SPARQLthon20
提供:TogoWiki
第20回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2014年5月27日(火) 10:00 〜 28日(水) 18:00
- 開催場所:科学技術振興機構 東京本部別館(K's五番町) 2階会議室A-2
- アクセス:http://www.jst.go.jp/koutsu_map2.html 広域地図
注意事項
- 今回は JST の会場をお借りしますので、部屋の利用は両日とも 10:00〜18:30 の間だけとなります。
- 部屋での飲食はできない可能性がありますので、差し入れは遠慮させて頂きたく思います。
- 当日、隣の部屋で面接選考を行っているとのことで、ご配慮頂ければと思います。
無線LAN
- パスワード等の書かれた案内用紙を回覧します。
プロジェクト
TPP グループ
- 有田グループ(有田・櫻井・時松・小寺)
- 有田
- 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
- 糖脂質(糖鎖+脂質)、アルカロイド+テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか(記述するのか)を検討
- 櫻井
- メタボロームのメタデータの RDF 化に必要なオントロジーの整備
- 小寺、時松
- IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど。
- 有田
- 黒川グループ (森・山本・藤澤・鈴木・千葉・矢野)
- 森
- データ更新の前に、どういうデータを新規に収集する必要があるか
- 既存のゲノム RDF、メタゲノム RDF の構造やオントロジーを更新したい(リストアップから)
- 千葉
- オーソログの真核対応
- 藤澤
- ゲノム RDF の真核対応
- RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx は微生物を対象にしていないので RDF 化を共通化出来るか検討
- 微生物の RNA-Seq はめっちゃくちゃ増えている(しかもリファレンスゲノムがない)、単離したものとメタトランスと両方ある
- 森
- 菅野グループ (河野)
- 河野
- ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくる
- ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
- 河野
- 成松グループ (木下・山田・松原・藤田・小寺)
- 木下
- WURCS (Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures) 糖鎖のユニークな線形文字列(http://www.wurcs-wg.org)
- 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
- 糖鎖レジストリから糖鎖構造のファセット検索を実現したい(http://www.glytoucan.org/)
- GlycoRDFの情報をまとめるサイトを取得(http://www.glycoinfo.org/)
- 小寺
- IUPAC の糖鎖グループとの協力関係
- 木下
- 桝屋グループ
- 桝屋
- フェノーム統合データベース:各生物種ごとにフォーマットや表現方法がバラバラな表現型を RDF で統一化する
- 表現型のデータ(疾患・検査結果・遺伝子発現など)と、生物(バイオリソースなど)を表現するスキーマを共有
- Phenotypic quality data -> Organism, Quality type, Quality value, Biological process, Phenotype, Parameter ...
- 桝屋
SPARQLthon グループ
- TogoGenome (川島・片山・永野・岡別府・守屋)
- 川島
- ExpressionAtlas (EBI RDF) のスタンザを作る(前回 Chembl をやった)
- 片山
- ゲノム情報の RDF 化で、RDF summit の結果 (Ensembl/RefSeq/DDBJ 共通 RDF 化) をうけて黒川グループと相談
- insdc2ttl.rb のバグ fix、gene/mRNA/CDS 対応問題 → https://dl.dropboxusercontent.com/u/429992/20140528-insdc2ttl.pdf
- データ更新 → TogoStanza の SPARQL 更新
- インフォコムさんの Stanza をマージ
- 永野
- ID mapping の UI
- 川島
- SPARQL builder (小林・戀津・山口・呉・櫛田・畠中・大久保)
- 小林
- エンドポイントからメタデータを取得するクローラの開発
- 山口
- TogoTable との連携
- Database archive にクラス指定をできるだけつけてみて、SPARQL builder で使えるか検討 (櫛田・畠中・大久保)
- 小林
- RDF <-> SQL, NoSQL, Neo4j etc. (大田・山中・片山)
- 大田
- RDF データをだれでも簡単に Neo4j に入れられるようにする
- すでに Galaxy が AWS から 1-click で使えるようになっているので、ドキュメントとコードの整理を行う -> https://gist.github.com/inutano/eefb1a3e87f02afaf034
- こんなの見つけた (1) http://blog.datagraph.org/2010/05/spira
- こんなの見つけた (2) https://gabrowse.appspot.com
- 片山 (Raoul Bonnal)
- NoSQL DB, Flat file などへ ruby-rdf でオンメモリ RDF 生成、SPARQL 1.1 の SERVICE 句での検索統合
- 大田
- リアクションオントロジー (小寺・時松)
- 小寺
- オントロジーの整備+論文化対応 http://reactionontology.org/
- KCF-S (KEGG Chemical Function and Substructures) 利用による、化学部分構造データのオントロジー組み込み
- 小寺
- IUPAC-IUBMBの国際生化学命名委員会への働きかけ(小寺・時松)
- 生化学または化学に関する語彙の国際標準化について、IUPAC-IUBMBとの協力関係が必要であればご相談ください。
- IUPAC Nomenclature Home Page http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/
- IUBMB Nomenclature Home Page http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/
- 生化学または化学に関する語彙の国際標準化について、IUPAC-IUBMBとの協力関係が必要であればご相談ください。
- Virtuoso 設定
- https://twitter.com/yayamamo/status/436091479669219328
- Virtuoso 7.1 で SPARQL 1.1 の SERVICE 句を有効にするには、ConductorのSystem Admin→User AccountsでRolesのSPARQL_SPONGEに対して「Selected users/groups」に「SPARQL」要設定。
- さらにSERVICE句でBINDを使う場合には設定を追加する Virtuoso Issues
- Federated Query Tips
- データベースカタログのRDF化 (坂東・藤澤・大久保・山口・呉)
- D2RQ設定 (山本)
- TripleDataProfiler (山本)
- 追記願います
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明(DBCLS)
- 川島秀一(DBCLS)
- 小林 紀郎 (理研)
- 戀津 魁 (理研)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 時松敏明 (DBCLS)
- 木下聖子 (創価大) 27日のみ
- 藤田晶大 (創価大) 27日のみ
- 山田一作 (野口研)
- 松原正陽 (野口研)
- 岡別府陽子(MSS)
- 櫻井望(かずさ)27日のみ
- 小寺正明(東工大)
- 森宙史(東工大)
- 大田達郎(DBCLS)
- 永野朗夫 (PENQE) 27日のみ
- 千葉啓和 (基生研) 27日のみ
- 山中遼太 (先端研) 27日のみ
- 坂東明日佳 (NBDC)
- 山本希(東工大)
- 矢野雅大(東工大)
- 鈴木真也(東工大)
- 櫛田達矢(NBDC)
- 畠中秀樹(NBDC)
- 有田正規(遺伝研)
- 桝屋啓志(理研)
- 山本泰智(DBCLS)
- 板谷英駿(慶応大)
ランチマップ
https://maps.google.co.jp/maps/ms?msid=200420534780458938750.0004cc883fbc3c4317ffe&msa=0&dg=feature