BH15.15/multiomics

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  • Ensembl の RDF になるべく合わせる
  • 問題点
    • コロンがあるので qName 使えない(エスケープすればOK?)
    • GRCh38 (Ensembl) と hg38 (kero) は微妙に違う?(ので Ensembl のURI使えない)
    • IDの記述が dc:identifier (ガイドラインでは dcterm:identifier)
      • もちろんガイドラインに従う(UniProtもdcterm:identifier)
    • FALDO で使う URI にバージョン番号があったりなかったり
      • 最初にサブクラス定義しているけど何のため?
    • エントリー番号にバージョン番号不要?
    • メタデータをどこに入れるか


Kero-BS.png

dataset:LC2ad a kero:MethylSeqDataset;
  rdfs:label "kero BS-seq dataset of LC2ad" .
dataset:LC2ad kero:hasMethylationSite kerobs:LC2ad_1 .
kerobs:LC2ad_1 a obo:SO0000306;
  rdfs:label "Methylation site on chromosome 1:11210";
  faldo:location resource:1_11210-11210;
  kero:bin 1;
  kero:caNum 2;
  kero:cgNum 3;
  dcterms:identifier "LC2ad_1" .
resource:1_11210-11210 a faldo:Region;
  rdfs:label "chromosome 1:11210-11210";
  faldo:begin resource:1_11210;
  faldo:end resource:1_11210;
  faldo:reference resource:1 .
resource:1_11210 a faldo:ExactPosition,
    faldo:StrandedPosition;
  rdfs:label "chromosome 1:11210";
  faldo:position 11210;
  faldo:reference resource:1 .
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  • (外部データをまたいだ横断検索クエリ作成)
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