TPP-DB

提供：TogoWiki

以下に示された理由により、このページの編集を行うことができません：

このページのソースを閲覧し、コピーすることができます：

統合化推進プログラム (TPP) の各グループが持つデータベースを俯瞰し、RDF による統合データベース化にあたって共通化できる部分を検討する。 == 各 TPP DB の共通 RDF モデル／オントロジー == TPP 各グループのデータ分野とRDF化対象の表 * https://docs.google.com/spreadsheets/d/1L0q18arcFq7EEO58lk3gOTCgCfKqrlmvINHgIrXTlWM/edit?usp=sharing ７ページ目の図を参考程度に * http://biosciencedbc.jp/gadget/unei/suishin_senryaku.pdf 各プロジェクトのスキーマに関しては、下記にそれぞれ図をアップする。 * [[TPP-Ontology|オントロジー図]] TODO * 各分野ごとに共通に使用する RDF モデルとオントロジーを整理する * 分野間をまたぐ property (predicate) も揃えたい。共通のSPARQLが使え、スタンザを共用／プロジェクト横断スタンザができたりする？ * できるだけ各分野間で（rdfs:seeAlso などで）リンクしあいましょう (URI はできれば Identifiers.org のもので）[http://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html リンクトデータの原則] * 具体的なプロジェクト間連携の例・・・ <div id="biological entity"></div> === Biological entity === <div id="biological entity"></div> 生物サンプルをtaxionomy ontologyとリンクさせて記述する * [[SPARQLthon24#biological entity]] taxonを２つリンクする場合 * [[SPARQLthon22#biological entity]] * [[SPARQLthon21#Taxonomy Ontology について]] <div id="化合物"></div> === 化合物 === * [[SPARQLthon22#化合物RDF]] <div id="文献"></div> === 文献 === * [[SPARQLthon23/LiteratureID]] <div id="数値／定量値"></div> === 数値／定量値 === 単位付き数値。15g、10cm等の記述方法 <div id="数値／定量値"></div> * [[#^^を使ってリテラルに属性を書く]] 方法に関して追記（本ページ下）。 * [[SPARQLthon24#数値／定量値]]　桝屋Gも黒川Gと同じ方法で行なう。 * [[TPP-masuya#数値／定量値]] === ゲノム関連 === *ゲノム、ゲノムの中の位置情報、オルソログ、遺伝子・遺伝マーカー・QTL、アレル,バリアント、SNP、Genotype等 *[[TPP-Ontology#INSDC RDFスキーマ]] * [http://mbgd.genome.ad.jp/ontology/ Ortholog Ontology (OrthO)] === ラベル、別名 === skos:preflabel, rdfs:label, skos:altlabelを使用する。 rdfs:labelと、skos:pref, altlabelとは、ダブらせている人が多い模様。reasoningを通す人はまだ少ないので。 === 画像 === 候補：foafを使う案 *画像からデータ（写っているものなど）　　foaf:depicts　　（主語owl:Thing 述語foaf:Image） *データから画像（データに関する画像）　　foaf:depiction （主語owl:Thing 述語foaf:Image） foafそのものが良いかどうかも要検討 === 国名 === * [[SPARQLthon26#国名]] === 研究施設 === * [[SPARQLthon26#国名]] === その他To do === * 遺伝子の共通IDは可能か == SPARQLthon 25 (2014/10/27) == * ゲノムの図が追加されました（片山さん感謝） * 別名の件と、画像の件を追加 <div id="^^を使ってリテラルに属性を書く"></div> * （11/4追記）川島さんから情報 　　[[TPP-masuya#数値／定量値|ここの方法２：^^を使ってリテラルに属性を書く]] に関して、DBPedia では、上記でいうところの方法２を利用しており、単位系を、datatype としてまとめています。http://mappings.dbpedia.org/index.php/DBpedia_Datatypes 例えば、 [http://dbpedia.org/page/Japan 日本のDBpedia の記事]（[http://dbpedia.org/data/Japan.n3 RDF版]）では、USドルだと <pre> dbpedia:Japan dbpprop:gdpNominalPerCapita "39321.0"^^<http://dbpedia.org/datatype/usDollar> . </pre> [http://dbpedia.org/page/Dead_Sea 死海のDBpedia の記事] （[http://dbpedia.org/data/Dead_Sea.n RDF版]）では 面積（平方Km）だと、 <pre> dbpedia:Dead_Sea ns131:areaOfCatchment "41650.0"^^<http://dbpedia.org/datatype/squareKilometre> . </pre> のように記述されています。 DBpedia datatype で、各種単位系が十分網羅されていれば、これを使うのも手かなと思いました。 == SPARQLthon 24 (2014/9/25) == * Biological entityについて、前回の合意（議論？）に沿ってまとめた。[[SPARQLthon24#biological entity]] taxonプロパティは共通化できるかも。 * 数値／定量値について、桝屋Gも黒川Gと同様の記述とする == SPARQLthon 23 (2014/8/18) == * [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1L0q18arcFq7EEO58lk3gOTCgCfKqrlmvINHgIrXTlWM/edit#gid= RDF化対象の表]のうち、"実験結果、データ"　に分類されている項目については、スキーマ作成を先行させるのではなく、TPPグループ関係者で、まずRDFデータを作った後に、お互いにレビューすることで進めていく。 * 現状、気をつけたいことは、主要な語彙（RDF, RDFS, OWL, SKOS, DC, DCterm, FOAF等）にある語彙が利用できる場合は利用すること。 ** データのIDを記述する場合は、dc:identifiers を利用する。 ** 各プロジェクトで使うオントロジーは、RDF化対象の表を参照。 ** 前回おおまかに合意している、 [[SPARQLthon22#biological entity | biological entity]], [[SPARQLthon22#化合物 | 化合物]]、ゲノムに関しては、生物種／分野横断的に使えるので、共通して使っていく。 * "統合化"について、見せる成果としては、具体的にデータ連携するプロジェクト間を繋ぐスタンザを作成する、をとりあえずの目標とする。 * 各プロジェクトが各分野で世界とつながることが重要。TPP内統合が小さくまとまらないように。 * [[SPARQLthon23#文献]] 櫛田さんより、個々の文献の識別にどのIDが使えそうか検討の報告 == SPARQLthon 22 (2014/7/15) == * [[SPARQLthon22#biological entity]] biological entity、生物種の記述に関する同意事項の案 ** 参照：/mw/ファイル:DDBJTaxonomyオントロジー_グラフ概略図.png * [[SPARQLthon22#化合物RDF]] 化合物に関する同意事項の案 * ゲノムに関しては、片山さんが進めているRDFのフォーマットをなるべく使う。 * 文献に関しては、櫛田さんの方で方向性をまとめていただく。（参照するpredicate: reference、object: PMID, DOI, J-Global ID, NII論文ID(NAID), JAIRO ID） * 各プロジェクトのスキームは、 [[TPP-Ontology|オントロジー図]]のページになるべく載せていきましょう。 ** 参照：スキーマの描き方について：https://gist.github.com/inutano/52a69a77ecf2a9d92760 == SPARQLthon 22 (2014/6/18) == * [[TPP-Ontology|オントロジー図]]を作成

TPP-DBに戻る。