LinkDBのリンク調査

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2015年6月23日 (火) 01:32時点における版 (ソースを表示) Tk-tk (トーク | 投稿記録) (ページの作成：「==LinkDBのRDFについて== LinkDB: http://www.genome.jp/linkdb/ KEGG Glycan => 8つのリンクがあった。 *PubMed *CarbBank *LipidBank *PubChem *ChEBI *GlycoEpito...」) ←古い編集		2015年6月23日 (火) 01:58時点における最新版 (ソースを表示) Tk-tk (トーク | 投稿記録) (→SPARQLでリンクを作る)
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	==SPARQLでリンクを作る==		==SPARQLでリンクを作る==
-	GlycomeDB => LinkDB ( KEGG Glycan => LipidBank )	+
		+	'''GlycomeDB => LinkDB ( KEGG Glycan => LipidBank )'''
		+
	*endpoint; http://test.ts.glytoucan.org/sparql		*endpoint; http://test.ts.glytoucan.org/sparql
	*graph		*graph
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	}limit 100		}limit 100
	</pre>		</pre>
		+
		+
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		+	'''Glytoucan => WURCS sequence => GlycomeDB => LinkDB ( KEGG Glycan => LipidBank )'''
		+	*graph
		+	**Glytoucan
		+	***<http://rdf.glytoucan.org>
		+	**Glytoucan WURCS sequence
		+	***<http://rdf.glytoucan.org/sequence/wurcs>
		+	**GlycomeDB WURCS sequence
		+	***<http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db/sequence/wurcs>
		+
		+	<pre>
		+	PREFIX glytoucan: <http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan#>
		+	PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#>
		+	PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
		+	PREFIX linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/>
		+
		+	SELECT (count(distinct ?AccessionNumber) AS ?countA)
		+	#distinct ?AccessionNumber ?res_lipidbank
		+	FROM NAMED <http://rdf.glytoucan.org>
		+	FROM NAMED <http://rdf.glytoucan.org/sequence/wurcs>
		+	FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db/sequence/wurcs>
		+	FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>
		+	FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank>
		+	WHERE{
		+	# Glytoucan
		+	GRAPH <http://rdf.glytoucan.org>{
		+	#VALUES ?AccessionNumber { }
		+	?glytoucan glytoucan:has_primary_id ?AccessionNumber.
		+	}
		+
		+	# Glytoucan wurcs sequence
		+	GRAPH <http://rdf.glytoucan.org/sequence/wurcs>{
		+	?glytoucan glycan:has_glycosequence ?gseq .
		+	?gseq glycan:has_sequence ?wurcs .
		+	}
		+
		+	# GlycomeDB ID (from wurcs sequence)
		+	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db/sequence/wurcs>{
		+	?gdb_gseq glycan:has_sequence ?wurcs .
		+	?gdb glycan:has_glycosequence ?gdb_gseq .
		+	}
		+
		+	# GlycomeDB KEGG Glycan
		+	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>{
		+	?gdb glycan:has_resource_entry ?res_kegg .
		+	?res_kegg glycan:in_glycan_database glycan:database_kegg .
		+	?res_kegg dcterms:identifier ?kegg_id.
		+	BIND( iri(replace(str(?res_kegg), "http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget\\?gl:", "http://www.kegg.jp/entry/")) AS ?url)
		+	}
		+
		+	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank> {
		+	?url linkdb:equivalent ?res_lipidbank .
		+	}
		+
		+	}
		+	</pre>
		+
		+	*result
		+	**329
		+	***GlytoucanのAccession number３２９個に該当するlipidbankのリンクがあった。

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2015年6月23日 (火) 01:58時点における最新版

目次 1 LinkDBのRDFについて 2 トリプルについて 2.1 Glycan => PubMed 2.2 Glycan => CarbBank 2.3 Glycan => LipidBank 2.4 Glycan => PubChem 2.5 Glycan => ChEBI 2.6 Glycan => GlycoEpitope 2.7 Glycan => GlycomeDB 2.8 Glycan => JCGGDB 3 URIについて 4 同じURIがあるか？ 4.1 LinkDBのGlycoEpitope 4.2 LinkDBのGlycomeDB URI 4.3 GlycomeDB RDFで記述されているKEGG glycan entry URI 5 SPARQLでリンクを作る

LinkDBのRDFについて

LinkDB: http://www.genome.jp/linkdb/

KEGG Glycan => 8つのリンクがあった。

• PubMed
• CarbBank
• LipidBank
• PubChem
• ChEBI
• GlycoEpitope
• GlycomeDB
• JCGGDB

トリプルについて

Glycan => PubMed

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
@prefix pmid: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/> .
gl:G00012	linkdb:original	pmid:12199704	.
gl:G00012	linkdb:original	pmid:7592613	.

• property
  • linkdb:original

Glycan => CarbBank

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
@prefix pmid: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/> .
gl:G00012	linkdb:original	pmid:12199704	.
gl:G00012	linkdb:original	pmid:7592613	.

• property
  • linkdb:original

Glycan => LipidBank

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
@prefix lipidbank: <http://lipidbank.jp/cgi-bin/detail.cgi?id=> .
gl:G00037	linkdb:equivalent	lipidbank:GSG1202	.
gl:G00039	linkdb:equivalent	lipidbank:GSG1171	.
gl:G00040	linkdb:equivalent	lipidbank:GSG1381	.

• property
  • linkdb:equivalent
• URI
  • http://lipidbank.jp/cgi-bin/detail.cgi?id=GSG1202

Glycan => PubChem

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
@prefix pubchem: <http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?sid=> .
gl:G00001	linkdb:equivalent	pubchem:124490636	.
gl:G00002	linkdb:equivalent	pubchem:124490637	.
gl:G00003	linkdb:equivalent	pubchem:124490638	.

• property
  • linkdb:equivalent

Glycan => ChEBI

@prefix chebi: <http://www.ebi.ac.uk/chebi/searchId.do?chebiId=CHEBI:> .
@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
gl:G00001	linkdb:equivalent	chebi:18278	.
gl:G00002	linkdb:equivalent	chebi:12427	.
gl:G00003	linkdb:equivalent	chebi:18396	.

• property
  • linkdb:equivalent

Glycan => GlycoEpitope

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix glycoepitope: <http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope-bin/epitope.cgi?mode=general&epitope_id=> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
gl:G00036	linkdb:equivalent	glycoepitope:EP0370	.
gl:G00037	linkdb:equivalent	glycoepitope:EP0114	.
gl:G00037	linkdb:equivalent	glycoepitope:EP0322	.

• property
  • linkdb:equivalent
• URI; glycoepitope
  • http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope-bin/epitope.cgi?mode=general&epitope_id=EP0370
    • ページがなかった

Glycan => GlycomeDB

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix glycomedb: <http://www.glycome-db.org/database/showStructure.action?glycomeId=> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
gl:G00001	linkdb:equivalent	glycomedb:1808	.
gl:G00002	linkdb:equivalent	glycomedb:1790	.
gl:G00003	linkdb:equivalent	glycomedb:3688	.

• property
  • • linkdb:equivalent
• URI; glycomedb
  • http://www.glycome-db.org/database/showStructure.action?glycomeId=1808
    • ページがあった

Glycan => JCGGDB

@prefix gl: <http://www.kegg.jp/entry/> .
@prefix jcggdb: <http://jcggdb.jp/idb/jcggdb/> .
@prefix linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> .
gl:G00001	linkdb:equivalent	jcggdb:JCGG-STR008690	.
gl:G00002	linkdb:equivalent	jcggdb:JCGG-STR008492	.
gl:G00003	linkdb:equivalent	jcggdb:JCGG-STR024580	.

• property
  • linkdb:equivalent
• URI; jcggdb
  • http://jcggdb.jp/idb/jcggdb/JCGG-STR008690
    • ページがあった

URIについて

• dcterms:identifier無し
• タイプ付けなし
• オントロジーなし
• glycan uri
  • http://www.kegg.jp/entry/G00012

同じURIがあるか？

LinkDBのGlycoEpitope

• LinkDBのGlycoEpitopeのURI
  • http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope-bin/epitope.cgi?mode=general&epitope_id=EP0370
• GlycoEpitopeのエントリーページ
  • http://www.glycoepitope.jp/epitopes/EP0370
    • GlycoEpitope RDFのGlycan epitope URIに該当した
    • TTL: http://www.glycoepitope.jp/epitopes/glycoepitope.ttl

LinkDBのGlycomeDB URI

• LinkDBのGlycomeDBのURI
  • http://www.glycome-db.org/database/showStructure.action?glycomeId=1808
• GlycomeDBのエントリーページ
  • GlycomeDB RDFに記述無し

GlycomeDB RDFで記述されているKEGG glycan entry URI

<http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gl:G00012>
      a       owl:NamedIndividual , glycan:resource_entry ;
      glycan:in_glycan_database
              glycan:database_kegg ;
      dcterms:identifier "G00012"^^xsd:string .

• LinkDBとGlycomeDBとでは、URIの形が違っていた
• LinkDB
  • http://www.kegg.jp/entry/G00012
• GlycomeDB
  • http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gl:G00012
    • 詳細ページは同じ表示だが、ドメインがgenome.jp

SPARQLでリンクを作る

GlycomeDB => LinkDB ( KEGG Glycan => LipidBank )

• endpoint; http://test.ts.glytoucan.org/sparql
• graph
  • GlycomeDB
    • <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>
  • LinkDB ( KEGG Glycan => LipidBank )
    • <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank>

PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#> 
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> 

SELECT DISTINCT ?gdb ?res_lipidbank 
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank>
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>
WHERE{

	# GlycomeDB KEGG Glycan
	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>{
   		?gdb glycan:has_resource_entry ?res_kegg .
		?res_kegg glycan:in_glycan_database glycan:database_kegg .
		?res_kegg dcterms:identifier ?kegg_id.
   		BIND( iri(replace(str(?res_kegg), "http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget\\?gl:", "http://www.kegg.jp/entry/")) AS ?url)
	}

	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank> {
		?url linkdb:equivalent ?res_lipidbank .
	}

}limit 100

Glytoucan => WURCS sequence => GlycomeDB => LinkDB ( KEGG Glycan => LipidBank )

• graph
  • Glytoucan
    • <http://rdf.glytoucan.org>
  • Glytoucan WURCS sequence
    • <http://rdf.glytoucan.org/sequence/wurcs>
  • GlycomeDB WURCS sequence
    • <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db/sequence/wurcs>

PREFIX glytoucan: <http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan#>
PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#> 
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX linkdb: <http://www.genome.jp/linkdb/> 

SELECT (count(distinct ?AccessionNumber) AS ?countA)
#distinct ?AccessionNumber ?res_lipidbank
FROM NAMED <http://rdf.glytoucan.org>
FROM NAMED <http://rdf.glytoucan.org/sequence/wurcs>
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db/sequence/wurcs>
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank>
WHERE{
	# Glytoucan
	GRAPH <http://rdf.glytoucan.org>{
		#VALUES ?AccessionNumber { }
		?glytoucan glytoucan:has_primary_id ?AccessionNumber.
	}

	# Glytoucan wurcs sequence
	GRAPH <http://rdf.glytoucan.org/sequence/wurcs>{
		?glytoucan glycan:has_glycosequence ?gseq .
		?gseq glycan:has_sequence ?wurcs .
	}

	# GlycomeDB ID (from wurcs sequence)
	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db/sequence/wurcs>{
		?gdb_gseq glycan:has_sequence ?wurcs .
		?gdb glycan:has_glycosequence ?gdb_gseq .
	}

	# GlycomeDB KEGG Glycan
	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>{
   		?gdb glycan:has_resource_entry ?res_kegg .
		?res_kegg glycan:in_glycan_database glycan:database_kegg .
		?res_kegg dcterms:identifier ?kegg_id.
   		BIND( iri(replace(str(?res_kegg), "http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget\\?gl:", "http://www.kegg.jp/entry/")) AS ?url)
	}

	GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/linkdb/glycan_lipidbank> {
		?url linkdb:equivalent ?res_lipidbank .
	}

}

• result
  • 329
    • GlytoucanのAccession number３２９個に該当するlipidbankのリンクがあった。