SPARQLthon63
提供:TogoWiki
第63回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2017年 12月 14(木)- 15日(金)
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
プロジェクト
TPP グループ全体
H29〜
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- MEOのオートアノテーションツールの検証(ユーザが自然言語で入力したメタデータをPythonのNLTKなどを使ってMEO IDを付与)(森)
- MicrobeDB.jpポータル開発#SPARQLthon63(藤澤、岡別府、森)
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- JPOSTのProtein Browserで糖鎖修飾部位の表示を追加してもらう(守屋・新町・Thukaa・三浦)
- Protein Browserで修飾部位をクリックするとダミーのアクセッション番号を表示するファイル開発(守屋)
- CROSドメインの問題にぶつかる(Thukaa)
- JPOSTのProtein Browserで糖鎖修飾部位の表示を追加してもらう(守屋・新町・Thukaa・三浦)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 植物共生(ミヤコグサゲノムとRhizobaseのゲノム)の RDF を作るために GenBank 形式でデータを用意(平川・藤澤)
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
継続中(〜H30)
〜H29
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
SPARQLthon グループ
- ゲノム・グラフ SPARQLthon63/vg (片山・横山・原薗)
- inMeXesに対して、同じ文脈で使われる語を列挙する機能を追加。(左のURLはテスト用です。近いうちに従来サービスに統合します。)
- Virtuoso7.2の不具合調査 SPARQLthon63/virtuoso_v7.2
- グラフDBクエリ言語の調査:Neo4jのCypher, OracleのPGQL、SPARQLとの対応関係(千葉)
- GEOメタデータのDBCLS SRA APIからの取得スクリプトの作成→githubへ (坊農)
- integbioDB catalog RDF の更新(DB類似性情報)(信定・畠中・櫛田・川島)
- Text2LOD データのRDF化(継続)(川島)
- ユーザクエリを秘匿するセキュアビーコンのNBDCサーバへのポーティング(三橋、神保)
- TogoVarの変異ビュー検索の仕様とそれに必要なデータを確認(三橋、豊岡、佐藤)
- 新着論文レビュー用の形態素解析辞書拡張(山本、小野、建石、飯田、大石)
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 岡別府陽子 (MSS)
- 岡本忍 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 永野朗夫(penqe)14日16:30〜
- 千葉啓和(DBCLS)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 三橋信孝(NBDC)14日PM〜
- 森宙史(遺伝研)15日のみ
- 佐藤大輔(レベルファイブ)
- 平川英樹(かずさ)14日のみ
- 横山稔之(東大)
- 原薗陛正(東大)14日・15日の17時〜
- 豊岡理人(NBDC)14日PM〜
- 西出浩世(基生研)
- 田中聡 (Trans-IT) 15日は15:00 まで
- 三浦信明(創価大)ひとまず14日
- Kuoka Thukaa(創価大)ひとまず14日
- 新町大輔(創価大)ひとまず14日
- 山田一作(野口研)14日の 14時〜17時
- 大石直哉(DOGRUN)
- 山中遼太(Oracle)ひとまず14日
- 守屋勇樹(DBCLS)
- 内藤雄樹(DBCLS)
- 藤原豊史(DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 神保 元脩(早稲田大学) 15日
- 建石由佳(NBDC)14日15時ごろ〜