SPARQLthon56

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第56回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2017年 5月 15(月)- 16日(火)
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
  • RDFポータルはメンテのため5/12(金)16:30から5/15(月)12:30まで停止しますのでご注意ください。→既にメンテ終了、9:50頃再開しました。

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29


SPARQLthon グループ

  • KEGG OC RDF を Orthology Ontology に対応(守屋、千葉)
  • SPARQL Builderの開発計画を立てる (小林・山口)
  • データベースRDF化ガイドラインをGitHub へ移行(川島)
  • TogoStanzaのEPをStardogに変更してみた結果 (岡別府)
  • TogoGenome + human のプランニング (片山・川島・佐藤・野村・岡別府)
  • NGS現場の会チュートリアル用 MedGen, ClinVar, ExAC RDFのエンドポイント http://togogenome.org/sparql-ngs
  • vg によるメタゲノムのグラフ構築 - GFA を vg view で vg ファイルに変換など (大和田・片山)
  • vg による日本人ゲノムのグラフ化 - 進行中 (片山)
  • vg の可視化についての検討 (片山・永野)
  • D2RQ Mapper 改訂版の UI 検討 (山本・永野・片山)
  • TogoWS の dbSNP の JSON が壊れているっぽい (西澤)
  • DDBJ RDF の FTP サイト (藤澤)
  • DDBJ Validation APIのユーザ認証の検討(藤澤・大石・岡別府)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山中遼太 (Oracle) 5/15 のみ
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京大・薬)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 永野朗夫(Penqe)
  • 仲里猛留(DBCLS)5/15のみ
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 新町大輔 (創価大)
  • 大和田周甫(東工大)5/15のみ
  • 小林紀郎(理研)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 信定知江 (NBDC) 16時まで
  • 久保大(東工大)15日のみ
  • 平川英樹(かずさ)15日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS) 5/16は午後から参加
  • 山田一作(野口研究所)15日(10:50まで)、16日(11:30まで)
  • 五斗進(DBCLS)
  • Andrea Ghelfi(かずさ)
  • 田中聡 (Trans-IT) 5/16 のみ 17:00 まで
  • 藤原豊史(DBCLS)5/15のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)5/16のみ
/mw/SPARQLthon56」より作成