BH12.12/GGGenome
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* システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム [http://GGRNA.dbcls.jp/ GGRNA] の流用 | * システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム [http://GGRNA.dbcls.jp/ GGRNA] の流用 | ||
* 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム) | * 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム) | ||
| + | * 完全一致に近い配列をかなり高速に検索できる | ||
== 開発の動機 == | == 開発の動機 == | ||
ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列（の断片）を扱える仕組みをつくれないか？ | ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列（の断片）を扱える仕組みをつくれないか？ | ||
2012年12月21日 (金) 08:13時点における最新版
目次 |
テーマ
ゲノム等の塩基配列検索に特化したサービス GGGenome の構築と REST API の提供
- システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム GGRNA の流用
- 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)
- 完全一致に近い配列をかなり高速に検索できる
開発の動機
ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列（の断片）を扱える仕組みをつくれないか？
概要
GGGenome (http://GGRNA.dbcls.jp/genome/) のトップページを参照。
BH12.12での作業
- REST APIのインターフェースを作成
- 例：http://GGRNA.dbcls.jp/genome/mm10/2/GCAAGAGAGATTGCTTAGCG.json
- 上記のHTML版：http://GGRNA.dbcls.jp/genome/mm10/2/GCAAGAGAGATTGCTTAGCG.html
- マウスゲノム mm10 で 2 ミスマッチ/ギャップまで許容して検索
- RDFによる連携【終わらなかった！！】
メンバー
- 内藤
