうです
- 2/27-29 に第2回 AMED GEM Japan ワークショップが仙台で開催されます。興味のある方は荻島さんにコンタクト!
- 第24回オープンバイオ研究会 は 3/14 (土) に JAIST で開催予定です
- 国際版BHは9月広島予定
- 国内版BHはいつどこ? → 6月か7月に新潟か浜松?
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 池田秀也 (DBCLS)
- 大石直哉 (dogrun)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 山田一作 (野口研究所) 1月 23(木)のみ参加
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 岡別府陽子(OKBP)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 永野朗夫 (PENQE)
- 平原麗夏 (PENQE)
- 浅野由衣 (PENQE)
- 黒須亮平 (PENQE)
- 高月照江 (DBCLS)
- 櫛田達矢(理研BRC)
- 藤澤貴智(NIG)
- 山下理宇(国立がん研究センター)
- 鐘ケ江弘美 (NARO)
- 山本謙太郎 (理研BIT) 1月24日のみ参加
- 古崎晃司 (大阪電通大) 1月24日のみ
- 沖 真弥(九大)
- 若栗浩幸(ビッツ)
- 建石由佳(NBDC)1月 23(木)のみ
- 内山郁夫(基生研)
- 西出浩世(基生研)
- 平木愛子 (DBCLS) 1月23日夕方以降~
- 畠中秀樹 (DBCLS) 23(木)午後〜24(金)16時
- 佐藤大輔 (Lifematics)
- 真後 俊幸(NBDC)1月24日午前のみ
- 太田 紀夫(NBDC)1月24日午前のみ
- 鈴木穣(東大)1月24日午前のみ
- 露崎弘毅 (理研BDR) 1月24日のみ
- 桝屋啓志(理研BRC) 1月24日のみ
- 平川英樹(かずさDNA研) 1月23日のみ
- 田中 聡 (Trans-IT) 1月23日10時~24日16時
- 鈴木治夫(慶応大学)1月24日
- 大野圭一郎 (University of California San Diego)
- 豊岡理人 (NBDC) 1月24日のみ
- 三橋信孝 (NBDC) 1月24日のみ
- 藤澤貴智(NIG)1月23日16時~