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目次 1 Genome Refine 1.1 MBGD連携 1.2 MicrobeDB.jp連携 1.3 課題

Genome Refine

MBGD連携

• 非公開ゲノム情報およびorthologマッピング情報をNIG gitサーバで共有することを確認
• orthoglog.ttlのRDFモデルの確認

<gene A> mbgd:domain <domain A>.
<domain A> mbgd:memberOf <cluster 1>;
                     a mbgd:Domain.
<gene A> mbgd:domain <domain B>.
<domain B> mbgd:memberOf <cluster 3>;
                     a mbgd:Domain.

• <gene A> はuuidではなく実体のあるuriを使う。
  • <http://genome.microbedb.jp/234/GR3/genes/GR3_100060>

MicrobeDB.jp連携

• gitの変更は日次等でプルする
• メタゲノムマッピング解析、オルソログデータ解析結果表示までのステイタス情報はMicrobeDB.jpで対応し、Genome Refine側からは非公開ゲノム情報単位のページへリンクする
• visibility情報をAPIで通知するタイミングはユーザsubmission毎に通知する

課題

• ウェブサービス連携におけるサインイン操作