TPP-onami

{| class="wikitable"
| width="20%" | 研究開発課題名 || 生命動態システム科学のデータベースの統合化
|-
| 研究代表者 || 大浪 修一
|-
| 所属・役職 || 理化学研究所　生命システム研究センター　発生動態研究チーム　チームリーダー
|-
| 概　　　要 || 生命動態システム科学は「生命を動的システムとして理解し操作する生命科学」であり、新たな生命科学の潮流として２１世紀の科学全体への大きな影響が期待されています。この分野の研究では、さまざまな生命現象を対象に、時空間情報の数値化を実現した新しい様式の計測データが大量に生産されています。そのため、本課題ではデータの大規模な集積に向けて、この分野の全てのデータベースの開発と並行してデータベースが統合化される体制を構築します。
|}

== 参加メンバー ==

* 京田 耕司（理研）
* 遠里 由佳子（理研）

== 検討課題 ==

* 時空間情報を数値として含む動態データのメタ情報のRDF化
* 顕微鏡画像のメタ情報のRDF化

== SPARQLthon33 (2015/06/22, 23)での進捗 ==

=== RDF化の方針 ===

* SSBDの時空間動態定量データのメタデータのRDF化の方針の決定。

=== RDF化の手順 ===

* RIKENメタデータベースを基盤として利用する。
** メタデータに対するExcel表を作成する。
** RDFTableConvertor.jarを利用してTurtle形式のRDFデータを作成する。
** RIKENメタデータベースに登録する。

== SPARQLthon30 (2015/03/12, 13)での進捗 ==

=== RDF/オントロジーに関する情報 ===

* [/mw/BH14.14/RDFingDatabaseGuideline データベースRDF化ガイドライン ドラフト]
* [http://www.kanzaki.com/docs/sw/ RDFとかオントロジーとか基礎的情報]
* [http://www.amazon.co.jp/dp/4627829310 RDF/Owl入門書]
* [http://qiita.com/maoringo/items/4742b5cd01c9e698260d 直感RDF]

=== ミッション ===

* [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1L0q18arcFq7EEO58lk3gOTCgCfKqrlmvINHgIrXTlWM/edit#gid=2074592092 ミッション作成]

=== 利用するオントロジー候補 ===

* 生物種：taxonomy ontologyの階層を利用 <organism> :taxon <http://identifiers.org/taxonomy/ 【taxid】>
 　taxid例: Caenorhabditis elegans 6329, Mus musculus 10090
* 文献：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/pubmed/ 【PMid】or http://identifiers.org/doi/ 【doi】>
 　PMid例: BDML 25414366
* プロセス：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/go/ 【go】>
 　go例: embryogenesis GO:0009790
* もの：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/go/ 【go】>
 　go例: male pronucleus GO:0001940, cell GO:0005623l, nucleus GO:0005634
* 単位：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/unit/ 【unit】>
 　unit例: second UO:0000010, micrometer UO:0000017
* ライセンス <xxx> :xxx <http://creativecommons.org/licenses/ 【type】/4.0/
    type例：cc-by: by

=== RDF化にむけて ===

* IDを記述
 dcterms:identifier “df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d”
* URLの紐付け
 xsd:anyURI "http://ssbd.qbic.riken.jp/search/df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d"
* データ→画像への紐付け： [http://xmlns.com/foaf/spec/ FOAF]を使用
 xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
 foaf:depiction

=== OBOメモ ===

[http://purl.obolibrary.org/obo/ OBO] の内訳 http://www.ontobee.org/index.php
 NCBITaxon NCBI organismal classification
 SAO	Subcellular anatomy ontology
 BSPO Biological Spatial Ontology (ex. anterior-posterior axis BSPO_0000013)
 WBbt C. elegans gross anatomy
 WBls C. elegant development
 WBPhenotype C. elegans phenotype
 IAO Information Artifact Ontology
 UO Units of measurement (ex. UO_0000002 質量単位 UO:UO_0000003 時間単位 UO_0000036 単位)

 BioAssay Ontology (ex. cellular quality, molecular quality ..)

=== Turtle/RDF記述 ===

Nuclear division dynamics in B0336.10(RNAi) embryo (rpl-23(RNAi) embryo) of C. elegans を例に ( [http://ssbd.qbic.riken.jp/search/df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d/ Link to SSBD database] )

 @prefix rdf:  <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
 @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
 @prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
 @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
 @prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> 
 @prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
 @prefix foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1> .
 @prefix vcard: <http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#> .
 
 @prefix ssbd: <http://ssbd.qbic.riken.jp/> . 
 @prefix ssbd_summary: <http://ssbd.qbic.riken.jp/summary/> .
 
 ssbd_summary:df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d  a  ssbd:quantitative_data ;
 　rdfs:label "nuclear division dynamics" ;
 　# ssbd:dynamics obo:RO_0002162  <http://identifiers.org/go/GO:0005634> ; # RO?? nucleus
 　rdfs:label "wt(N2)030131_01" ;
 　rdfs:comment "Nuclear division dynamics in B0336.10(RNAi) embryo (rpl-23(RNAi) embryo)" ;
 　dcterms:identifier "df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d" ;
 　obo:RO_0002162 <http://identifiers.org/taxonomy/6329> ; # RO:in taxon
 　# ssbd:coautor ssbd:coautor_001 ; 
 　# ssbd:contributor  ssbd:contributor_001 ; 
 　foaf:depiction <http://ssbd.qbic.riken.jp/WEB_static/WEB/th_images/img_26256.jpg> ;
 　dcterms:license <http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/> ;
 　dcterms:source <http://ssbd.qbic.riken.jp/data/source/Ce_KK_P002/wt_N2_030131_01.zip> .
 　# 0.105 x 0.105 x 0.5 (micrometer), 40.0 (second) <http://identifiers.org/unit/UO:0000017>
 
 ssbd:coauthor_001 a ssbd:corresponding_author ;
 　rdfs:label "Shuichi Onami"
 　vCard:Family "Onami" ;
 　vCard:Given "Shuichii" ;
 　vCard:EMAIL "xxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp" ;
 　vCard:Orgname" "RIKEN Quantitative Biology Center" .
 
 ssbd:contributour_001 a ssbd:contributor ;
 　rdfs:label "Kyoda Koji" ;
 　vCard:Family "Kyoda" ;
 　vCard:Given "Koji" ;
 　vCard:EMAIL "xxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp" ;
 　vCard:Orgname" "RIKEN Quantitative Biology Center" .

=== BDML内のRDF記述 ===
Nuclear division dynamics in B0336.10(RNAi) embryo (rpl-23(RNAi) embryo) of C. elegans を例に ( [http://ssbd.qbic.riken.jp/search/df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d/ Link to SSBD database] )

 <bdmlDocument>
   <info metaid="_00001">
     <annotation>
       <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                      xmlns:dcterm="http://purl.org/dc/terms/"
                      xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" />
       <rdf:Description rdf:about="#_00001">
         <dcterms:created rdf:parseType="Resource">
           <dcterms:W3CDTF>2014-xx-xx</dcterms:W3CDTF>
         </dcterms:created>
         <cc:license rdf:resource="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/" />
       </rdf:Description>
     </annotation>
     .....
   </info>
   <summary metaid="_00002">
     <annotation>
       <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                      xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
                      xmlns:vcard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#"
                      xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" />
       <rdf:Description rdf:about="#_00002">
         <bqbiol:isVersionOf>
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             <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/go/GO:0009790" />
           </rdf:Bag>
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         <bqbiol:hasTaxon>
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             <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/taxonomy/6329" />
           </rdf:Bag>
         </bqbiol:hasTaxon>
         <dc:contributor>
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             <rdf:li rdf:parseType="Resource">
               <vCard:N rdf:parseType="Resource">
                 <vCard:Family>Kyoda</vCard:Family>
                 <vCard:Given>Koji</vCard:Given>
               </vCard:N>
               <vCard:EMAIL>xxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp</vCard:EMAIL>
               <vCard:ORG rdf:parseType="Resource">
                 <vCard:Orgname>RIKEN Quantitative Biology Center</vCard:Orgname>
               </vCard:ORG>
             </rdf:li>
            <rdf:li rdf:parseType="Resource">
               <vCard:N rdf:parseType="Resource">
                 <vCard:Family>XXXX</vCard:Family>
                 <vCard:Given>XXXXXXXX</vCard:Given>
               </vCard:N>
               <vCard:EMAIL>xxxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp</vCard:EMAIL>
               <vCard:ORG rdf:parseType="Resource">
                 <vCard:Orgname>RIKEN Genomic Sciences Center</vCard:Orgname>
               </vCard:ORG>
             </rdf:li>
             .....
        </rdf:Bag>
         </dc:contributor>
         <bqbiol:isDescribedBy>
           <rdf:Bag>
             <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/pubmed/23172286" />
           </rdf:Bag>
         </bqbiol:idDescribedBy>
       </rdf:Description>
     </annotation>
     .....
   </summary>
   <contact metaid="_00003">
     <annotation>
       <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                      xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
                      xmlns:vcard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#" />
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         <dc:creator>
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               <vCard:N rdf:parseType="Resource">
                 <vCard:Family>Shuichi</vCard:Family>
                 <vCard:Given>Onami</vCard:Given>
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               <vCard:EMAIL>xxxxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp</vCard:EMAIL>
               <vCard:ORG rdf:parseType="Resource">
                 <vCard:Orgname>RIKEN Quantitative Biology Center</vCard:Orgname>
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     .....
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   <methods metaid="_00004">
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         <dcterms:source rdf:resource="http://ssbd.qbic.riken.jp/data/source/Ce_KK_P002/RNAi_B0336.10_040518_01.zip" />
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             <rdf:li rdf:resource="一枚一枚の画像....." />
             .....
           </rdf:Bag>
         </foaf:depiction>
       </rdf:Description>
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     .....
   </methods>
   <data>
     .....
     <object metaid="_00005">
       <annotation>
         <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                        xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" />
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       </annotation>
       .....
     </object>
     .....
   </data>
 </bdmlDocument>

== 今後の課題 ==

* RDFで記述できる情報の確認
** micrometer per pixel, time intervalなどをどう記述するか： なければOntologyつくる？
* 全メタ情報のRDF化（SSBD & BDML）
* RDFデータ登録、SPARQLエンドポイント設定（SSBD）
** Virtuoso

== SPARQLthon ==
* [[SPARQLthon30]]

== リンク ==
* [http://ssbd.qbic.riken.jp/ SSBD database]
* [http://so.qbic.riken.jp/wddd/ WDDD]