TPP-oki

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2017年5月16日 (火) 08:46時点におけるTazro inutano ohta (トーク | 投稿記録)による版
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目次

メンバー

おおた (DBCLS)

課題

  • ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org) に収載されたデータのRDF化
    • 収録データ
      • bigWig, bed などのピークコールのデータ
      • Target gene analysis のデータ
      • Co-localization のデータ
      • キュレーションされたメタデータ (転写因子名、細胞株名)
    • 関連データ
      • SRA, BioSample に登録されたメタデータ
      • Quanto で公開されているシーケンスクオリティ (base call accuracy) のデータ

活動ログ

2017/04

  • 肝になるサンプル情報のRDF化から進めていく
    • キュレーションされたメタデータをZoomaでオントロジーマッピングしてみたが、当たらないものも結構ある。何が当たらないのか、どんなオントロジーがあればいいのかを検討してみよう。
  • bigWig, bed をRDFize するときは菅野Gと合わせるようにする
    • 川島さんと相談しつつ
「/mw/TPP-oki」より作成