SPARQLthon32/LinksetOntology

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前回の SPARQLthon31 でのホワイトボード

から、ドラフトバージョンでは、まず forward/reverse/canonical なリンクを指す predicate を定義したオントロジーを作ることにした。 Identifiers.org のオントロジーと揃えていく必要がある。また、DB 間の関係(リンクの意味や由来や統計データ)は後日定義する。 PURL への登録も TODO。

@prefix :        <http://purl.jp/bio/01/linkset#> .
@prefix owl:     <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix rdf:     <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs:    <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix spin:    <http://spinrdf.org/spin#> .
@prefix xsd:     <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix dct:     <http://purl.org/dc/terms/> .

<http://purl.jp/bio/01/linkset#>
      rdf:type          owl:Ontology ;
      dct:license       <http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/> ;
      owl:versionInfo   "2015-05-14"^^xsd:date .

# Classes

:DatabaseEntry
      rdf:type          owl:Class ;
      rdfs:comment      "A class for database entry." ;
      rdfs:label        "Database entry" .

# Properties

:forwardLink
      rdf:type          owl:ObjectProperty ;
      rdf:comment       "A link recorded in the subject entry to the object entry." ;
      rdfs:domain       :DatabaseEntry ;
      rdfs:range        :DatabaseEntry .

:reverseLink
      rdf:type          owl:ObjectProperty ;
      rdf:comment       "A link inferred from a forward link." ;
      rdfs:domain       :DatabaseEntry ;
      rdfs:range        :DatabaseEntry .

:canonicalLink
      rdf:type          owl:ObjectProperty ;
      rdf:comment       "A link to the original database record (polite URL)." ;
      rdfs:domain       :DatabaseEntry ;
      rdfs:range        :DatabaseEntry .

これを用いた最小限のトリプルは、

<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> :forwardLink   <http://identifiers.org/pfam/PF08461> .
<http://identifiers.org/pfam/PF08461>   :reverseLink   <http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> .
<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> dct:identifier "I2F1D2" .
<http://identifiers.org/pfam/PF08461>   dct:identifier "PF08461" .
<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> :canonicalLink <http://purl.uniprot.org/uniprot/I2F1D2> .
<http://identifiers.org/pfam/PF08461>   :canonicalLink <http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF08461> .
<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> rdf:type       <http://identifiers.org/uniprot> .
<http://identifiers.org/pfam/PF08461>   rdf:type       <http://identifiers.org/pfam> .

のようになる。

<http://identifiers.org/uniprot/I2F1D2> rdf:type  :DatabaseEntry .
<http://identifiers.org/pfam/PF08461>  rdf:type  :DatabaseEntry .

も定義可能だが、現状あまり用途がないので必須とはしない(推論可能)。

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