BH12.12/TogoGenome

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== ゲノム情報の RDF 化 == * INSDC のオントロジー 作成 ** SO ** FALDO ** INSDC.owl *** Feature/Qualifier - FT <-> SO *** DB XREF - Identifiers.org * RefSeq (のprokaryote) エントリの RDF を生成 ** DDBJ の http://fat:8892/sparql に <http://v5.genome.db/> としてストアされているものが最新 *** 元データは ~ktym/project/rdfgenome/wget_prokaryote.v5/**/*.ttl *** 42GB *** 455,322,591 triples *** 19,981,922 URIs *** 75,363,941 UUIDs *** 96 predicates 152898623 rdf:type 44102584 rdfs:label 40926808 faldo:reference 40926808 faldo:position 30128855 rdfs:seeAlso 20463404 faldo:end 20463404 faldo:begin 20459536 obo:so_part_of 13973729 insdc:location_string 13973729 faldo:location 13868333 insdc:feature_locus_tag 6701192 insdc:feature_product 6486350 obo:so_has_part 6486350 insdc:feature_transl_table 6486350 insdc:feature_codon_start 6485705 insdc:feature_translation 4419283 insdc:feature_note 2793204 insdc:feature_gene 1706510 insdc:feature_inference 762918 insdc:feature_EC_number 309060 insdc:feature_function 164543 insdc:feature_old_locus_tag 126161 insdc:feature_pseudo 72012 insdc:feature_gene_synonym 20815 insdc:feature_experiment 14092 insdc:feature_codon_recognized 12731 insdc:feature_operon 11131 insdc:feature_rpt_family 10385 insdc:feature_mobile_element_type 6145 insdc:feature_anticodon 4558 insdc:feature_rpt_type : * ヒストリ ** v1: BioRuby を使った RefSeq -> Turtle コンバータ ** v2: URI を見直し ** v3: URI を URN (UUID) 化 ** v4: Identifiers.org を使用、バグフィックス ** v5: FALDOの更新 fix、INSDC オントロジーへの暫定移行 ** v6: INSDC.owl の正式採用（予定）

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