SPARQLthon34/DBcatalog

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SPARQLthon33/DBcatalog の続き カテゴリーの見直しおよびオントロジーの作成は公開後に行なう。まずは公開する方向で理研メタデータとの突き合わせを進めた。

目次

更新の手順

  1. 現状のカテゴリーのリストアップ(信定)→ https://docs.google.com/spreadsheets/d/10WRwuLS-_jJHPz4sKtRXAq_kaIj54xq8r4fqS3xNtyA/edit?usp=sharing 【Done】
  2. 理研メタデータベースカテゴリーとのマッピング(信定)【Done】
  3. カテゴリーのリソース URIを確定する(藤澤)【Done】
    • 関係者に確認(信定・小林)
  4. RDF更新(大久保)
  5. NBDCポータルサイトに入れる(大久保)
  6. オントロジーを作る
    • 現状のカテゴリー(タグ)の見直し(信定)
    • 階層化、破綻しないオントロジー作成のフロー(古崎)

理研メタデータとの突き合わせ

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1i_Mq-uEGQsZSPI2gCa0r4f4MVHnu4wsu4B6slokZqr0/edit?usp=sharing

  • "category:Target"について
    • カタログには無いが理研で使用しているカテゴリ(experiment, metabolism, phenotype, transcript)は追加。
    • 理研で使用していないが、カタログで使用している(または理研とカタログで意味が完全一致しない)カテゴリを追加。
  • "category:Information type"について
    • カタログでもっている「Ontology/ Terminology/Nomenclature」を理研が使っていなかったが、これは追加。
  • 今後も理研からリクエストがあれば随時追加予定。

理研メタデータベースからのリンク

  • 理研メタデータベースからintegbiodbレコードへのリンクするための表現について、いったん理研側で独自のプロパティで記述する。

RIKENInteBioRecFig1.png

  • カテゴリーのオントロジーを作る際、OWLにRecord, Datasetクラスなども記述する。

RIKENInteBioRecFig2.png

integbiodbオントロジー

  • カテゴリーの他にRecordクラスを定義する
@prefix integbio: <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/integbio.owl#>

<http://metadb.riken.jp/db/xxxxxx>     rdfs:seeAlso    <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdcXXXXXXXX> .
<http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdcXXXXXXXX>        rdf:type        integbio:Record .

http://integbio.jp/dbcatalog/resource/integbio.owl#

:Record
    a owl:Class ;
    rdfs:label “Integbio Database Record" ;
    rdfs:subClassOf dcat:CatalogRecord .
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