SPARQLthon69

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第69回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome (片山・佐藤・岡別府)
    • JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
      • RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
      • SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
      • CDS/tRNA/rRNAトラック統合
      • TogoVar への適用
    • トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
    • 比較ゲノム機能のバグフィックス(SPARQL に不備があった)
      • RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
    • CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
  • TogoVar(佐藤・片山・守屋)
    • JS 版スタンザでデフォルトの jQuery, CSS を消去したため、webcomponents.js をアプリ側で読み込まないと Safari/Firefox でスタンザが表示できない問題
  • TogoIdentifier 計画(小野・片山・佐藤)
    • TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む)の変換サービスとして独立?
  • ゲノムグラフ(濱谷・片山・横山)
    • ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認
    • http://viewer.momig.tokyo/demo3
  • SPARQLを用いた推論機能について(千葉)
  • SPARQL support のqueryタブを移動できるように改良(守屋)
  • med2rdf (川島・鎌田・多湖・村上)
    • 完成済みのコンバーターの動作確認 & ttl の確認して修正点の列挙 [CIViC, HINT, INStruct] => DGIdbが未だ
      • CIViC は、ガンに関する遺伝子変異情報がまとめてあるデータベース。座標の記述にはfaldoを、リファレンス配列としてhcoを利用しているので、TogoVarにすぐ取り込めるはず。
    • JSMO (がん3学会合同ガイダンス)コンバーター作成:治療薬DBのオントロジー調査
    • dbNFSPコンバーター作成:faldoに対応
    • [ICGC, Cosmic] Oracle 上の R2RML Mapping で rr:sqlQuery がエラーになるので開発に問い合わせ(山中)

今後の予定

  • [BH18.7] 国内版バイオハッカソン 7/15-20@徳島
    • 参加登録受付中(今月中、なるはやでよろ)
  • ELIXIR版 BioHackathon 11/12-16@パリ郊外
    • http://bh2018paris.info
    • 公募 7/12 まで登録締切を延長
    • DBCLS/NBDCからは5〜10名参加予定、皆さんも是非
  • BH18 国際版バイオハッカソン 12/9-15@松江
    • Rubyの父 まつもとゆきひろさんにもお越しいただけそう
    • ウェブサイト、参加登録フォームこれから作ります

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 永野朗夫(penqe)21日のみ
  • 平原麗華(penqe)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 佐藤大輔 (レベルファイブ)
  • 建石由佳 (NBDC)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 川島武士(遺伝研)
  • 若栗浩幸 (BITS) 21日、22日(午前のみ)
  • 小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 三原基広(dynacom)21日のみ
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 村上勝彦(富士通研)22日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
  • 信定知江(NBDC)22日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
  • 山中遼太 (Oracle) 22日のみ
/mw/SPARQLthon69」より作成