SPARQLthon38

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第38回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。 == 開催概要 == * 開催期間：2015年 11月5日(木) 10:00 〜 6日(金) 18:00 * 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階 * アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access * 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて == プロジェクト == === TPP グループ全体 === [http://biosciencedbc.jp/funding/fund 統合化推進プログラム] (TPP) の RDF 化支援 * [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田) * [[TPP-kanehisa|ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース]] (金久) * [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進]] (黒川) * [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野) * [[TPP-tabata|植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築]] (田畑) * [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永) * [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村) * [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松) * [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋) * [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]]（大浪） * プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱） === SPARQLthon グループ === * SPARQL本 今週末ごろから発売予定 ** 11/6 発売されました http://sparqlbook.jp/ * 菌株 RDF モデルの標準化 (森, 高月) * 真核ゲノムRDF (藤澤, 河野, 田中, 片山) ** PomBase, SGD, Phytozome などを RDF 化したい ** BioInterchange + GFVO で GFF, VCF などをカバーしているので INSDC RDF と比較→ [[SPARQLthon38/GenomeRDF]] *** 2.0 のインストール、出力が1行1JSONだった（拡張子 .ldj: line delimited json) ** Bio::Sequence / Bio::Features に to_rdf をつける？← VCF などはどうする, GA4GH グラフとの整合性 * DBメタデータのタグ整理, 階層化, RDF化 (信定, 藤澤, 川島, 畠中, 小林, 桝屋, 片山) ** いくつかのタグの統廃合をした ** 既存の RDF を改訂する予定（空白ノードを ID の URI にしてラベルとしてタグ名をつける）、skosは対応済み * TogoTV とDBカタログ連携 (信定, 小野) * ヒトオーソログ情報に基づく遺伝子進化解析 (千葉, 守屋, 永野, 片山) ** http://purl.org/net/orthordf/archive/hop.ttl *** [http://web.stanford.edu/group/meyerlab/hOPMAPServer/index.html Source of ortholog data], [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1PDNPIPw_kZKYfRn_U1kUQ6m2aYoaA9CrnRKaKY-CSGc/edit#gid=0 比較対象生物との分岐の年代] ** [http://mbgd.genome.ad.jp/sparql/example.php?category=human_gene_ancestor テスト用クエリ] * RDF ポータルとスタンザ (川島, 岡別府) ** BMRB RDF のキュレーション ** EBI スタンザをベースに改訂 ** ICGC RDF とのコラボレーション * FastQC の RDF 化 (大田) ** 項目の洗い出しとドキュメント化 *** https://gist.github.com/inutano/e339257cb0307da05e05 ** FastQC の結果をパースする biogem モジュール化 *** とりあえず既存のQC結果をパースするコードをgemにしてリリースしました **** https://github.com/inutano/bioruby-fastqc *** これに to_rdf メソッドみたいなのを実装してデータ群に実行してあげるといっちょあがり * InChI 階層 (櫛田, 山田、時松)　[https://docs.google.com/document/d/17TwZq-TMXsshEBrKZdKJ2YWO0B3AF-KY9xtH9akwzWI/edit# InChI-RDF] * 化石 + 系統樹 (川島) [https://a2179e62-a-62cb3a1a-s-sites.googlegroups.com/site/kawashima38/home/writingtable/fig20151105_1/スクリーンショット%200027-11-05%2017.36.01.png?attachauth=ANoY7crgkYzrRWBjOE6teqFAise2fvT3EkGuHQZXXJ-RFZeXw8GKplbYX9X5LP-V6XdOywJWyg2KTXO_S2bTmwuUa63KP1N02cuMicBw-mvGa7VnuKKDuwJIctwVIFPm9soHmIyYu42DcrYJ3A9SSaChk6KY0X7YT20uolXoCzLGbXXwYdnppr5Cn7uhPE0q8ZjUKnc6slgN6-sdY-MfMm-244GUpTiZBoLSYm0LzAMWqcFBOCMW8TkudS3X8AzjBy_c9CWXJcovg9Oi4VynxjYDFfAc-7e-5JBhHye7NUMnYdpB8M0y5EZxNAlBY-viFG3-SyirWzz2ePoEONtiDLLQ6JO9H1y3lq30Mx1M_6RY0VRMmVtXUkwxiwkld4e6hg_hdxQEXsqL&attredirects=0] * GGGenome/GGRNA INSDC バージョンとAWS化 (内藤) ** GGGenome: DDBJ 101.0 → 102.0 (Sep. 2015) 更新 *** インデクシング完了、検索ノードにデプロイ中。 ** GGGenome on Amazon EC2 *** CentOS 6のマシンイメージを利用することでコンパイルが通り動作した。 *** インデクシングはI/Oが律速なのでEBS (通常のボリューム) 上だと遅い。 *** i2.xlarge等のInstance Store (=localのSSD) を使うようにすると速い。 *** 検索速度については確認中。 ** TogoGenome に真核データを連携 http://togogenome.org/rdf/togogenome/refseq/current/refseq.fasta * SPARQL Builder UI インプリ (レンツ) * トリプルストア検証 (山本) * がんゲノム 〜 RDF ポータル準備、[https://drive.google.com/file/d/0BzEMcTdQSBd7eENBWXRVakpXR2c/view?usp=sharing 紹介用スライド]作成 (山中) * TogoStanza JS 版をどうするか (BioJS の event API 調査) (片山) === 今後の予定 === * RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]] == 参考リンク == * これまでの [[SPARQLthon]] ==参加者 == * 片山俊明 (DBCLS) * 川島秀一 (DBCLS) * 守屋勇樹 (DBCLS) * 山田一作 (野口研) * 時松敏明 (DBCLS) * 大田達郎 (DBCLS) * 岡別府陽子(MSS) * 山口敦子(DBCLS) * 千葉啓和（基生研） * 藤澤貴智（遺伝研） * 櫛田達矢（NBDC） * 永野朗夫（PENQE） * 坂井美津帆（PENQE）5日のみ * 戀津魁（理研）5日のみ（早退？） * 山中遼太（Oracle） * 高月照江(理研BRC)5日のみ * 森宙史（東工大）5日14時過ぎ?から夜までのみ * 山本泰智（DBCLS） * 川島武士（筑波大） * 内藤雄樹 (DBCLS) * 信定知江（NBDC）16時半まで（2日ともに） * 河野信（DBCLS） * 田中聡 * 仲里猛留（DBCLS）

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