SPARQLthon62

提供：TogoWiki

第62回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 継続中（〜H30） 2.1.3 〜H29 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2017年 11月 9（木）- 10日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp
  • MicrobeDB.jpポータル開発#SPARQLthon62
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/

• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
  • データベース開発（守屋、田中）
    • http://db-dev.jpostdb.org/db-copy/
    • 主にバグ取り
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

SPARQLthon グループ

• トリプルストアおよび代替案検討：Virtuoso8, Stardog (推論) Neo4j, Oracle PGX (ネットワーク解析) （千葉）
• DDBJ RDFのRDFポータル査定対応 → SPARQLthon62/DDBJ （藤澤、片山）
• 複数gene間のGO比較 SPARQLthon/go_comparison (岡別府)
• グラフゲノム構築パイプライン: GGFフォーマットの提案（原薗、横山）
• NBDCのRDFストア群を事典風に見せるためにacetaminophenページのモック作成 (畠中)
• TogoVar関連（三橋、川嶋、豊岡、片山、川島）
• 新着論文レビュー機能拡張の詳細検討（小野・山本・飯田・大石・建石）

今後の予定

• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline@GitHub (スミマセン、最新版といいながら前回まで古いWikiへのリンクになっていました)

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS) (11/9のみ)
• 大田達郎 (DBCLS) 11/9のみ, ちょっと遅れます
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 岡別府陽子(MSS)
• 建石由佳（NBDC）11/9午後、11/10
• 永野朗夫（penqe）11/9 14:30〜、11/10
• 千葉啓和（DBCLS）
• 横山稔之（東大）11/10
• 原薗陛正（東大）11/10
• 三橋信孝（NBDC）11/9午後
• 川嶋実苗（NBDC）11/9午後
• 豊岡理人（NBDC）11/9午後
• 大石直哉（DOGRUN）
• 内藤雄樹（DBCLS）11/10のみ
• 仲里猛留（DBCLS）
• 西出浩世（基生研）
• 田中聡 (Trans-IT) 11/9のみ
• 藤原豊史（DBCLS）
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 信定知江（NBDC）11/10 16時まで
• 畠中秀樹 (NBDC) 11/10