BH12.12/SPARQLthon14/GenomeRefine

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目次

Genome Refine

Gr git.png

MBGD連携

  • 非公開ゲノム情報およびorthologマッピング情報をNIG gitサーバで共有することを確認
  • orthoglog.ttlのRDFモデルの確認
<gene A> mbgd:domain <domain A>.
<domain A> mbgd:memberOf <cluster 1>;
                     a mbgd:Domain.
<gene A> mbgd:domain <domain B>.
<domain B> mbgd:memberOf <cluster 3>;
                     a mbgd:Domain.

MicrobeDB.jp連携

  • gitの変更は日次等でプルする
  • メタゲノムマッピング解析、オルソログデータ解析結果表示までのステイタス情報はMicrobeDB.jpで対応し、Genome Refine側からは非公開ゲノム情報単位のページへリンクする
  • visibility情報をAPIで通知するタイミングはユーザsubmission毎に通知する

課題

  • ウェブサービス連携におけるサインイン操作
個人用ツール