SPARQLthon67

第67回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

== 開催概要 ==

* 開催期間：2018年 4月 26（木）- 27日（金）
* 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
* アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
* 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

== プロジェクト ==

=== TPP グループ全体 ===
==== （継続中）H30〜 ====
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
** スタンザの改良（守屋）
*** [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/proteoform_browser/help.html Proteoform 可視化スタンザ]：isoform 間の比較、ペプチド揃え
*** [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/slice_comparison/help.html 変動解析スタンザ]：変動しているペプチドの可視化
** RDF を ftp で公開して、portal に渡す準備
** スキーマ図修正
*** draw.io 死ね

==== （継続中）H29〜 ====
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
** MicrobeDB.jpポータル → MBGD ユーザ認証・ゲノムデータ同期 打合せ 
** ゲノムファセット検索用、Assembly → BioSample JSONをDBCLS APIを利用 回収 17685 / 17715件
** JBrowseスタンザ開発 RhizoBase - MBGD 遺伝子IDマッピング https://www.evernote.com/l/AAEl-V5NmFZDjJTJcjmhNGzJbLE4wG3RVB8

* [/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
** talk with 'SNV data' developing team (Thukaa).
**glycosmos Pathwayの検索にd3sparql(treemapzoom)を導入 (小野)
** 糖鎖関連パスウェイの RDF 自動可視化の検討 (塩田)
** 複合糖質オントロジーの開発：[https://github.com/glycoinfo/GlycoCoO GlycoCoO] (山田、木下、新町)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
** RDF 化、スキーマ図作成（五斗）

==== （終了）〜H30 ====
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース：jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)

==== （終了）〜H29 ====
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永)

=== SPARQLthon グループ ===
* TogoVar (佐藤・片山)
** HGNCからTogoVarのデータを取得する仮API
*** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_togovar (hg19)
** 守屋さんのjPOST protein viewerスタンザをこれらを使って転用できないか検討
*** HGNCから遺伝子配列を取得するAPI
**** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_seq_hg19 (hg19)
**** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_seq_hg38 (hg38)
*** ENST のトランスクリプトごとに Ensembl REST API で配列を取得するか、RefSeq の location だけ取得して座標変換するか悩ましいところ
**** https://rest.ensembl.org/sequence/id/ENST00000254846?content-type=text/x-fasta;type=cdna
** 変異サマリを表示するようなスタンザの開発
*** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_togovar_with_clinvar
*** https://www.asahi.com/articles/ASL4R6SXTL4RULBJ013.html
<pre>
rs671	12	112241766	GG
rs2066702	4	100229017	GG
</pre>

* 新着論文レビュー機能拡張（小野・山本・大石・建石）
** 論文追加時の更新に関する方針決め
** 遺伝子名のMap：RefSeqを遺伝子名（Alias含む）で検索

* 2018 OME Annual Users Meeting 抄録執筆（久米）
**https://www.openmicroscopy.org/events/13th-annual-users-meeting-2018.html

* MONDO調査（藤原）少し更新：2018/4/27 
** https://docs.google.com/presentation/d/1tkpOeF5DHohc3D-Lz3uho2WgVGMaEwdRNG2eChfjOGo/edit?usp=sharing

* SPARQLエンドポイント実装調査（山本）
** 引っ越しました。[[SPARQLthon/SPARQL11test]]
** [https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikidataCon_2017 WikidataCon 2017]で紹介されていた[http://tinyurl.com/ydb5docl Wikidataへのサンプルクエリ]に「%」から始まる変数があって、それは何だろうと調べると、[https://wiki.blazegraph.com/wiki/index.php/NamedSubquery ANZO SPARQL Extension]という拡張で、Named Subqueryという機能があり、特定のクエリを変数化して適宜呼び出せるようです。

* Virtuoso8のテスト（千葉）
** 購入したライセンスは [https://virtuoso.openlinksw.com/offers 5 connections, 16 cores] (最近、買い切り→1年更新に?)
** [http://wikis.openlinksw.com/VirtuosoWikiWeb/VirtuosoInstallUnixPE#this インストール]
** ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出ていた（並列化なしで）
** 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon9/Virtuoso7]
** うりは[https://medium.com/virtuoso-blog/magic-sets-and-custom-inference-rules-in-virtuoso-8-x-db783f8d98d2 Custom Inference Rules] なんですが、まだ試せていません..

* BioSample for everyone（川島秀、川島武、吉沢、山田、大田）
** BioSample に、DNA配列のサンプル以外のサンプル（プロテオーム、メタボローム、糖鎖等）も登録したらいいのではないか、という話
*** 参考： [https://www.omicsdi.org/ OmicsDI]
** DDBJ管轄でないレポジトリに登録されるサンプル情報について、DDBJが受け入れるかどうかはセンター全体での意思決定が必要とのこと
** 参考: 既存の BIoSample package
*** https://docs.google.com/spreadsheets/d/1AEmg0m_QSpYssc63JshGLbh368O3T2lFy06ZDRRM_no/edit?usp=sharing

* 分子の名前のリスト - 分子（糖鎖）の構造と分子の名前のRDFを整理し、名前から構造を検索できるようにしたい。（山田）
** CHEMBL, CHEBIから chembl_23.0_molecule.ttl.gz, chebi.owl.gz をダウンロードし、Virtuosoにロード。SPARQLで名前を取得。
*** CHEMBL: http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBL-RDF/23.0/
*** CHEBI: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chebi/ontology/
<pre>
# CHEMBL
prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

select distinct ?prefLabel ?altLabel
from <http://rdf.glycoinfo.org/chembl>
{
	#?chembl_molecule a ?type .
	?chembl_molecule a <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Oligosaccharide> .
	?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
    MINUS {
		?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
        FILTER( contains(?prefLabel, 'CHEMBL' ) )
    }
    OPTIONAL {
    ?chembl_molecule skos:altLabel ?altLabel .
    }
}

# CHEBI
select distinct str (?o) as ?name
from <http://rdf.glycoinfo.org/chebi-owl>
where {
 ?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym>|<http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasRelatedSynonym> ?o .
}
</pre>

=== 今後の予定 ===

* 3/19-23 [https://github.com/dbcls/rdfsummit3/wiki RDF summit 3]@京都

* 7/15-20 [[BH18.7]] 国内版バイオハッカソンBH18.7@徳島
* 12/9-15 or 12/16-22 国際版BioHackathon 2018
** 前後の学会
*** 9/5-7 生物工学会＠関西大
*** 9/8-12 ECCB@Athens
*** 9/15-17 生物物理学会＠岡山
*** 9/19-21 IIBMP@鶴岡
*** 9/27-29 がん学会＠阪大
*** 9/30-10/3 HUPO（ヒトプロテオーム機構世界大会）＠Orlando
*** 10/3-5 GA4GH＠Basel
*** 10/4-5 トーゴーの日
*** 10/9-11 CBI年会＠船堀
*** 10/10-13 人類遺伝学会＠横浜
*** 10/16-20 ASHG＠San Diego
*** 10/17-19 メタボローム・シンポジウム＠鶴岡
*** 11/12-16 EU ELIXIR BioHackathon@Paris
*** 11/26-28 JIST＠淡路島
*** 11/28-30 分子生物学会＠横浜
*** 12/3-6 SWAT4HCLS@Antwerp
** 現在の候補地
*** 12/16-22 岡山 瀬戸大橋 鷲羽ハイランド http://hailand.co.jp/
*** 12/9-15 島根 松江 ホテル一畑 https://www.ichibata.co.jp/hotel/
*** 12/9-15 or 12/16-22 新潟 越後湯沢 湯沢ニューオータニ https://www.yuzawa-newotani.jp/
** その他
*** 高知
**** 高知会館 https://www.kourituyasuragi.jp/kochi/
**** 高知サンライズホテル https://kochi-sunrise.com/
**** クラウンパレス新阪急高知 https://www.crownpalais.jp/kochi/
**** 城西館 https://www.jyoseikan.co.jp/
*** 新潟 月岡温泉 https://www.senkei.com/
*** 新穂高
*** ニセコ、洞爺湖、支笏湖
*** 秋田
*** 鹿児島
*** 沖縄
*** 富士山
*** :

== 参考リンク ==

* これまでの [[SPARQLthon]]

==参加者 ==
* 片山俊明 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 守屋勇樹 (DBCLS)
* 川島武士 (NIG)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 岡別府陽子 (MSS)
* 千葉啓和（DBCLS）
* 山田一作（野口研究所）２６日午後（15時頃までには着く予定）〜２７日
* 大田達郎（DBCLS）
* 坊農秀雅(DBCLS)
* 仲里猛留(DBCLS)
* 内藤雄樹(DBCLS) 26日のみ
* 小野浩雅(DBCLS)
* 大石直哉(dogrun)
* 永野朗夫(penqe)
* 中庭めぐみ(penqe)
* 平原麗華(penqe)
* 吉沢明康（京都大学）
* 内山郁夫(基生研)
* 加藤雅樹(基生研)
* 西出浩世(基生研)
* 三原基広(ダイナコム)
* 五斗進（DBCLS）
* 建石由佳（NBDC）26日午後のみ
* 櫛田達矢（NBDC）27日のみ
* 新町大輔 (sparqlite) 26日のみ
* 木下聖子（創価大）26日のみ
* Kuoka Thukaa (創価大学)　26日のみ
* 小野多美子（創価大）26日のみ
* 塩田正明（創価大）26日のみ
* 久米慧嗣（理研BDR）26日のみ
* 佐藤大輔（レベルファイブ）
* 藤原豊史 (DBCLS)
* 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
* 藤澤貴智（遺伝研）26日のみ
* 三橋信孝（NBDC）27日のみ
* 畠中秀樹 (NBDC) 27日午後のみ