Cytoscapeを用いたデータベースクライアント、可視化

提供：TogoWiki

2010年10月21日 (木) 04:18時点における最新版

このワークショップでは 他国のin-house db用のCytoscapeクライアントを紹介し、皆様のデータベースのためのクライアントとしてCytoscapeが使えるかどうかを考えていただくことを目的としています。 紹介するデータベースクライアントは

1. MetScape
2. MiMI clinet
3. iRefScape
4. aaa
5. aaa

の3つです。

MetScape

NCIBIによるMetabolic network可視化ソフトです。

• 注目する化合物を中心にしたネットワークの取得
• パスウェイ分類によるfilter

が可能です。
代謝反応情報のほとんどはKEGGと考えてよいと思います。
ワークショップではその情報取得、可視化方法を紹介します。

MiMI client

MiMIはNCIBIによるNLPで既知のデータをマージしたprotein interaction databaseです。 http://mimi.ncibi.org/MimiWeb/AboutPage.html WEB版ではクエリに対する出力形式はテキストの表ですが、Cytoscapeのクライアントの場合ネットワーク形式での可視化が可能です。